除此之外，難民問題使得東、西歐的歐盟成員國之間更難以達成共識。東歐國家就對歐盟強制成員國接納難民的政策一直持反對意見，本身也不願意因為位置特殊就成為相對發達的西歐國家們的擋箭牌。現階段西歐國家正因為疫情爆發焦頭爛額，東歐國家也沒有負起歐盟協議下應當負起的責任，還將難民問題作為獲得更大政治利益的籌碼，加重了疫情危機，各國在危機面前缺乏對「歐盟國家」這一統一身份的認同，讓所謂的「歐盟規則」成為一紙空文。
難民危機還帶來了沉重的經濟負擔，以歐盟內經濟發展狀況較好的德國為例，安置一名難民的費用約為1.2萬歐元，面對數以百萬計的龐大難民群體，這個負擔對於任何一個國家來說都難以承受。尤其是對於已經負債纍纍的國家，只能繼續冒著增加債務危機加深的危險增加支出。由於難民危機的影響，義大利和希臘這種受難民潮直接影響的歐盟「邊境國家」經濟持續走低，歐盟的援助和優惠政策也是杯水車薪，這進一步加劇了這些國家對歐盟政策的不認同感，這些問題導致歐盟內部的經濟穩定性受到嚴重衝擊。
在疫情暴發的背景下，難民危機導致的政治、經濟問題對歐盟一體化進程的衝擊將更加明顯。疫情暴發以來，歐盟成員國各自為戰，在「聯盟」這個層面上進行的協調十分有限，這已經加劇了反一體化的傾向，而疫情背景下更加棘手的難民問題，對這種趨勢起到了火上澆油的作用——如果本國把有限的醫療資源投入到難民區的疫情防控上，就會導致國民醫療資源的匱乏。此時歐盟若提供不了有效的支援，不僅僅是疫情無法控制，政治穩定性也終將受到影響；如果放任難民不管，姑且不說難民區會不會最終成為「人間地獄」、未經檢測的難民是否會加重整個歐洲的疫情態勢，持放任態度的國家很難不被其他作壁上觀的歐盟成員國扣上一頂「不負責任」的帽子而遭到其他歐盟國家責難——而這兩個方向的終點都是反一體化的。
儘管從政治經濟角度看，消除成員國之間的分歧，加緊解決難民問題才是真正從「一體化」角度出發的歐盟應持的態度，但歐盟看待這個問題的重點還是在於如何自保，而不是如何合理解決。
歐盟委員會主席馮德萊恩在土耳其宣布不再阻攔難民穿越邊境後訪問了希臘，稱難民是受某些方面「錯誤承諾」的影響才落得這般田地，希臘是歐盟的保護盾。這句話不僅指責土耳其「背信棄義」，而且對難民擺出了一副明顯的防衛的態度，對迫在眉睫的難民的防疫工作、以及難民防疫背後的歐盟一體化的進程來說，這並不是一個令人滿意的答案，但這可能是歐盟現階段能給出的唯一答案。
在連續的危機衝擊和內部的民族主義、民粹主義勢力的衝擊下，歐盟各成員國對歐盟一體化的熱情逐漸消退，這使得歐盟擺出一個負責任的態度更加不易，也許，歐盟一體化的「拐點」已經到來。