《本草綱目》是由明朝偉大的醫藥學家李時珍為修改古代醫書中的錯誤而編，他以畢生精力，親歷實踐，廣收博採，對本草學進行了全面的整理總結，歷時29年編成，30餘年心血的結晶。共有52卷，載有藥物1892種，其中載有新藥374種，收集藥方11096個，書中還繪製了1160幅精美的插圖，約190萬字，分為16部、60類。每種藥物分列釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附方等項。全書收錄植物藥有881種，附錄61種，共942種，再加上具名未用植物153種，共計1095種，佔全部藥物總數的58%。是我國醫藥寶庫中的一份珍貴遺產。
此書是李時珍用了近三十年時間編制而成， 本書有韓、日、英、法、德等多種文 字的全譯本或節譯本。集我國16世紀之前藥學成就之大成。書中不僅考證了過去本草學中的若干錯誤，綜合了大量科學資料，提出了較科學的藥物分類方法，溶入先進的生物進化思想，並反映了豐富的臨床實踐。《本草綱目》編寫後，李時珍希望早日出版，為了解決《本草綱目》的出版問題，70多歲的李時珍，從武昌跑到當時出版業中心南京，希望通過私商來解決。由於長年的辛苦勞累，李時珍最終病倒在床，病中囑咐他的孩子們，將來把《本草綱目》獻給朝廷，藉助朝廷的力量傳布於世。可惜李時珍還沒有見到《本草綱目》的出版，在1593年就與世長辭了。這年他剛滿76歲。
後來，明朝皇帝朱詡鈞，為了充實國家書庫，下令全國各地向朝廷獻書，這時李時珍的兒子李建元，將《本草綱目》獻給朝廷。朝廷批了「書瀏覽、禮部知道」七個字，就把《本草綱目》擱置一邊。1596年在南京的私人刻書家胡承龍的刻印下，《本草綱目》出版。公元1603年，《本草綱目》在江西翻刻。從此，在國內得到廣泛的傳播。
公元1606年《本草綱目》首先傳入日本，1647年波蘭人彌格來到中國，將《本草綱目》譯成拉丁文流傳到歐洲
從17世紀起，《本草綱目》陸續被譯成日、德、英、法、俄等五國文字。1953年出版的《中華人民共和國藥典》，
共收集531種現代藥物和製劑；其中採取《本草綱目》中的藥物和製劑就有100種以上。 英國生物學家達爾文稱《本草綱目》為「1596年的百科全書」！ 2011年5月，金陵版《本草綱目》入選世界記憶名錄。
《本草綱目》在藥物分類上改變了原有上、中、下三品分類法，採取了「析族區類，振綱分目」的科學分類。它把藥物分礦物藥、植物藥、動物藥。又將礦物藥分為金部、玉部、石部、滷部四部。植物藥一類，根據植物的性能、形態、及其生長的環境，區別為草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分為山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小類。動物一類，按低級向高級進化的順序排列為虫部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部等6部。還有服器部。這種分類法，已經過渡到按自然演化的系統來進行了。從無機到有機，從簡單到複雜，從低級到高級，這種分類法明顯含有生物進化的思想，受到達爾文的高度重視。