奧維森基因:擴增子分析新升級,PICRUSt2功能預測上線啦!

結合官方描述，改進後的PICRUSt2與1相比，具有如下優點：

1、更豐富的基因組信息：

升級後用於預測的參考基因組資料庫擴大了10倍以上，使功能預測信息更加全面，較大提高了預測精度。

2、更友善的輸入輸出設置：

PICRUSt2在輸入數據時支持任何16S原始序列（OTU/ASV序列）輸入，內置注釋方法，使注釋過程不再依賴於GreenGene資料庫；在輸出時，支持輸出MetaCyc本體預測，這將可與宏基因組學的結果進行比較。

3、更貼近實際環境的預測設置：

PICRUSt2通過將OTU/ASV序列輸入至16S參考序列進化樹中進行基因家族拷貝數預測，而參考序列進化樹可根據不同樣本類型（如腸道微生物、土壤微生物等）自定義特定環境的參考資料庫。

4、更嚴格的預測方法：

原理上，PICRUSt2採用MinPath（最小路徑集）進行功能豐度預測，確定基因家族存在的最小路徑。MinPath可在給定一組參考路徑和一組可映射到多個路徑的功能中找到解釋所有功能的最小數量的路徑，從而降低假陽性注釋；PICRUSt2還從castorR包中添加了隱藏狀態預測算法，使預測過程更加嚴格。

5、軟體的持續更新：

PICRUSt2推出後處於持續的更新狀態，目前可以在GitHub官網上看到最新版本是2020年年初更新的PICRUSt2 v2.3.0_b。