ii.將玻璃板斜靠在試管架上，與實驗臺面成約10角。這樣放置減少了凝膠滲漏和變形的可能。
7.立即將合適的梳子插入到凝膠中，小心勿使梳齒下留有氣泡。梳子的頂端應略高於玻璃板的上沿。用鐵皮製夾子將梳子夾緊，使其就位。必要時，用剩餘的丙烯醯胺溶液完全充滿模具。確認無丙烯醯胺溶液從模具裡漏出。
8.丙烯醯胺於室溫聚合30~60min。若凝膠回縮明顯，應補加丙烯醯胺：雙丙烯醯胺溶液。聚合完全後，梳齒下可見Schlieren 線。
9.聚合完全後，用1XTBE 浸潤的紙巾包繞梳子和凝膠的頂部，然後用Saran Wrap膜密封整塊凝膠，4C保存，直至使用。凝膠在使用之前可這樣保存1~2d.
10. 當準備好進行電泳時，在梳子的周圍及其頂部噴些1XTBE緩衝液，從聚合的凝膠中小心取出梳子。用注射器吸取1XTBE衝洗加樣孔。用剃鬚刀或手術刀除去凝膠底部的密封膠帶。植子一取出就立即徹底衝洗加樣孔。否則梳子所留存的聚丙烯醯胺溶液會在加樣孔中聚合，產生不規則的表面，引起DNA條帶的變形。
上樣與電泳
11.將凝膠放入電泳槽中，用大號鐵皮製夾子夾住其邊緣或用裝置本身的夾子固定。帶凹口的玻璃板應面對緩衝液槽向裡放置。
12.用配製凝膠溶液同- -批次的5X TBE配製電泳緩衝液灌滿緩衝液槽。用一根彎頭巴斯德吸管或注射器針頭排除藏匿於凝膠底部的氣泡。緩衝液槽和凝膠中務必使用同一批次的電泳緩衝液。 離子強度或pH的微小差別會造成緩衝液功能紊亂，從而使DNA片段的遷移嚴重失真。