現在市場上保溫杯種類繁多，質量卻參差不齊，並不是所有的液體都適合放進保溫杯裡，比如下面這幾種：
不鏽鋼因為熔點較高，所以不會因高溫溶化釋出不良物質，但是不鏽鋼卻最怕強酸，如果長時間盛裝酸性較強的飲品，很可能會對其內膽產生損傷。
此外，為避免營養物質遭破壞，果汁也不適宜高溫保存。保溫杯密封性很好，甜度高的飲料容易滋生大量微生物而導致變質。
保溫杯裡不宜放乾冰、碳酸飲料，避免內壓上升，導致瓶塞無法打開或內容物噴出等危險。
如果用保溫杯泡茶，使茶葉長時間浸泡在高溫、恆溫的水中，就如用溫火煎煮一般，茶中的維生素大量被破壞，芳香油揮發，單寧酸、茶鹼大量浸出，不但降低了茶的營養價值，還會使茶汁無香味，茶味苦澀，如果浸泡時間過久的話，茶葉還有可能會釋出重金屬物質，有害健康。
此外，保溫杯長時間保溫熱茶時會變色，外出時建議使用茶包等來衝泡較為適宜。
因為保溫杯的內膽都是噴砂電解過，電解之後的內膽可以避免水與不鏽鋼材質直接接觸發生物理反應，而鹽含有腐蝕性可能對其造成破壞，不適宜長時間裝在杯內。
一些人會把熱牛奶裝在保溫杯內，方便隨身帶著喝，不過，這種做法卻讓牛奶中的微生物在適宜溫度下迅速繁殖，導致腐敗，容易引起腹瀉、腹痛。
二附院消化內科副主任醫師張弘英介紹，牛奶在高溫環境下，維生素等營養物質會被破壞，同時牛奶中的酸性物質還會與保溫杯內壁發生化學反應，影響人體健康。
有些人也喜歡把中藥泡在保溫杯內，方便攜帶飲用。但煎好的中藥一般溶解了大量酸性物質，容易和保溫杯內壁所含的化學物質發生反應，並溶解到湯藥裡，對人體產生不良影響。