從1562到1594年，胡格諾戰爭時打時停，持續了30多年。儘管這場戰爭從本質上說是一場封建貴族爭權奪利的宗教戰爭，但由於參加戰爭，並在戰爭中發揮作用的有社會各階層的人士，加之參戰雙方又各自求助於外國勢力天主教派得到了西班牙的支持，胡格諾派得到了英國和德意志新教諸侯的支持，遂使戰爭具有非同一般的複雜性。此外，由於宗教戰爭的刀光劍影遍及全國，它所造成的破壞性遠勝於英法之間的百年戰爭，因為後者只是局限在幾個省份而已。
戰火點燃後，天主教和新教首領到處起兵對抗。但在頭幾年中，雙方的主要領袖要麼死於非命，要麼成為階下之囚。如納瓦爾國王安託萬死於魯昂之圍，吉斯公爵在圍攻奧爾良時遭到暗殺，而孔代親王和天主教陣營的領銜人物之一、王室總管蒙莫朗西在德勒戰役中竟彼此落入對方的手中。雖然每次戰事過後，雙方均舉行會談，並且也達成了若干協議，但由於矛盾未能真正解決，故往往是所籤之約墨汁未乾，雙方就又重啟戰端。納瓦爾國王安託萬戰死沙場後，其年僅16歲的兒子亨利繼位為納瓦爾國王，並成為胡格諾派名義上的領袖。
由於連年戰爭，法國早已哀鴻遍野，民不聊生。為了維繫國內和平，雖已宣布放棄攝政，但對國王查理九世仍具有極大影響力的太后卡特琳決定將其女兒瑪格麗特公主嫁與納瓦爾國王亨利。婚禮於1572年8月18日舉行。是時，大批新教徒棄赴巴黎慶賀，其中包括克利尼等新教顯貴。8月22日，舊教首領吉斯公爵亨利和王弟昂儒公爵享利乘機遣人刺殺克利尼。因刺客身手平庸，克利尼雖負重傷，但並未斃命。雲集巴黎的胡格諾派聞訊後群情激憤。在這關鍵時刻，太后因害怕胡格諾派在首都鬧事，危及王室安全，
竟脅迫查理九世下令血洗聚集在巴黎的胡格諾派。於是，在8月23日到24日的夜裡，即聖巴託羅繆節的恐佈之夜，眾多尚在酣睡之中的胡格諾派信徒未及清醒便做了刀下之鬼，那些驚醒後奪路而逃者也多被追殺，橫屍街頭。據載在「聖巴託羅繆之夜」喪生的胡格諾派信徒達2千多人。在這場慘案中，剛做新郎倌的納瓦爾國王亨利因為發誓放棄新教信仰倖免於難。1574年5月，查理九世駕崩，其弟昂儒公爵繼位，是為享利三世。原本是舊教首領的亨利三世登基後便與新教重新開戰。但時隔不久，亨利三世無法容忍吉斯公爵的權勢日重。於是，他使盡手段將吉斯公圖家族貶抑下去。
鑑於舊教營壘因內訌實力受損，亨利三世不得不向再度崛起的新教勢力妥協，在1576年5月籤署了對胡格諾派十分有利的博利厄敕令。此舉引起天主教派的強烈不滿。在吉斯公爵的鼓動下，天主教派們拒絕執行該敕令。在相當長的時間裡，亨利三世、吉斯公爵享利和納瓦爾國王享利三者之間展開了關係錯綜複雜的「三亨利之戰」。1588年，吉斯公爵享利迫使國王亨利三世逃離首都。享利三世氣急敗壞地從巴黎逃離到布洛瓦後，在12月23日派人刺死了吉斯公爵享利。事發後，吉斯公爵之弟馬延公爵在巴黎發動叛亂，擁立老邁昏聵的波旁紅衣主教為國王，稱「查理十世」，他自己則出任監國。
為舊教諸人「廢黜的」亨利三世為了奪回王位，遂向自己原先的敵人、已重新宣布恢復新教信仰的納瓦爾國王亨利乞求和解。納瓦爾的亨利同意了和解的請求，但拒絕放棄新教信仰。1589年初，兩位享利結成聯盟，率領聯軍圍攻巴黎。同年8月1日，亨利三世在聖克魯被狂熱的多明我會修士雅克克雷芒刺殺。由於享利三世體弱無子，唯一的王弟又先他而亡，故瓦洛亞王朝因家族絕嗣而宣告終結。亨利三世死後，按照慣例，最有資格繼承法國王位的竟是納瓦爾國王享利。納瓦爾國王亨利登基後，稱享利四世。
由於亨利四世屬波旁家族，因此，他同時又是波旁王朝的開基君主。亨利四世登基之初，全國僅有5座城市承認他的權威。在英軍的幫助下，亨利四世的軍隊雖在戰場上取得了不少勝利，但是，在當時天主教徒佔人口總數90％的法國，單純的軍事勝利尚不足以使這位胡格諾派的君主真正君臨法國。在屢攻不克的巴黎域下，亨利四世最終下決心改宗舊教。當時，他說了一句日後被世代相傳的名言:「為了巴黎而做彌撒是值得的。」1593年7月25日，亨利四世在聖德尼大教堂正式宣布放棄新教信仰。6天後，新舊教兩派達成為期3個月的休戰協定。1594年3月，亨利四世在熱烈的歡呼聲中進入巴黎，並成為全國公認的國王。
至此，持續了32年之久的胡格諾戰爭畫上了句號。較之百年戰爭，胡格諾戰爭給法國造成的破壞可謂是有過之而無不及。以至亨利四世在即位後不久曾如是說道:「交到我手中的法蘭西已近平毀滅，對法國人而言，法蘭西可以說已不復存在。」不過，這位新國王自有他的勃勃雄心，這就是成為「這個國家的復興者和解放者」。應當說，在前一時期的戰場上，亨利四世已充分顯示了其英雄本色。但這位後來被人譽為「亨利大王」的明君清醒地意識到，光贏得戰爭尚不夠，還必須得撫慰與徵服人心。享利四世在撫慰與徵服人心方面的驚人之舉就是排除種種阻力，在1598年頒布「南特敕令」。該敕令宣布天主教為法國國教，同時又規定在法國全境有信仰新教的自由，新教徒在民事和擔任公職方面享有與天主教徒同等的權利；放免教派衝突中的一切戰爭行為……「南特敕令」堪稱基督教歐洲國家實行宗教寬容政策的第一個範例。它從法律上正式承認每個人均享有信仰自由，並給以切實保障。顯然，「南特敕令」具有的劃時代的意義是毋庸置疑的。