結合EB呈飽和狀態的線狀DNA分子變硬，其摩擦係數增加。因此，在該染料以飽和濃度存在條件下，線狀雙鏈DNA的電泳遷移率約降低15% (Sigmon and Larcom 1996)。
能夠在電泳過程中或結束後直接在紫外燈下觀察DNA是該染料的最大優點。但是當凝膠中沒有EB時，凝膠中的DNA條帶更為清晰。
這樣的凝膠可在含有溴化乙錠(0.5μg/mL)的水或電泳緩衝液中室溫浸染30~45min。染色完畢後，通常不需要脫色。但是在檢測小量DNA (<10ng)片段時，通常要將染色後的凝膠浸入水中或1mmol/L MgSO4中，室溫脫色20min更易觀察到。帶有紫外投射濾光片的CCD相機可以有效地拍攝出溴化乙錠染色的凝膠圖像(Oatey 2007)。
但是在檢測小量DNA (<10ng)片段時，通常要將染色後的凝膠浸入水中或1mmol/L MgSO4中，室溫脫色20min更易觀察到。帶有紫外投射濾光片的CCD相機可以有效地拍攝出溴化乙錠染色的凝膠圖像(Oatey 2007)。
關於含有溴化乙錠的溶液和凝膠的安全操作及處理，大多數研究機構已制定了相應的操作方案。研究人員應根據這些操作處理溴化乙錠。安全處理溴化乙錠的試劑盒可以通過Whatman和MP Biomedicals購買獲得。
1.輕輕地將凝膠浸沒於塑料託盤內的相應染色液中。用足量的染色液完全蓋住凝膠，溴化乙錠染液浸染凝膠室溫染色30~45min; SYBR 染液浸染凝膠室溫染色30min。
2.用玻璃板作為支持物將染色液中的凝膠取出。用水衝洗凝膠，然後用KimWipes擦拭紙小心吸乾凝膠表面的多餘染色液。
3.用一塊塑料膜封住凝膠。用加樣梳子的寬末端或者皺褶的KimWipes擦拭紙消除塑料膜內氣泡或褶痕。