凡申請辦理基本醫療保險門診特殊病慢性病備案的參保患者，可直接到門診特殊病慢性病定點醫藥機構（以下簡稱定點機構）領取《大理州基本醫療保險門診特殊病慢性病備案登記表》(以下簡稱《備案登記表》)，並經二級及以上、主治及以上醫師(社會辦醫院除外）出具疾病診斷書，經定點機構醫保經辦部門審核並籤署意見後，符合申辦條件的由定點機構醫保經辦部門錄入醫保系統，患者在定點機構直接享受相應門診特殊病慢性病待遇。
(一）過渡期（2020年7月1日至2020年8月31日）
參保對象只能選擇到參保地醫保經辦機構備案登記，需要帶齊就診醫院提供的疾病診斷證明書原件和《備案登記表》，符合備案條件的即時辦結，不符合條件的一次性告知原因。在州外定點醫療機構就診並出具診斷書的，需到州內參保地醫保經辦機構填寫《備案登記表》，並提交診斷書原件後，由參保地醫保經辦機構進行備案登記。
(二）過渡期結束後（2020年9月1日起）
參保對象只能選擇就診醫院備案登記：在州內定點醫療機構就診並出具疾病診斷證明書的，由接診醫院按規定進行備案登記;在州外定點醫療機構就診並出具疾病診斷書的，需到州內定點醫療機構填寫《備案登記表》，並提交疾病診斷書原件在定點醫療機構進行備案登記。
(三）2020年7月1日前已辦理「特殊病、慢性病就醫證」的，由州醫療保障服務中心在醫保信息系統中作統一調整備案，參保對象不需要辦理任何變更手續，對於需要覆審的病種，從2020年7月1日起計算有效期。覆審工作要求另文通知。