因為Excel,科學家們修改了27種人類基因的名稱

2020-11-23 DeepTech深科技

電子表格類軟體，已經深度參與到我們日常工作的各個環節。

而其中的翹楚無疑是微軟的 Excel，不管是 WPS 或是 Numbers，都無法撼動這款已經擁有 35 年歷史的軟體。但最近它的某些功能卻給一些科學家們帶來了困擾。

藏在基因名稱中的「隱患」

人類基因組，有 23 對染色體，包含約 30 億個 DNA 鹼基對，部分鹼基對組成了大約 20000 到 25000 個基因。在科學研究中，學者需要為每個基因起一個特定的名稱以便快速定位，這些名稱一般由字母加數字的形式組成。

但是在最近一年左右的時間裡，有約 27 種人類基因被重新命名，Excel 正是這一系列行為的「肇事者」，它會將這些基因名稱誤讀為日期格式，並直接修改成了默認格式。

這種事情並不新鮮，我們每個人或多或少都遇到過類似情況。

但是，當 Excel 將一些關鍵數據誤讀，而科學家們恰好使用這些數據來分析，甚至臨床試驗的時候，就可能產生不可挽回的嚴重後果。

當遇到類似情況時，科學家們必須手工設置單元格格式以還原數據，但難免也會產生遺漏的情況。據一項 2016 年的調查表明，這類 「Bug」 非常普遍，以至於在 3597 篇樣本論文中，約五分之一都受到了影響。

圖 | 微軟 Excel 將基因名稱誤讀作日期

「這真的非常非常煩人」，英國 Quadram 研究所的系統生物學家 Dezs Módos 在報導中這樣描述。他的工作會涉及到分析新近測序的遺傳數據，他說這類 Excel 「錯誤」非常常見，而恰好 Excel 是科學家們分析數據時的首選。「在解決計算問題的時候，它真的很方便」。

並沒有一種簡單的解決方法能夠修復這類「Bug」，Excel 沒有關閉自動修改格式的開關，為了避免自動「轉型」，只能重設整列單元格數據類型。但是這種修復是一次性的，一旦其他人引用了相關數據，問題會再次出現。

改名，是為了徹底解決問題

國際人類基因組組織（HUGO）下轄的 HGNC（基因命名委員會），近期發布了包含 「影響數據處理和索引的符號」 的關於基因命名格式的新指南。從今往後，人類的基因命名將避開 Excel 的「Bug」。例如：MARCH1 將變為 MARCHF1；SEPT1 變為 SEPTIN1。

這並不是一個輕易作出的決定，HGNC 的權威性來自科學家群體的共識。HGNC 必須及時通知受到改名影響較大的群體，從改名到日常使用將是一個緩慢的過程。

圖 | 美國國家生物技術信息中心（NCBI）已經更新

此前，在遺傳學早期，基因的命名一度非常隨意，往往體現了科學家的強烈個人偏好，例如 「臭名昭著」 的「音速刺蝟索尼克」、INDY（I’m not dead yet）等等。

圖 | 左邊是索尼克，右邊也是索尼克

不過現在，HGNC 已經將命名規則制定權牢牢掌握在手中，在他們的規則下，基因的命名不再能夠讓科學家們自由發揮，基因名稱不得使用上標或下標，只能包含字母和數字，不能由姓名或單詞組成，尤其是一些令人反感的詞彙。

為了避免在搜索時產生歧義，他們曾經將 CARS 基因更名為 CARS1、WARS 更名為 WARS1 等等。

HGNC 的協調員 Bruford 說道，這是第一次該組織針對軟體問題而對基因名稱及命名規則進行修改，截止目前，收到的反饋總體上是積極的。

圖 | 生物學家的回應

但 Bruford 也提到，他們聽到了一些爭議的聲音：為什麼選擇重新命名人類基因，而不是修復 Excel 的「Bug」？為什麼整個遺傳學界會輸給一家商業公司？

微軟並未對此置評。

但 Bruford 這樣解釋道，Excel 並不值得因此而改變所有的產品功能，我們在微軟龐大的用戶群中只佔很小的一部分。如果微軟就此做出修改，反而將對更多的人造成影響。

最後她說，同永恆的人類基因相比，Excel 不過滄海一粟。

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  • 因為Excel，科學家們修改了27種人類基因的名稱
    但最近它的某些功能卻給一些科學家們帶來了困擾。藏在基因名稱中的「隱患」人類基因組，有 23 對染色體，包含約 30 億個 DNA 鹼基對，部分鹼基對組成了大約 20000 到 25000 個基因。在科學研究中，學者需要為每個基因起一個特定的名稱以便快速定位，這些名稱一般由字母加數字的形式組成。但是在最近一年左右的時間裡，有約 27 種人類基因被重新命名，Excel 正是這一系列行為的「肇事者」，它會將這些基因名稱誤讀為日期格式，並直接修改成了默認格式。
  • 因為Excel的「bug」,科學家們不得不給27種基因改了名
    但最近它的某些功能卻給一些科學家們帶來了困擾。 藏在基因名稱中的「隱患」 人類基因組，有 23 對染色體，包含約 30 億個 DNA 鹼基對，部分鹼基對組成了大約 20000 到 25000 個基因。
  • 為了避免Excel誤轉換,科學家修改了人體基因名稱
    當然這也不是普通人的煩惱，研究人體基因的科學家也為這個問題而頭疼。人體基因組中有成千上萬的基因：螺旋的雙鏈DNA和RNA一起表達了每個人都獨一無二的所有特徵和特性。為了方便研究，每個基因都有一個名稱和字母數字代碼（稱為符號，比如ATCG）。由於Microsoft Excel誤識，在過去的一年左右的時間裡，約有27種人類基因被重命名。
  • 微軟Excel 改寫了人類基因的……
    人類基因組中有成千上萬的基因：DNA和RNA扭曲結合在一起，使我們每個人都具有獨一無二的特徵和特性。每個基因都有一個名稱和字母數字代碼。根據The Verge報導，在過去一年左右的時間裡，約有27種人類基因被重新命名，而原因也許你會覺得荒唐，因為Microsoft
  • 27個人類基因被重新命名,只因Excel總把它們自動糾正成日期
    讓人萬萬沒想到的是，Excel類似這樣的功能，竟然在過去一年裡，導致27種人類基因被重新命名。因為這些基因符號，總被Excel誤讀為日期。比如一個名為MARCH1（Membrane Associated Ring-CH Type Finger 1）的基因，當你將其輸入到Excel中……2016年的一項研究就指出，由於Excel在默認設置狀態下，會將基因名稱轉換為日期和浮點數，大約有五分之一的公開遺傳數據都存在錯誤的基因名稱轉換。
  • 27個人類基因被重新命名，只因Excel總把它們自動糾正成日期
    種人類基因被重新命名。因為這些基因符號，總被Excel誤讀為日期。27種人類基因已因Excel被重新命名比起等待Excel的更新，要改變這惱人的現狀，科學家們覺得還是重命名基因簡單一些。人類基因的命名主要包括基因名稱和基因符號等內容，絕大多數基因的命名，由國際人類基因命名委員會（HGNC）完成。
  • 科學家重命名人類基因,以防止Excel將其誤讀為日期
    有時重寫遺傳基因比更新Excel更容易。 人類基因組中有成千上萬的基因：DNA和RNA的微小扭曲結合在一起，表達了使我們每個人都獨一無二的所有特徵和特性。每個基因都有一個名稱和字母數字代碼（稱為符號），科學家可以用來協調研究。
  • 科學家重新命名人類基因 防止微軟Excel將其誤讀為日期
    人類基因組中有數以萬計的基因：DNA和RNA的微不足道的扭曲，它們結合在一起，表達了使我們每個人獨一無二的所有特徵和特性。每個基因都有一個名稱和字母數字代碼，即所謂的符號，科學家用它來協調研究。但在過去的一年多時間裡，大約有27個人類基因被重新命名，這都是因為微軟Excel一直把它們的符號誤讀為日期。這個問題並不像最初聽起來那麼意外。
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