③存在大量重複序列，即在整個DNA中有許多重複出現的核苷酸順序，重複序列長度可長可短，短的僅含兩個核苷酸，長的多達數百、乃至上千。重複頻率也不盡相同；高度重複序列重複頻率可達106次，包括衛星DNA、反向重複序列和較複雜的重複單位組成的重複序列；中度重複序列可達103～104次，如為數眾多的Alu家族序列，KpnI家族，Hinf家族序列，以及一些編碼區序列如rRNA基因、tRNA基因、組蛋白基因等；單拷貝或低度重複序列，指在整個基因組中只出現一次或很少幾次的核苷酸序列，主要是編碼蛋白質的結構基因，在人基因組中佔約60～65%，因此所含信息量最大。
④基因組中不編碼的區域多於編碼區域。
⑤基因是不連續的，在真核生物結構基因的內部存在許多不編碼蛋白質的間隔序列(interveningsequences)，稱為內含子(intron)，編碼區則稱為外顯子(exon)。內含子與外顯子相間排列，轉錄時一起被轉錄下來，然後RNA中的內含子被切掉，外顯子連接在一起成為成熟的mRNA，作為指導蛋白質合成的模板。
⑥基因組遠大於原核生物的基因組，具有許多複製起點，而每個複製子的長度較小。
2.原核生物基因組結構特點
①基因組較小，沒有核膜包裹，且形式多樣，如病毒基因組可能是DNA，也可能是RNA，可能是單鏈的，也可能是雙鏈的，可能是閉環分子，也可能是線性分子；細菌染色體基因組則常為環狀雙鏈DNA分子，並與其中央的RNA和支架蛋白構成一緻密的區域，稱為類核(nucleoid)。
②功能相關的結構基因常常串連在一起，並轉錄在同一個mRNA分子中，稱為多順反子mRNA(polycistronic mRNA)，然後再加工成各種蛋白質的模板mRNA。
③DNA分子絕大部分用於編碼蛋白質，不編碼部分(又稱間隔區)通常包含控制基因表達的順序。例如，噬菌體ψx 174中只有5%是非編碼區。
④基因重疊是病毒基因組的結構特點，即同一段DNA片段能夠編碼兩種甚至三種蛋白質分子。
⑤除真核細胞病毒外，基因是連續的，即不含內含子序列。