「基因剪刀」遇見跳躍基因 會擦出什麼火花
解碼基因編輯
演藝界宋仲基宋慧喬的分手讓人直呼：只願曾經未相遇。而生物界的相遇卻往往讓人感慨：相見恨晚——
張鋒，一位「八零後」科學家，因發明最有效的基因編輯方法成名，被稱為CRISPR之父。
芭芭拉·麥克林託克，很多人並不熟悉，但她所在的冷泉港實驗室被認為是思想最活躍的科研聖地。芭芭拉是上個世紀的「零零後」（1902年出生），在她的年代，人們認為基因是「牢固錨定」的，但她卻要證明基因是能夠「跳動」的，她的系統性研究和對科學的堅持，最終打破了人們保守的觀念，並因此獲得1983年的諾貝爾獎。
兩位科學家跨越百年的研究成果終於「相遇」。《科學》和《自然》近日接連發文介紹了兩種新型CRISPR技術，均是通過利用「跳躍基因」的性質改進CRISPR技術的靶向準確性。
都能編輯基因，「單身」時它們這樣工作
CRISPR/Cas9技術是CRISPR技術的全稱，前面的「CRISPR」是「制導靶標」，後面的Cas9才是真正的「剪刀」。
在基因的世界裡，「制導」一定是依賴鹼基序列的，對於CRISPR來說，它只認定一種序列那就是成簇、規律間隔、短回文、重複序列。通過嚮導RNA識別符合要求的序列，引來Cas9蛋白對序列進行切割。
切割過程有著「抖音小視頻」的動態特點。Cas9蛋白先與嚮導RNA形成複合體，Cas9蛋白會發生構象上的變化，就像一張白紙捲成一個「筒狀」，更容易讓DNA進出。這個柔軟的複合體會在DNA裡四處碰撞，如果識別錯誤，「紅燈亮」，複合體就離開，繼續下一次碰撞；如果識別正確，「綠燈亮」，開始剪切編輯的嘗試。
Cas9蛋白開始「動剪刀」前，還需要再校驗，它把雙鏈DNA解旋，利用RNA-DNA鹼基互補配對原則，進一步核對序列與RNA的互補情況。如果出現較多錯配，則序列識別過程終止，從而確保Cas9在正確的目標處發揮作用。如果完成識別，那麼Cas9進一步被激活，開動剪刀。
跳躍基因則完全不同，它不受約束，「痛恨」一切教條，與CRISPR「重複」「短回文」等教條的屬性似乎完全不在一個「頻道」。它可以從自己的位置上「自由出走」，單獨複製或斷裂下來，並為自己「編制」一個環狀船，四處「遊走」，遇到合適的地方，再插入另一位點。
芭芭拉發現它是因為它所引發的玉米形狀的隨意變化。她在印度彩色玉米中觀察到，籽粒和葉片往往存在著許多色斑。色斑的大小、出現的早晚不定，這些變化，受到某些不穩定基因或「異變基因」之間相互調控的控制。
跳躍基因堪稱「自由主義者」的典範，人們至今難以把握什麼能激活它的跳躍。但大名鼎鼎的LINE1是一種主要的跳躍基因，《細胞》子刊刊載科學家「抓住了它的尾巴」，只有在POLY-A（多聚A）「尾巴」存在的情況下，LINE1才會啟動跳躍，沒有「尾巴」跳躍基因就會失活。此外，轉座酶是啟動轉座的關鍵性因子，目前，人們已經掌握了通過轉座酶引導和控制跳躍基因的一些方法。
一對天然「CP」，雙方何以「互補」
CRISPR/Cas9基因編輯技術，現階段面臨著精確修複比例低、識別序列受限、脫靶現象等問題。根據基因「魔剪」的工作機理，可以看出單獨的「制導定位」、解鏈剪切、互補修復理論上都是行得通的。
問題出在外來的幹預和影響，勢必會遭受系統本身的校正。「只要嚮導RNA設計得當、定位準確，精準刪除相應的DNA片段並不難。」相關專家表示，但在替換過程中，會激活體內的DNA修復系統，這套修復系統有著較高的容錯能力，有可能變成可以耐受DNA損傷的問題基因。
而CRISPR攜帶的目標基因需要靠同源重組才能結合到靶基因組中，同源重組容錯率低，遵循配對原則，因此面臨著修復系統「競爭」，導致整合效率低下，甚至完全被壓制，造成難以想像的脫靶效應。
向對於CRISPR依賴的同源重組進行序列插入，轉座子的「移花接木」功能更加強勢。細菌中的Tn轉座子，是一段含有若干抗性基因和編碼轉座酶基因的DNA片段。兩末端重複或倒置，對應轉座酶的作用位點。當結合到靶DNA上時，轉座複合體識別並攻擊靶序列將轉座子插入到靶序列中。整個轉座過程完成了基因從原始DNA被剪切之後粘貼在另一受體DNA的過程，實現了基因的「跳躍」。
新的研究工作，正是將關鍵的Cas9「剪刀」進行了改變，取而代之一種新的複合酶。據介紹，研究人員建立了一種CRISPR相關轉座酶，一半是CRISPR效應蛋白Cas12k，與Cas9一脈相承，但對DNA只結合不剪切，只負責定位靶基因組，剪切替換的工作由轉座酶「接手」，可以將基因片段直接插入靶位點，完全免除了對靶基因組的切割步驟。
可見，跨越百年的相遇，體現在對於關鍵酶的改良中，通過對不同來源的酶的整合、改造，使得新的Cas系統產生。據測試結果顯示，該系統能在大腸桿菌（原核生物）基因組中實現高達80%的插入成功率，而遠遠高於CRISPR/Cas9系統相應編輯的成功率。
事實上，這並不是首次嘗試將兩種編輯基因的方法聯合起來。據報導，《BMC生物學》雜誌2014年發表了一項研究，科學家們在細菌和古生菌中發現了一類新型的轉座子，這種轉座子不僅含有Cas內切酶的編碼基因，還依賴這種酶整合到新的基因組區域，科學家將這種新型的轉座子元件稱為「Casposon」。可見，這對「CP」可能原本就存在於自然界中。
編輯不同物種，改良一直在路上
基因編輯CRISPR/Cas9系統是源自於原核生物抵禦外來遺傳元件的侵襲進而開發出來的。Tn7轉座子也來源於原核生物大腸桿菌。前者把握了方向，後者進行了實際操作。
在真核基因中，它們表現如何，仍需要進一步地反覆嘗試、修改和驗證。
「馬賽克現象」是該基因編輯工具應用於真核生物生殖細胞編輯時一直難以解決的問題。「我們用顯微注射的方法對受精卵進行CRISPR基因編輯，希望獲得相應的基因編輯動物。」武漢大學中南醫院研究助理教授姬燕曉表示，但這些方式獲得的動物個體可能同時帶有編輯細胞與未編輯細胞的嵌合個體。也就是說有的基因編輯小鼠可能只有腿部細胞編輯成功，或者其他局部，這對於構建動物模型來說是非常影響效率的。
「我們只能從轉基因動物下一代中篩選確定能夠穩定遺傳的個體，這對於大動物來說，非常耗時耗力。」姬燕曉說。
廣東醫科大學袁偉曦等在《CRISPR/Cas9技術存在的問題及其改進措施的研究進展》中分析，「馬賽克現象」的發生，可能是由於CRISPR/Cas9系統應用於多細胞生物的受精卵基因編輯時，受精卵分裂成不同的卵裂球，而Cas9蛋白對不同卵裂球的編輯能力和修複方式不同，從而出現帶有不同編輯類型的細胞的嵌合個體；也可能是受精成功到基因組第一次複製的時間極為有限，給基因編輯留下的「時間窗」很短。
為此，對於基因編輯技術提高精準性、降低錯配率等的研究工作仍需要持續推進，以針對不同的物種，獲得最優的組合和解決方案。