1. 消融術式簡單化
因房顫多數起源於肺靜脈或與肺靜脈相關，且房顫誘發條件及手術終點的不統一，故多數電生理中心仍將環肺靜脈電隔離作為陣發性或持續性房顫消融的唯一術式。儘管部分臨床中心採用簡化的「2O3L術式」即環肺靜脈電隔離加心房線性（左房頂部及二尖瓣、三尖瓣峽部）消融策略治療持續性或長程持續性房顫，但亦可能遺漏非肺靜脈起源的房顫，尤其是心耳相關性房顫。
2. 消融終點的不統一
當今的房顫消融更像是一個解剖性消融治療的手術程序，而非經典的室上性心動過速的電生理診療過程。無論患者是否處於竇性心律或房顫持續狀態，多數臨床電生理中心均將肺靜脈電隔離作為唯一或主要的手術消融終點。儘管達到了肺靜脈電隔離後，患者仍呈房顫維持狀態，也僅僅是予以藥物或同步電復律，而不是再繼續尋找房顫的其它維持或觸發機制。當然這其中有多方面的因素，不可否認的是，房顫的維持與心房肌電或解剖重構密切相關，即便是肺靜脈起源性房顫，肺靜脈電隔離後部分患者仍在相當一段時間內保持房顫持續狀態，這對於臨床判別非肺靜脈起源房顫均有一定的影響。
3. 抗心律失常藥物的影響
臨床中，部分患者由於症狀明顯而長期服用抗心律失常藥物。即便是在接受導管消融術前亦未停用，這就可能影響房顫觸發灶的誘發或自發出現。進而幹擾或影響了消融過程中異位觸發灶的尋找。
4. 房顫誘發的不確定性
對於陣發性房顫，部分臨床中心應用藥物或心房刺激方法誘發房顫，以明確異位興奮點的觸發灶。但有研究證實，由於房顫的發病機制較為複雜，且受多方面因素的影響如心房不應期縮短及離散、心房肌興奮性易化等。誘發的房顫多變且可靠性差，一些非特異性異位興奮灶亦有可能被引發。因而也可能掩蓋了心耳等觸發灶。
5. 房顫持續狀態
無論陣發性或持續性房顫患者，在電生理檢查或導管消融過程中均可保持房顫持續狀態。此時，心房激動的順序及周長多變，毫無規律可循。臨床上很難鑑別局部主導驅動與被主導的關係。即使是遞進式消融策略，亦可能遺漏真正的房顫觸發灶。而過度消融往往造成心房機械功能的受損以及醫源性心律失常的發生。
6. 個體病例與臨床現實的衝突
每個房顫病例均是病因及發病機制不盡相同的個體，但臨床中本應實施個體化的治療策略。遺憾的是，在臨床現實工作中需要治療的群體眾多，時間上的衝突與單個病例之間治療盡善盡美不能很好地結合。這也是實際工作中的問題所在。