大明王朝針對北疆的軍事防禦以及對蒙元諸部的安撫一直做的都很好，尤其是對於河西的經略，使得遙遠的蒙古諸汗國也相繼入貢，不過朱元璋也犯下了兩個很大的錯誤，這兩個錯誤直接導致了在他去世以後，大明王朝對北疆的壓制策略宣告失敗。
朱元璋幼年時難忘的忍飢挨餓的經歷，使得他不願意讓自己的子孫再吃這樣的苦，於是結合時代特點，朱元璋創造性的建立了宗藩制度，並將這種制度寫在了皇明祖訓之中。
朱元璋創立的宗藩制度並不利於大明王朝的統治
除了藩王本身的爵位和俸祿以外，藩王本身在地方擁有很大的權利，朱元璋建立起來的宗藩制度，實質上是結合了、政治、經濟、軍事上一系列的安排，藩王雖然僅僅只有三護衛，但權力之大，超過想像，必要時甚至能能夠調集地方軍隊，尤其是勤王制度更是給予藩王極大的權利（皇明祖訓）。而且宗藩制度也是影響大明王朝興衰的一個重要的因素之一。
太子朱標病逝以後，朱元璋立皇太孫朱允炆為太子，即繼位的建文帝，然而憑藉建文帝的威望，根本就不足以壓制藩王，而朱允炆在削藩之時過於激進的行為，也使得藩王迫於自保不得不以更加極端的行為對抗。
朱允炆像
朱元璋在執政後期，設置了九大塞王鎮守邊疆，其想法本身是美好的，可惜卻錯誤的估計了形勢，他沒有想到在他僅僅去世四年以後，大明王朝的政治形式發生了翻天覆地的變化，而此前針對北元諸多部族所作出的安排，後來也重新回到了起點。
建文元年（公元1399年），隱忍了多年的朱棣舉起了屠刀，在長達四年的時間裡面，掀起了規模龐大的靖難之役，推翻了侄子朱允炆，並登基稱帝，然而在這四年間，大明王朝的北疆防禦一度處於空虛的狀態。
靖難之役造成明帝國北疆防禦空虛
七月朱棣起兵，僅一個月不到的時間，便橫掃北平周邊，使得北軍勢力大漲，十月裹挾寧王所部以及下轄朵顏三衛，冬十月壬寅，以計入其城。居七日，挾寧王權，拔大寧之眾及朵顏三衛卒俱南。——《明史·卷五·本紀第五·成祖一》。
當時戍守北疆的諸王，除寧王被裹挾外，大多都響應朝廷號召回到南京，如谷王、遼王，也有想跟隨朱棣的代王（後來被部將所控制），實際上當時朱元璋所苦心經營的北疆防禦，一瞬間被撕得粉碎了，那麼趁著靖難之役這幾年，大明王朝北疆邊防空虛，遠在漠北的北元又在幹什麼呢？
洪武末年北元世襲的更迭
洪武元年（1368年）八月，徐達攻破元大都以後，元順帝跑到開平（元上都），接著有逃到了應昌，1370年元順帝病逝，廟號惠宗，其子愛猷識理達臘繼位，史稱元昭宗，元昭宗繼位以後，重用王保保，然而也無法改變北元的宿命，1378年元昭宗愛猷識理達臘去世。
脫古思帖木兒像
元昭宗去世以後，其子脫古思帖木兒繼位，關於此人的身份，在不同史書上有不同的記載，《明史》中認為他是元昭宗的兒子，而且很多的明朝史料都是這樣認為的。
但在蒙古史料中，脫古思帖木兒是元昭宗的弟弟，諸如蒙古源流、蒙古黃金史都認為脫古思帖木兒應該是元昭宗弟弟，元順帝的兒子。
值得一提的是蒙古源流、蒙古黃金史都是蒙古語史料，是17世紀以後蒙古歷史學家研究的著作，一般在研究北元蒙古世襲的時候，這些史料都是必不可少，由於翻譯問題，時常搞錯其中的名字，蒙古源流、蒙古黃金史中有不少很浮誇的歷史記載。
蒙古源流、蒙古黃金史、蒙古秘史被譽為蒙古三大歷史著作
比如蒙古黃金史中，有記載朱棣是出身蒙古，其母親是蒙古人的說法，不少的歷史學家考證，其中記載的大部分史料都很難經得起推敲。然而由於北元非中原王朝正統，因此有關他們的記載大多散落在明朝諸多史料之中，蒙古源流、蒙古黃金史在這一方面雖然不靠譜，但也是目前研究北元大汗世襲最好的史料。
不管脫古思帖木兒身份如何，但史料記載，他是黃金家族嫡系後裔這一點幾乎沒有什麼疑問。
脫古思帖木兒在位10年，公元1378年也速迭兒弒殺脫古思帖木兒，自立為大汗。
洪武末年，北元政權更迭不斷，削弱了黃金家族絕對統治地位
也速迭兒的身份更加讓人迷惑，後世考證認為他是出身於阿里不哥系，但普遍遭到質疑，也速迭兒弒殺大汗的行為，也使得黃金家族作為絕對統治地位有了一定程度的動搖，可以肯定的是在當時蒙古諸部掀起軒然大波，諸多蒙古部族離心離德，也是後期瓦剌崛起的重要原因。
我們之前也提到過，也速迭兒與其部屬曾對哈密進行幹擾，迫使哈密王兀納失裡不得不入貢大明王朝，以尋求託庇。也速迭兒想法很簡單，他想要迫使蒙古諸部族合成一個整體，重新建立輝煌的蒙元帝國。
額勒伯克汗（1393年-1399年在位）蒙古第19任大汗
也速迭兒在位時間也不長，雖然他建立起對北元有效的統治，但很可惜，他沒有實現自己的夢想，而他去世以後，元世系傳承關係也就混亂起來，也速迭兒死後被追封為卓裡克圖汗，其子恩克汗繼位（也有說法認為他們兩個人就是一個人）。恩克汗死後，北元世襲由回歸到忽必烈一系，由脫古思帖木兒之子額勒伯克繼位，也有根據年齡推算認為額勒伯克應該是元昭宗的兒子，被明軍俘虜有放回來的買的裡八剌。
但總體上在洪武年間末期，北元一方面不斷的處於內鬥混亂之中。
靖難之役期間對北元的安撫
毫無疑問靖難之役期間，對於北元的影響也非常大，1393年脫古思帖木兒之子額勒伯克繼位，然而在位僅兩年額勒伯克被鬼力赤弒殺，其子坤帖木兒繼位。
大明王朝在此期間發生皇位更替，朱元璋病逝後，傳位於朱允炆，史稱建文帝。
北元內部世襲更替十分紊亂，但始終能確保一個關鍵點，那就是保持黃金家族絕對的統治地位，因此北元勢力雖然削弱，但對明朝寇邊的問題始終沒有消除，而朱允炆還要面臨更大的難題。
靖難之役明帝國北疆防禦空虛，北元當然不會放過這樣的機會
建文二年（1400年），建文帝收到北疆一份諜報，北方蒙古草原上諸部族可能有軍事行動。
「建文二年二月癸丑，諜報，胡寇將侵邊。上遣書：諭韃靼可汗坤帖木兒。瓦剌可汗猛哥帖木兒等，曉以禍福」——《明實錄》
但建文二年，正是朱棣率領大軍鏖戰的時候，朱允炆根本就沒有辦法採取任何應對的措施，況且當時大明北方軍隊大部分都被朱棣所裹挾，因此朱允炆只能採用「曉以禍福」這種胡蘿蔔加大棒的嚇唬策略
事實上朝廷對此根本就毫無辦法，《李朝太宗實錄》關於這一時期蒙古大軍的動向記錄的特別清楚，而且還針對靖難之役的後果，做出了十分正確的猜想。
朱棣像
壬午二年（建文二年）三月，出使明朝的賀聖節使崔有慶從南京返回，上奏曰：「燕兵勢強，乘勝遠鬥，帝兵雖多，勢弱，戰則必敗，又有韃靼兵，乘隙侵掠燕遼之間，中國騷然。」
朱允炆對北疆十分擔心，但也基本上無暇顧及，只能將注意力集中到造反的朱棣身上，不過針對北元問題，朱棣和朱允炆其實站在同一陣線上，畢竟就算他靖難成功以後，還要面對這樣的爛攤子，所以在逼不得已的情況下，朱棣採取了利益輸送的方式。
「韃靼可汗坤帖木兒、瓦剌可汗猛哥帖木兒率眾歸北平」——《明政統宗》卷六。
朱棣為了免除後顧之憂，至少在當時給了瓦剌和韃靼很大的利益，甚至做出了不少的犧牲讓步，草原上這些蒙古諸部，雖然嘴上喊著是恢復元帝國時期的輝煌，事實上他們自己也知道，想要再回去根本不可能，如果沒有利益的情況下，他們是斷然不會配合的，總而言之，朱棣靖難之役的時候，瓦剌和韃靼在暗中得了好處以後，基本上沒有掀起太大的波瀾。
瓦剌與韃靼的崛起，嚴重威脅明朝北疆
但對於整個大明王朝而言，朱元璋時期為了防備蒙古邊患建立起來的衛所都被摧毀了。對朱棣來說，慢慢再恢復就是了
不過朱棣不會想到的就是，由於他的一系列示弱策略，使得瓦剌和韃靼不斷的做大，在明史中，韃靼就是北元，而瓦剌原先是臣屬於韃靼的，朱棣時代五次北伐，韃靼土崩瓦解以後，瓦剌逐漸興起，成為大明王朝未來幾十年裡面最重要的對手。