手工參比儀器設備的校準和維護是開展CEMS比對監測前的重要準備工作。其中需要做的工作包括採樣測試用品的準備和煙氣採樣器的維護和校準。
其中採樣器的維護和校準包括以下兩部分：
1.採樣器的氣密性檢查
由於煙氣在線監測系統的採樣器長期在汙染源現場使用，汙染源現場環境相對較為惡劣，因此很容易被腐蝕，很可能出現氣體傳輸管路和接頭老化，密封不嚴有透氣的情況，因此需要進行氣密性的檢測。
一般在實驗室中採樣器氣密性的檢查方法操作比較繁瑣，需要使用特殊部件密封採樣入口，再管路外接負壓表；通過觀察記錄採樣器抽氣泵啟動和停止負壓表的壓力變化檢查管路是否漏氣；這種方法在現場難以操作，因此，由於目前國內使用的採樣器採樣流量計一般都設置在採樣泵前可採用一些簡單有效的現場方法進行檢查，例如啟動抽氣泵後，用手堵住採樣入口，觀察流量計的流量變化，如果採樣流量逐步下降到零，應該可以認為系統不漏氣，這還要根據現場操作人員的個人經驗。
2.流量計裝置校準
流量計量裝置的煙塵採樣器和煙氣採樣器的核心部件，由於採樣器的長期在汙染源現場使用，相關的各種溫度、壓力傳感器可能會發生漂移、老化；內部流量計的校正參數可能會有變化；而皮托管則由於磨損表面光潔度發生變化導致皮托管係數也有變化等。因此，這些系統誤差必須通過定期對流量計量裝置進行的有效校準來修正。校準主要包括：a.採樣器相關壓力傳感器的校準(靜壓、動壓、流量計前壓力等)；b.採樣器相關溫度傳感器的校準(煙溫、流量計前溫度等)；c.採樣器流量計的採樣流量校準(煙氣採樣器也適用)；d.採樣器S型皮托管流速測量的校準。
流量計量裝置的校準需要使用儀器設備主要包括壓力檢測儀表、電位差計或電阻箱、幹 場式或溼式氣體累積流量計或標準轉子流量計、補償微壓計或低速風洞以及標準皮托管等。
上述的關於流量計量裝置的校準工作量較大，但是如果其中的任意一個參數測試不準確，將導致採樣的流速、採氣的體積、煙氣溫度以及相關計算均不正確，嚴重影響數據質量。然而，由於目前各級監測站汙染源監測工作非常繁重，因此就目前國內儀器穩定水平來看，這部分校準工作每年可以考慮開展1～2次，如果其中有些實驗校準條件不具備也可以考慮在儀器設備定期的計量檢定過程中同時進行流量的相關校準。