1618年5月23日，布拉格的新教徒發動起義，並成立臨時政府，宣布波希米亞獨立，三十年戰爭爆發。
三十年戰爭從1618年一直持續到1648年，是由神聖羅馬帝國的內戰演變而成的一場歐洲大規模戰爭，也是歷史上第一次全歐洲大戰。
三十年戰爭圖示
這是人類歷史上最具破壞性的大規模武力衝突之一，由於戰爭的暴力與隨之而來的饑荒和瘟疫，三十年戰爭導致了800萬人的死亡。
三十年戰爭的結果是，反哈布斯堡集團取得勝利，法國取得歐洲霸權，瑞典取得波羅的海霸權，荷蘭和瑞士徹底獨立；德意志遭到嚴重破壞，神聖羅馬帝國名存實亡，西班牙進一步衰落，葡萄牙獲得獨立。
三十年戰爭同時也推動了歐洲近代民族國家的形成，是歐洲近代史的開始。
首先、三十年戰爭後，歐洲出現了為數眾多的獨立的主權國家，確立了國際關係中的國家領土、主權與獨立等原則，被認為是近代國際關係的開端。
戰前，馬基雅維利《君主論》宣揚國家利益的觀點以及讓·博丹《共和六書》的主權理論已經開始流行，三十年戰爭則進一步強化了國家利益至上觀。此外，戰前的羅馬天主教教皇至少在名義上擁有教會管轄權、絕對領土權、國際執法權和無限戰爭權。但是，到戰爭結束之時召開的威斯特伐利亞和會上，無論是信奉新教還是天主教的國家，都以平等地位坐到談判桌前，而教皇使節僅僅是聽取會議。
其次、《威斯特伐利亞和約》的籤訂不但標誌著三十年戰爭的結束，更標誌著近代意義上的國際社會得以形成，由它決定的國際法也真正產生。因為，《威斯特伐利亞和約》確認了國家主權原則，國家作為國際法的主體，它的誕生同時也標誌著歐洲中世紀的結束。
第三、三十年戰爭後所締結《威斯特伐利亞和約》宣告了中世紀天主教一統歐洲的破滅。其中，和約對宗教信仰以條款形式確認了信仰自由原則，肯定了新教與天主教同等的合法地位和權利，致使「宗教改革獲得了合法的根據」，對以後資本主義的迅速發展有著重要意義。
揚·胡斯
三十年戰爭爆發的背景是什麼呢？
凌虐歐洲大陸三十年的戰爭又稱為宗教戰爭。這場宗教爭端可追溯至15世紀初的捷克基督教改革先驅揚·胡斯。胡斯認為一切應該以《聖經》為唯一依歸，他否定教皇的權威性，反對贖罪券，故被天主教會視為異端，被以火刑燒死。
胡斯雖被燒死，但他的思想產生了影響，後續的馬丁·路德《九十五條論綱》為標誌的德意志宗教改革，引導了全歐洲的宗教改革運動。這時候中歐與西歐出現了變革，馬丁·路德的路德派、喀爾文的喀爾文派、亨利八世的盎格魯派等新教各自流行，歐洲分為天主教與新教兩大陣營。
神聖羅馬帝國皇帝查理五世，與日耳曼新教諸侯，在1555年籤署《奧格斯堡和約》，暫時結束了天主教徒和新教徒之間的戰爭。該和約提出「教隨國立」的原則，暫停了宗教內戰。和約同時也是第一次根據法律正式允許路德宗和天主教共存。
雖然和約暫時結束了新教和天主教之間的敵意，但並未解決宗教衝突的根本原因。新教和天主教之間的緊張局勢在16世紀後半葉愈演愈烈，由於一些改宗新教的親王主教拒絕放棄對教區的統治權，作為回應，哈布斯堡家族、帝國天主教諸侯和西班牙人尋求奪回對上述教區的控制。
戰爭爆發的導火索，是布拉格拋窗事件。
1617年，神聖羅馬帝國皇帝馬提亞斯派遣耶穌會教士進入波希米亞，意圖在波希米亞復興天主教，並任命哈布斯堡皇室的斐迪南二世為波希米亞國王。
斐迪南二世是一名狂熱的天主教徒，他對波希米亞的新教徒進行大規模的迫害，並禁止新教徒的宗教活動，拆毀他們的教堂。在1618年5月23日，波希米亞首都布拉格的新教徒發動起義，衝進布拉格城堡，以侵害宗教自由的罪行將兩名帝國大臣及一位書記官從窗口扔出。
新教徒隨後成立了臨時政府，由三十位成員組成，宣布波希米亞獨立。被拋出的三人僥倖墜落肥堆中而未受傷，隨即逃至斐迪南國王處報告波西米亞新教徒造反，戰爭爆發。
1648年歐洲部分版圖示意
三十年戰爭分為四個階段。
第一階段就是由布拉格拋窗事件為開端的波西米亞階段。
作為神聖羅馬帝國皇帝與波希米亞國王，斐迪南不能容忍波希米亞人自行選出對立國王，隨後出兵進攻，而天主教同盟之一的西班牙亦出兵。1620年11月8日，波希米亞和普法爾茨聯軍在白山戰役與天主教同盟軍決戰，聯軍雖佔有地利，但因裝備落後，終為天主教同盟軍所敗。
波希米亞被重新納入神聖羅馬帝國的版圖，約有四分之三的地主的土地落入神聖羅馬帝國的地主之手。神聖羅馬帝國皇帝強迫波希米亞的百姓改信天主教，並焚毀波希米亞的書籍，以及宣布德語為波希米亞的官方語言。1621年至1623年，天主教同盟軍再度擊敗普法爾茨的新教諸侯軍隊，至此戰爭的第一階段，以哈布斯堡皇室為代表的天主教同盟軍獲勝結束。
1625年，三十年戰爭的第二階段——丹麥階段正式展開。英國、荷蘭與丹麥結成反哈布斯堡聯盟，丹麥負責出兵，而英國與荷蘭則在幕後支持。
1625年，信奉新教的丹麥國王克裡斯蒂安四世在英、法、荷三國的支持下與新教聯盟共同向神聖羅馬帝國皇帝發動進攻，很快便佔領日耳曼的西北部，與此同時，英軍則佔領波希米亞西部。
這次新教聯軍可說是節節獲勝，但於1628年，神聖羅馬帝國皇帝僱用聲名顯赫的波希米亞貴族華倫斯坦的僱傭軍。華倫斯坦不負其所望，於該年4月擊敗英軍，其後再擊敗丹麥。丹麥被迫於1629年5月與神聖羅馬帝國皇帝籤定《呂貝克和約》，並保證不再插手日耳曼事務。戰爭第二階段以神聖羅馬帝國皇帝的勢力伸延到波羅的海告終。
華倫斯坦在勝利後計劃在波羅的海建立一支強大的艦隊。瑞典國王害怕從此神聖羅馬帝國會超越瑞典，取得在波羅的海的優勢地位。
三十年戰爭中的瑞典軍隊
因此，三十年戰爭的第三階段——瑞典階段開始了：在法國的資金援助下，瑞典於1630年7月出兵，在波美拉尼亞登陸。
瑞典軍隊由國王古斯塔夫·阿道夫二世率領，與布蘭登堡和薩克森選帝侯聯合，在1631年9月17日打敗了神聖羅馬帝國的軍隊，佔領了波美拉尼亞。1632年初，神聖羅馬帝國軍的統帥蒂利伯爵在列赫河戰敗身亡，瑞典軍在4月攻陷慕尼黑。
神聖羅馬帝國皇帝在危急存亡之際，再度起用華倫斯坦為統帥，在紐倫堡會戰挫敗古斯塔夫二世。華倫斯坦在1632年11月與瑞典軍進行呂岑會戰，可是瑞典再度獲勝，但同時瑞典軍的主帥古斯塔夫二世國王陣亡，從此瑞典軍喪失進攻能力，而華倫斯坦則退回波希米亞，被神聖羅馬帝國皇帝猜妒，遭到其派刺客暗殺。
神聖羅馬帝國皇帝藉此機會聯合西班牙盟軍，在1634年9月於納德林根會戰打敗瑞典軍，逼使瑞典軍撤回波羅的海沿岸。薩克森與布蘭登堡則於1635年5月與神聖羅馬帝國皇帝籤訂《布拉格和約》。戰爭第三階段—瑞典階段以哈布斯堡皇帝獲勝而告結束。
哈布斯堡皇室再次獲勝使得法國大為震驚，此前，法國自身是天主教國家，一直只是假手他國以削弱哈布斯堡皇室的實力，但當丹麥、瑞典等均告失敗後，法國終於在首相黎塞留的帶領下直接出兵，與瑞典聯合對哈布斯堡王朝作戰。從此戰爭進入第四階段—全歐混戰階段。
1638年8月法國海軍打敗舉世聞名的西班牙海軍，1639年10月西班牙海軍的主力更被原來籍籍無名的荷蘭海軍於唐斯之戰中殲滅。1643年5月，法國第四代孔代親王與杜倫尼子爵在羅克魯瓦戰役中共同擊潰西班牙陸軍的主力，法國陸軍由此取代西班牙成為歐洲第一陸軍。
1642年11月，瑞典軍再度擊敗神聖羅馬帝國軍，但此時丹麥王卻嫉妒瑞典軍的戰果，並恐懼瑞典強大後丹麥受其所制，因此乘瑞典軍攻進南德意志之際，向瑞典宣戰。在經過三年戰爭後，瑞典軍成功從水陸兩路進逼丹麥，逼使丹麥停戰求和。
1645年3月，瑞典軍在波希米亞大敗神聖羅馬帝國軍隊，同年8月法軍再次擊潰神聖羅馬帝國軍，神聖羅馬帝國皇帝的德意志領土大部份被佔領。1648年，法瑞兩國聯軍再在處斯馬斯豪森會戰及蘭斯會戰完勝神聖羅馬帝國軍。
戰至此時，雙方都已元氣大傷，結果於該年10月雙方達成和解協議，締結了兩個和約——《奧斯納布呂克條約》與《明斯特和約》，合稱《威斯特伐利亞和約》，至此三十年戰爭完全結束。
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