八旗最初源於滿洲（女真）人的狩獵組織，是清代旗人的社會生活軍事組織形式，也是清代的根本制度
明萬曆二十九年（1601年），努爾哈赤整頓編制，分別以牛錄額真、甲喇額真、固山額真為首領。初置黃、白、紅、藍4色旗，編成四旗。萬曆四十三年（1615年）增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍4旗，八旗之制確立。滿洲（女真）社會實行八旗制度，丁壯戰時皆兵，平時皆民，使其軍隊具有極強的戰鬥力。
努爾哈赤遂於天命年間始設蒙古旗，至皇太極天聰九年（1635年）編成蒙古八旗。皇太極於天聰五年（1631年）先編一漢軍旗，至崇德七年（1642年）完成漢軍八旗的編制。合稱八旗，統率八旗滿洲、八旗蒙古、八旗漢軍，至此八旗的制度臻於完善。
入關前，八旗中的正黃、鑲黃兩旗由汗王（皇帝）直接統領，其它6旗分別由汗王的子侄統領。順治八年（1651年）多爾袞死，順治帝親政，收多爾袞所轄的正白旗歸皇帝統領，於是形成了上三旗與下五旗。
清入關伊始，為加強軍事防禦，分別令八旗兵在京師與各地駐防，直至18世紀中葉，八旗營區終於系統地分布於全國的軍事要地，實行永久性的駐紮。入關伊始，清廷即採取了大規模的「圈地」活動，圈佔民人的大批良田劃歸旗人；豁免旗人的稅賦與勞役。優惠政策造成了旗人的頹廢和寄生性，致使其後代騎射荒廢，甚至出現「生計」問題。
八旗制度與清政權相始終，它既是清王朝取勝的重要因素之一，也使清王朝最終走向衰敗沒落之路。
八旗之中哪一旗的地位最高，哪一旗的地位又最低呢?其實，在入關之前，八旗又經歷了四次重大變動，入關之後一直到康熙、雍正時期都有變化，光是換旗的大變就發生了好幾次。從最後的結果來看，鑲黃、正黃、正白是由皇帝親自掌握的，被稱為「上三旗」，地位更高。
由於努爾哈赤曾經將正黃旗和一半的鑲黃旗交給多爾袞三兄弟，自己只管一半的鑲黃旗。所以，從這個時候開始，鑲黃旗就是八旗中的頭旗，地位最高。
相比之下，阿敏的正藍旗曾與鑲藍旗互換，即人員不變，只是換了旗幟服裝。也就是說，這支八旗軍中成立最早的隊伍，因為長期交給舒爾哈齊父子管理，所以與努爾哈赤這一脈血緣最疏遠。下五旗中，正紅旗是頭旗，而鑲藍旗只能排在最末。