疾病，特別是傳染性疾病很大程度上改變了人類社會的發展的進程，雖然人類付出了極為高昂的代價。
一三四七年歐洲地中海西西里港口，爆發於中世紀後期的鼠疫細菌從這裡登陸入侵，並在歐洲肆虐了四年，奪去了當時歐洲兩千五百萬人的生命，歐洲人口損失三分之一以上。很多重災區如佛羅倫斯百分之八十的人感染鼠疫死亡，一些小的村鎮人口幾乎絕跡。
這種疾病沒有所謂的易感人群，無論男女老少，窮人、富人、黑死病都毫無偏袒地被收割著生命。這場災難用死亡與恐怖改變了歐洲的階級格局，改變了人們的觀念，也造就了新的社會形態，直接引發了日後的社會變革。
鼠疫是由鼠疫桿菌引起的，鼠疫桿菌通常寄生在老鼠等齧齒動物體內，老鼠身上的跳蚤吸食了老鼠血之後，鼠疫桿菌進入跳蚤體內，感染這種細菌的老鼠並不會很快死去，所以細菌也就會隨著老鼠四處流竄。由於跳蚤不如老鼠的免疫能力強，鼠疫桿菌會在跳蚤體內快速繁殖，最後會堵塞跳蚤的消化道，使跳蚤一直處於飢餓狀態，而飢餓的跳蚤會更加瘋狂的覓食。在當時歐洲的城市裡，環境衛生普遍比較差，人類當然會成為跳蚤的叮咬對象，可是被堵塞消化道的跳蚤無法吸入人血，但是其體內的鼠疫桿菌反而會和血液一起吐回人體的組織液當中，這樣鼠疫桿菌就進入了人體的內循環。
在十世紀到十四世紀這段時間裡，歐洲持續了幾百年的溫暖氣候，農作物持續豐收，歐洲的人口也翻了一倍多，達到七千五百萬。由於生活的相對富足和人丁興旺，人口開始向城市聚集，新的城市也不斷形成。由於歐洲人的生活高度依賴貿易，於是還出現了像熱那亞共和國這樣以地中海商業貿易為根基的國家，其建立了貿易站點遍布地中海和東歐。當時義大利的很多地區已經不再生產糧食，專營經濟作物，或者只為地中海的航運服務相關的金融保險活動，人口往來頻繁，海上貿易繁忙。
但是中世紀歐洲的城市環境，除了王公貴族的宮殿莊園以外，大部分城區都可以用骯髒來形容。居民的生活垃圾，直接傾倒在自家門外。歐洲人普遍認為衛生是個人問題，沒有建立公共衛生設施，洗澡是一件稀罕的事情，這無疑為寄生蟲和老鼠繁殖提供了絕佳的機會。
一三四七年左右在中亞地區就出現了新型的鼠疫桿菌，但由於出現在沙漠、戈壁這樣人口稀少的地區，沒有大規模傳播。當時元朝西徵歐洲的戰爭還在進行，歐洲熱那亞共和國的一個貿易站，黑海港口城市卡法被元兵包圍。這些穿越中亞來到歐洲門戶的蒙古大軍，同時也帶來亞了鼠疫桿菌。疾病很快在軍中傳播，攻擊卡法城的任務已經無法完成，於是蒙古軍隊就將染病而死的士兵屍體用投石機扔進城內，屍體上的細菌，通過成裡的老鼠很快擴散開來，這些老鼠同樣登上了準備駛向地中海的商船裡。
來自卡法的倖存者，首先來到千年古城君士坦丁堡，東羅馬帝國的首都。雖然船上已經出現了死亡現象，但是由於沒有對瘟疫的認識，水手和乘客都被允許上岸，不久之後，城裡就出現了第一批鼠疫患者。
很快感染人數開始增加，患者先開始發燒，緊接著脖子、腋下等地方的淋巴結開始腫大，隨後伴隨劇烈的咳嗽，接下去皮下開始出現黑斑，手腳壞死，最終身體器官大量壞死，患者隨之死亡。而這個過程多則六七天，快的話可能不到一天。
鼠疫感染致死的具體機理是這樣的，進入人體組織液的物質都需要通過淋巴系統進行過濾和審查才能進入內循環，淋巴腺腫大是因為機體已經檢測到了細菌的入侵，開始在淋巴腺抗擊病原體。可是鼠疫桿菌相當強大，會直接攻擊淋巴系統，造成淋巴組織潰爛。人體的免疫系統與細菌鬥爭會破壞內循環，末端組織開始壞死，手腳發黑，人體潰爛，患者最終在痛苦中死去，幾乎沒有生還的機會。其他人如果接觸到這些血液，通過傷口也可以直接進入健康人體的血液之中，直接引發感染。有的感染的人不會活過一天，甚至僅僅兩個小時，就會讓一個完全健康的人全身發黑潰爛而死。因為病人後期身體有發黑的症狀，人們將這種疾病稱之為黑死病。
作為歐洲當時最大的城市之一，千年古都君士坦丁堡每天都有大量的商業船隻以及往來人口，如此以來已經感染了君士坦丁堡的黑死病就會沿著他的貿易線路快速地向整個地中海擴散。
巴爾幹半島很快淪陷，而希臘向南的貿易現又將黑死病帶到了北非和中東、埃及、敘利亞或者耶路撒冷向西的貿易航線，幾個月後就到達了西西里的墨西拿港。
緊接著感染了整個亞平寧半島，然後就是法國和西班牙，威尼斯、巴黎、佛羅倫斯這種人口密集的城市很快成為重災區。英吉利海峽也沒能擋住黑死病，倫敦等地很快陷落。
儘管當地很快意識到了傳染病的存在，並開始隔離病人，關閉城門，防止疫情蔓延。可當時的人們完全沒有想到老鼠和寄生蟲其實是病原體擴散的主要途徑，就這樣瘟疫沿著一個個村鎮向內陸蔓延。很多大城市每天都有一千多人死去，熱那亞共和國幾乎被摧毀，有些村鎮出現了絕戶的情況。
逃離疫區，躲避瘟疫的人們，很大程度上加速了瘟疫的擴散，讓一些本來與外界交流並不多的鄉下也遭遇同樣的災難。隔離措施完全起不了作用，人們只是捂住口鼻，認為疾病源於空氣中的瘴氣，完全沒有意識到滿街的老鼠和身上的跳蚤蝨子，其實正在播撒死亡。
起初人們還會處理屍體，可是由於人手越來越少，城市的街道逐漸橫屍遍地。經常出現的情況就是有一人感染，回到家中之後，全家人都會感染，然後死在屋裡，無人知曉。這些大城市的景象好比人間地獄，黑死病在歐洲肆虐了四年，帶走了大約兩千五百萬人。由於瘟疫的突發性，人們面對這場災難沒有絲毫有效的應對措施。
當時歐洲流行的放血療法、煙燻療法沒有任何作用，城市開始封閉，切斷交通與商業往來，焚燒屍體和外來貨物。絕望之中，人開始們開始向上帝祈禱，組成遊行隊伍，鞭打自己，讓上帝看到他們已經認識到自己的罪孽，祈求造物主的寬恕，不要再散布死亡，但是所有辦法都攔不住疾病的肆虐。
後來人們開始尋找責任人，將疾病的傳播以及死神的降臨歸咎於猶太人、基督徒或者麻風病人，認為是他們與惡魔交易傳播疾病與死亡，並對他們實施抓捕、監禁甚至屠殺。有資料顯示，在美因茨1.2萬猶太人被當作瘟疫的傳播者而活活燒死，在斯特拉斯堡也殺掉了1.6萬猶太人。
同時在信仰的支持下，神職人員卻一直站在抗擊病魔的最前線。但是他們抗拒的手段，不是醫療，而是祈禱和洗禮，為病人免除罪過。於是神職人員反而成了高危職業，大批神職人員受到感染而倒下。
很快教堂空了，各種儀式無人主持，人們的精神再無依靠。因為如果就連神聖的牧師傳教適度大批倒下的話，那麼上帝又在哪裡？
在政教合一的國家裡，教會失去權威，政府無力統治，神職人員和士兵大批死亡，商業往來也被停止，物資供應被阻斷，於是饑荒出現了。偷盜、搶劫四起，社會秩序被疾病徹底摧毀，整個歐洲似乎都在做滅亡前的最後掙扎。
可是就在一三五二年，黑死病自己消失了。
不再有新的居民感染髮病，人們開始走出家門，面對荒蕪冷清的城市，開始處理屍體，重建秩序，貿易也被重新啟動，生活開始恢復，直到現在史學家與病理學家也沒有弄明白中世紀歐洲的黑死病到底是如何消失的。
被多數人認可的一種猜測是，因為人口損失過快，導致疾病的傳播被阻斷。同時城市內門齧齒動物也大量發病死亡，加上商業人口流動被切斷，小冰河時期導致的溫度越來越低。食物的匱乏減弱了老鼠活動的能力，細菌傳播的途徑被阻斷，缺少新的宿主之後，細菌的蔓延和生長也就被控制，隨後消失，所以這場恐怖的瘟疫就暫時停止了。
災難過後，由於宗教舊勢力被嚴重削弱，還有神職人員的這場災難中的無能為力，人們逐漸對宗教的理論基礎產生懷疑，歐洲逐漸擺脫了神權統治，進入世俗社會。
由於災難造成了人口短缺，勞動力價格開始飆升，領主不得不以更高的酬勞請農民為自己打理田地，普通大眾也就有了進一步追求美好生活的條件。
藝術也不再是頌揚神的功德，而是盡力展現生命的美好，這就為接下來的文藝復興、大航海、工業革命打下了思想基礎。
但是先前肆虐歐洲的瘟疫只是暫時消失，細菌當然不會被趕盡殺絕，只是因為缺少更多的宿主停止了大規模的爆發。在接下來的幾百年中，黑死病仍然在世界各地不斷的出現，造成多次大規模災難，成百上千萬人死去，改變了很多歷史。比如明朝末期的鼠疫大流行感染了守衛北京的明軍，所以李自成的農民軍才可以直取北京。
近代之前，人們對鼠疫桿菌一直束手無策。因為人們根本不知道它的存在。直到一八九四年，香港再次爆發鼠疫之時，法國人伊爾森通過解剖屍體的病變部位，才發現了鼠疫桿菌，也明白了從老鼠跳蚤到人的鼠疫細菌傳播機制。當弄明白了傳染源之後，配合現代醫學的疫情防治也就容易多了。這次的瘟疫雖然爆發於中國南方的人口密集區，但卻在衛生條件落後的印度造成了千萬人的死亡。日俄戰爭時期，我國東北也爆發過鼠疫，不過很快就被控制，沒有出現大規模的感染。
隨著二戰中青黴素等抗生素的發現，鼠疫再也不是不治之症，只要及時發現就能徹底治癒，但是鼠疫並不會像天花、霍亂那樣被人類根除，因為他可以在野生動物，尤其是殺不盡的嚙齒類動物身上繁殖。所以人類只能與之共存並時刻提防他捲土重來，當前人類的組織能力已經較之前有了很大程度上的提升，如果疫情再次爆發，人類社會將很快做出反應，控制疾病的傳播，人群的隔離和檢疫措施，也將會有很高的執行效果，科研機構同樣會儘快研製出特效藥去應對疫情。