在已發現的物種（150萬種以上的動物、50萬種左右的植物和近8萬種真菌種）中它們的形態結構都大相逕庭，表現出明顯的不連續性，但是在它們的細胞結構卻大致相同如：都有細胞膜、細胞核和細胞質組成等。
細胞中相同的結構但是另一方面，肉眼看不到的細菌、放線菌、支原體等微生物，它們的細胞結構則表現出很大的不同，它們沒有細胞核也沒有內質網等細胞器。由此說明，生物界最明顯的差異表現在細胞層次。
根據這種結構的差異，我們可以把細胞分為真核細胞和原核細胞。這一概念最早首先由20世紀60年代著名生物學家H.Ris提出。這不僅對細胞生物學，對整個現代生命科學都是具有深遠影響的，以至後來整個生物界被劃分為原核生物和真核生物。
原核細胞核真核細胞隨著研究深入，發現原核細胞和真核細胞在代謝方式、遺傳信息傳遞方式、基因表達調控、信號傳導等各個方面都存在顯著差異。再則分子生物學的進展對細胞的認識進入了基因和基因組的層次，人們發現原核細胞中還有一類群，它們的遺傳信息表達系統和其他的原核細胞差異相當大反而和真核細胞更加的接近。於是這類細胞從原核細胞中分離出來，命名為「古核細胞」。
古核細胞自此，生物界的最基本的類群被分為3個域：原核生物、古核生物和真核生物。整個生物被分為6個界：由原核生物組成的原核生物界，由古核生物組成的古核生物界，由真核生物組成的原生界、真菌界，植物界和動物界。