光宗朱常洛死時，其長子朱由校年已十六，而且朱常洛已經於死前向大臣明確表示由他繼位，要求大臣們「輔他為堯舜」因而，這時由他繼任皇帝，是沒有任何爭論的。但是，李選侍「偃然以母后自處」有幹預朝政的野心，所以極力製造障礙，於是與正直派官吏發生了激烈的衝突，使得朱由校的即位過程充滿了鬥爭，明代歷史上的又一著名案件—一移宮案由此而發生。李選侍恃寵驕橫，早在萬曆年間即曾欺凌朱由校的生母王氏，致使王氏於萬曆四十七年(1619年)三月含憤死去。她對地位權力極為熱衷，在光宗在世時，為急於得到皇后的身份，竟不擇手段。
泰昌元年(1620年)八月，光宗於重病中召見閣部大臣，口諭「冊封李選侍為皇貴妃」;躲在門幔後的李選侍甚為不滿，當即「從門幔中」將陪同接見大臣的朱由校「手挽」「而入」,嘀咕了一陣之後，「復推之」出，使之不得不按其要求向光宗說：「要封皇后。」見此情景，被接見的大臣「相顧錯愕」,連光宗也為之「色變」。光宗死時，李選侍不僅皇后位號未曾到手，連皇貴妃的冊封也未及進行，但她對地位權力的追求不減既往，經過與心腹宦官李進忠等相謀，企圖「挾皇長子自重」,從而給即將進行的朱由校繼位登極一事，抹上了一層令人擔憂的陰影。李選侍挾皇長子自重的陰謀如果得逞，對於封建秩序的穩定是極為不利的。這使正直派官吏無法接受。
另外，李選侍與鄭貴妃的密切關係，也決定了正直派官吏不可能容許李選侍染指朝廷大權。與正直派官吏關係密切的太監王安，及時地將李選侍的這一陰謀通報給外廷，正直派官吏楊漣、左光鬥、劉一燝及周嘉謨(吏部尚書)等立即作出對策。泰昌元年(1620年)九月一日，光宗死後時間不長，楊漣等人就來到了紫禁城中，楊漣鑑於李選侍尚據乾清宮，與其他大臣約好：到達乾清宮後，先「亟見」朱由校，「即呼萬歲，擁出乾清(宮),暫居慈慶(宮)」,以使朱由校擺脫李選侍的控制。當諸位大臣一齊來到乾清宮門前時守門太監「持梃不容入」,楊漣厲聲相責，乃得入。在對死去的光宗行過入臨禮之後，劉一爆詰問旁邊的太監們：「皇長子當柩前甲位，今不在，何也？太監們「東西走」而「不對」。這時，朱由校正被李選侍藏在本宮暖閣，不得出，王安即上前報告：「為李選侍所匿耳。」
接著，王安入內見選侍，騙她說：「第出即返。」遂挾朱由校「趨出」,「及門，中官數輩追及，攬衣請還」,楊漣將之斥退。劉一等因掖朱由校「升輦，至文華殿」,舉行了「即東宮位」的典禮(前此尚未正式舉行過這一典禮)。「事稍定，選侍猶趨(朱由校)還乾清(宮)」。劉一燝對朱由校說：「乾清不可居，殿下宜暫居慈慶(宮)。」朱由校「心憚選侍，然之」,遂去了慈慶宮。時議定於本月六日正式即皇帝位。周嘉謨奏請朱由校：「今日殿下之身，是社稷神人託重之身，不可輕易；即詣乾清宮哭臨，須臣等到乃發。」朱由校很贊同。為了使朱由校在正式即帝位時能住進皇帝應住的乾清宮也為了使李選侍徹底喪失幹政的可能，自九月二日起，左光鬥等開始採取措施，逼迫李選侍搬出乾清宮。九月二日，左光鬥、周嘉謨各上疏請選侍移宮。
左光鬥的奏疏說：「內廷有乾清宮，猶外廷有皇極殿，惟天子御天得居之，惟皇后配天得共居之」;「選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮」,「名分謂何？」「及今不早斷決將借撫養之名，行專制之實，武氏之禍，再見於今，將來有不忍言者」。這幾天的廷臣奏章，是先經乾清宮，而後才能到慈慶宮。李選侍一見左光鬥的奏疏，勃然大怒，「將加嚴譴」,「數遣使宣召光鬥」,而左光鬥不聽其令，說：「我，天子法官也，非天子召不赴。若輩何為者？」李選侍更怒，邀朱由校到乾清宮商議，朱由校也不肯往，「使使取其箋視之，心以為善」,並反過來催選侍「擇日移宮」。初五日，傳聞欲緩移宮期，楊漣及諸大臣畢集慈慶宮門外，非常著急，因為次日即到朱由校即皇帝位的日期了。楊漣「語(方)從哲趣之」,方從哲卻答以「遲亦無害」。
楊漣當即反駁說：「昨以皇長子就太子宮猶可，明日為天子，乃反居太子宮以避宮人乎？即兩宮聖母(指光宗後郭氏及朱由校生母王氏)如在，夫死亦當從子。選侍何人，敢欺藐如此！」當時太監來來往往者甚多，有的說「選侍亦顧命中人」。楊漣斥之，說：「諸臣受顧命於先帝，先帝自欲先顧其子，何嘗先顧其嬖媵？請選侍於九廟前質之若曹豈食李家祿者？能殺我則已，否則，今日不移，死不去。」劉一燝、周嘉謨幫助他說話，「詞色俱厲，聲徹御前」。後皇長子使使宣諭，乃退」。
但楊漣又抗疏說：「選侍陽託保護之名，陰圖專擅之實，宮必不可不移，臣言之在今日，殿下行之在今日，諸大臣贊決之，亦惟今日。」由於楊漣等人理直氣壯，態度堅決，朱由校也下了「即日移宮」的旨意，加之王安在內「恐嚇」,李選侍無計可施，只好於當天移出乾清宮，改居仁壽殿。第二天，朱由校正式即帝位。不久，詔改次年為天啟元年。自光宗死到朱由校即位，其間共六天，史載楊漣為定這次「宮府危疑」,與劉一燝等共同奮鬥，費盡心力，事情過後，累得「鬚髮為之盡白」。在李選侍移出乾清宮之時，楊漣曾對諸大臣說：「選侍不移宮非所以尊天子。既移宮，又當有以安選侍。是在諸公調護，無使中官取快私仇。」
這是很周到、很正確的想法，它符合當時的道德規範，有利於政治上的穩定。但由於形勢的複雜，他們擔心的事情還是發生了。當李選侍由乾清宮搬出時，太監劉遜、劉朝、田詔等乘機「盜內府秘藏」,經過乾清門，「金寶墜地」,被發現，明熹宗大怒，「下法司按治」,「詞連(李)選侍父」。「諸奄計無所出」,即散布流言，說被逼移出乾清宮的李選侍上吊自殺、其女皇八妹入井」,用以「熒惑朝士」。在政治上喜好投機的御史賈繼春，遂上書內閣，「謂不當於新君御極之初，首勸主上以違忤先帝，逼逐庶母，表裡交搆，羅織不休，俾先帝玉體未寒，遂不能保一姬女"。
於是左光鬥「上疏述移宮事」,明熹宗也傳諭內閣指斥「選侍氣毆聖母，及要挾傳封皇后與即日欲垂簾聽政」的種種罪狀，又明白宣布，目前李選侍已得到「奉養」,「尊敬不敢怠」。大學士方從哲接到此諭，以「皇上既仰體先帝遺愛，不宜暴其過惡，傳之外廷」為由，將之封還。明熹宗不肯接受方從哲的意見堅持將這道諭旨發抄出去。接著，給事中周朝瑞與賈繼春辯駁起來，周朝瑞謂賈「喜樹旌旗，妄生題目」,賈繼春則謂「保全選侍，蓋亦人倫天理、布帛菽粟之言」,並說「主上父子相繼，宗社何嘗不安，而必待傾選侍以安之」?又稱「伶仃之皇八妹入井誰憐？孀寡之未亡人雉經莫訴」。楊漣恐賈繼春之說傳播開來，「使今日之疑端，成他時之實事」,亦上「敬述移宮始末疏」,敘述了移宮前後的詳細情況。明熹宗見疏大喜，「優詔」表揚他「志安社稷」。
不過，賈繼春及其同黨對之更加惱火，「詆漣結王安，圖封拜」。楊漣不勝其憤，「抗章乞去」,明熹宗「褒其忠直」,「許之歸」,時在泰昌元年(1620年)的十二月。第二年春，賈繼春出按江西，便道還裡，「見帝諸諭」,乃上疏「自明上書之故」,自稱是為了「效忠規勸」,並「惶恐引罪」,將自己所談說是「得之傳聞」。但將最關鍵「雉經」、「人井」兩語隱下不講。明熹宗對之進行了嚴厲的批評，並「除名永錮」,時為天啟元年(1621年)四月。②上述楊漣、左光鬥等逼迫李選侍移出乾清宮一事及關於此事的爭論，就是所謂的移宮案。它與萬曆年間的梃擊案、前此不久發生的紅丸案，合稱三案。自楊漣、賈繼春相繼離開朝廷後，關於移宮案的爭論暫時停息，但不久又重新開展起來。