在他漫長的一生中，在1692-1693年間，艾薩克牛頓陷入了一個所謂的瘋狂時期。從他的精神狀態來看，這一時期到底發生了什麼，仍然是歷史學家和學者們爭論和討論的話題。有些人把他的症狀歸咎於發育障礙；阿斯伯格綜合症。其他人則將博學者稱為患有抑鬱症。還有一些人將他遇到的困難歸咎於他用於各種實驗的汞和鉛的毒性效應。牛頓一生中很少發展出親密的關係，對學生和同伴保持冷漠，對大多數人都持懷疑態度，這被一些人認為是偏執狂。
從19世紀初開始，牛頓的傳記作者將他描述為一個冷酷無情的人，儘管他是三一學院的一名學生，對學生漠不關心，很少輔導學生。他的宗教觀點被認為是異端，導致他進一步孤立，他很少享受娛樂方式，他認為這是輕浮的。然而，人們認為他已經從「瘋狂」時期恢復過來，並繼續保持生產和健康，再活三十年。
牛頓爵士是物理學家、數學家、聖經學者、鍊金術士和哲學家，儘管在他那個時代有爭議
以下是艾薩克·牛頓爵士在17世紀末陷入瘋狂時所表現出的一些症狀和行為。
牛頓在鍊金術實驗中使用水銀，吸入水銀的煙霧，甚至品嘗水銀，從而攝入水銀的毒素
17世紀末，牛頓開始嘗試鍊金術。牛頓在他的筆記、信件和出版的著作中留下了大約1000萬個單詞，其中10%或100萬個單詞是專門研究鍊金術的。鍊金術的實踐之一是試圖將金屬轉化為金和銀。牛頓的筆記揭示了，儘管他經常用一種密碼來保護自己的秘密，但他從1692年開始試驗了大量的重金屬，不久之後就進入了他的精神健康問題時期。這些金屬中有汞和鉛。
艾薩克·牛頓的屍體在挖掘後對他的頭髮進行了檢查，發現了汞、鉛和其他有毒金屬的危險水平。他對各種重金屬的研究也包括對它們的氣味和味道的觀察，表明他是口服的。就在牛頓開始鍊金術實驗後不久，他就出現了精神疾病的症狀，他在信中向同事報告，其他人也觀察到了這些症狀。他的症狀包括失眠、偏執、慢性消化不良和抑鬱。究竟是由於他對重金屬的實驗造成的，還是由於它們而加劇的，人們都在猜測。
牛頓和其他鍊金術士尋找被稱為哲學家之石的東西
在牛頓的有生之年，他致力於鍊金術數十年，在他那個時代，在英國被稱為「chymistry」，其中許多在當時是非法的，被認為是異端。鍊金術士們尋找其中一種被稱為哲學家之石的物質，這種神秘的物質被認為能夠將金屬轉化為金銀，賦予擁有者永恆的生命，並起到恢復青春和活力的作用。鍊金術士把尋找哲學家的石頭稱為「巨著」，拉丁文是偉大的作品。因為它是異端的，在某些方面是非法的，鍊金術士在相互交流中使用了各種語言技巧，包括雙關語和其他文字遊戲以及直截了當的代碼，其中包括牛頓。
在牛頓的一生中，科學和迷信之間的區別是模糊的，基督教聖經的字面解釋是佔主導地位的世界觀。作為他的神秘研究和鍊金術實驗的一部分，牛頓被不斷惡化的精神健康所困擾，他花了大量時間仔細研讀《啟示錄》，相信其中包含的線索將引導他找到這本巨著的目標發現。在他有生之年，他沒有出版關於鍊金術的作品，儘管有人認為他的大部分作品是在他的狗意外引發的火災中被毀的（這個故事可能是虛構的），但他的大部分作品發表於1936年，後來在網上發表。
劍橋三一學院多年來一直是牛頓的家，在那裡他名聲大噪
雖然一些傳記作者將他的精神疾病限制在1692-1993年的18個月內，但也有人認為，艾薩克·牛頓一生中大部分時間都患有雙相情感障礙，表現出幼兒時期的症狀。牛頓小時候是個孤獨的人，很少和他這個年紀的其他孩子一起玩，而是獨自從事諸如建立機器模型和研究機器力學之類的活動。他的生父在他出生前就去世了，當他母親再婚時，他和他的繼父相處得不好。這種厭惡又回來了，牛頓開始憎恨他母親再婚了。然後，他被送去和他的外祖母住在一起，和他同父異母的兄弟姐妹遠離母親的第二次婚姻。
牛頓形成了一種專橫的性格，他一生中很少有朋友和那些他可以用自己的觀點壓倒的人在一起。他還表現出自責的時期，在這期間，他寫下了他的「罪行」清單，從他還是個孩子的時候開始。他很容易發怒，生氣的時候常常很暴力，用言語，有時還用拳頭猛擊。在劍橋求學期間，牛頓在筆記中寫下了自殺的想法、孤獨感和明顯的自卑感。他討厭別人對他的批評，這是他的個性特徵，當他的理論受到質疑時，這種個性一直延續到他的職業生涯中。在他漫長的一生中，狂躁和抑鬱的循環一直持續著。
牛頓仔細研究聖經，相信宇宙的秘密是在聖經的文本中編碼的
在他對《聖經》的廣泛研究和他在鍊金術方面的工作的同時，他認為為了成功，需要從《聖經》中提取秘密，牛頓保留了筆記，他在筆記中指定自己被上帝選中，向世界揭示他神秘的秘密。牛頓開始相信對耶穌的神聖崇拜是異端的，儘管他在有生之年沒有公布他的信仰。這樣做會使他成為一個異教徒，而此時異教徒可以在某些情況下被處決。他認為耶穌是一個像他自己一樣，被選中來揭示某些真理，但服從上帝的人。因此牛頓拒絕了三位一體的觀點。
牛頓自封為信使，被選為揭示上帝秘密的使者，這促使他研究聖經，包括聖殿的幾何尺寸，他發現聖殿是地球和天空尺寸的密碼。牛頓的個性使他避免了與大多數人的隨意交談，除了那些對他表現出明顯尊重的人，他經常屈尊於他們。作為三一學院（Trinity College）的一名院士，牛頓需要被任命為英國國教的牧師，但他迴避了這一要求，他認為，為了專注於科學，數學主席不應受到教會職責的幹擾，並獲得了國王的特許。
塞繆爾·佩皮斯，牛頓在1693年大蕭條時期寫下了他的精神錯亂
牛頓一生中發展起來的僅有的兩種親密的個人關係之一是與尼古拉斯·法蒂奧·德·杜利爾（Nicholas Fatio de Duillier）的關係，他與他保持著一種溫暖的聯繫。這段關係導致一些人猜測，自從牛頓從未結婚，他就與法蒂奧有同性戀關係。在牛頓的大量著作和書信中，從來沒有任何證據顯示出這種關係，也有很多證據表明牛頓對任何一種性別都沒有興趣，寧願保持純潔，不受感情的牽絆。他經常寫信抱怨其他人企圖把他介紹給合格的婦女。
在他精神崩潰期間，他患有震顫、失眠（在一封信中他聲稱已經五天沒有睡覺）、無法進食、妄想和可能的幻覺，他還寫信給他的記者，信中似乎帶有非理性。其中之一是對法蒂奧，而他以前的門衛對他的尊敬也消失了。牛頓在給塞繆爾·佩皮斯的一封信中聲稱，他已經失去了「我以前的思維一致性」，他被冷漠和別人所說的憂鬱所打動。他的明顯疾病包括他被報告與不在場的人交談，似乎是對在空房間聽到的聲音作出反應。
戈特弗裡德·萊布尼茨和艾薩克·牛頓就微積分發現的剽竊問題進行了曠日持久的爭論，這種爭論一直持續到21世紀
牛頓終身懷疑他的工作和發現的功勞會被其他人偷走，包括他的同時代人和後來的人。這種痴迷導致他對1699年開始的微積分發展產生了爭議，到1711年，微積分發展到包括牛頓對戈特弗裡德·萊布尼茲的剽竊指控。牛頓聲稱萊布尼茨偷了他1666年開始的作品，但直到很晚才出版。萊布尼茨從1684年開始出版他的作品。牛頓的早期著作直到他死後才出版。這場爭論導致萊布尼茨在他生命的最後十年裡成為了一個被唾棄的人。
牛頓製造了這場爭論，並利用他的版本的追隨者來詆毀萊布尼茨。這場爭論完全建立在牛頓的恐懼之上，他擔心與他相似的工作是獨立完成的，因此他不是他這個時代最偉大的數學頭腦。英國皇家學會於1713年成立了一個委員會，獨立調查這場爭論，該委員會聽取了牛頓的主張，但沒有給萊布尼茨提供機會提出自己的觀點，並於當年晚些時候支持牛頓。牛頓後來聲稱，這場爭論並不是關於他的名聲，而是基於他誠實的名聲。1716年萊布尼茨去世，20世紀大多數歷史學家都認為這兩位數學家是獨立完成他們的發現的。
牛頓不是倫敦咖啡館的常客，像羅伯特·胡克這樣的敵人玷汙了他的名聲
當戈特弗裡德·萊布尼茨去世時，關於微積分發現的爭論並沒有隨著他而消失，因為牛頓繼續利用他在皇家學會內的影響力來提高自己的聲譽，而犧牲了他的數學家同伴，後者已經無法再提供辯護。萊布尼茨也不是唯一一個感受到牛頓憤怒的科學家。羅伯特·胡克發展了一種控制行星運動的引力理論，與牛頓的理論相似，獨立於牛頓的工作，在胡剋死後牛頓試圖掩蓋這一點，當時艾薩克爵士擔任胡克以前在倫敦皇家學會的負責人。
牛頓和胡克也在牛頓的工作中與光學和光發生了衝突，胡克對此提出了批評，一旦牛頓有能力這樣做，他就系統地採取措施，使胡克變得默默無聞。當牛頓接任皇家學會會長時，胡克的論文消失了，其中包括牛頓和胡克之間、胡克和建築師克里斯多福·雷恩之間的通信副本，以及皇家學會的會議記錄，總共520篇論文。直到二十一世紀才被重新發現。還有一個故事，可能是虛構的，當皇家學會搬到新的地方，牛頓從生活中刪除了胡克的唯一肖像，儘管沒有確鑿的證據證明這種肖像曾經存在。
艾薩克·牛頓在倫敦晚年擔任鑄幣廠典獄長期間，無情地起訴造假者
牛頓被人們記住主要是作為一個科學家和數學家今天，與一個新興的聲譽作為聖經學者，但在他的成年生活的一半以上，他是一個政府官員，作為第一典獄長，後來作為主人，皇家鑄幣廠。這些職位是他作為一種收入來源而獲得的。牛頓等了一段時間才得到任命，一度聲稱負責任命的查爾斯·莫納圖對他懷恨在心。當蒙塔古成為財政大臣時，他做出了這一任命，他指出，這些職責並不那麼繁重，也不需要牛頓花太多時間從事科學工作。
牛頓全身心地投入到這一角色中，滿懷熱情地調查造假和剪硬幣的行為，甚至在酒館裡假扮自己剷除造假者，並對造假者進行有力的起訴。其中一個造假者被牛頓定罪，在他的高級朋友成功地將他從監獄釋放後，牛頓再次起訴他。牛頓所提供的證據和他起訴的活力導致偽造者被判有罪，並被處以絞刑，之後他被活捉，並被拉住。牛頓的熱情又導致了另外28起假冒偽劣的定罪和處決，所有這些都是他虔誠而愉快地追求的。
艾薩克牛頓的全神貫注，被描繪成赤身裸體地坐在海底，導致人們猜測他可能患有阿斯伯格綜合症
阿斯伯格症候群的三個臨床特徵已經作為牛頓人格特徵進行了研究，其他支持性證據也使一些人得出結論，牛頓患有阿斯伯格症候群。這些都是社會障礙，阻礙了友誼的發展，表現出對他人缺乏同情心；缺乏與他人溝通的欲望；以及對日常生活和支配性興趣的完全自我吸收。三一學院（Trinity College）的同學們報告說，牛頓時代其他人的觀察結果常常被用來支持這一觀點，包括他對自己在校期間的外表漠不關心。
從當代關於牛頓的著作中可以清楚地看出，在他整個職業生涯的不同時期，症狀都是存在的。在三一學院上學期間，他的邋遢外表引起了幾個學生的注意，他全神貫注地專注於學習和後來的工作也是如此。他常常自己承認自己太專注了，以至於忘了吃飯。但這三種症狀，以及對他的外表漠不關心，也很容易被其他可能性所解釋，診斷一種跨越三個世紀的疾病並非易事。牛頓一生在寫作中保持著許多關係，並以清晰的方式表達自己的思想，而不是在閒聊或講座中這樣做。
艾薩克牛頓的手工靈巧使他能夠用自己的雙手製造出第一臺反射顯微鏡
艾薩克·牛頓很小，小時候身材稍高，是欺負人的目標，沒有父母或兄弟姐妹的支持。在他早期的一本筆記本中，他寫道自己決心成為學校裡最好的學生，格蘭瑟姆國王學校（該學校在2018年仍在運營）。和許多瘦小而有學問的男孩一樣，他容易受到排斥、取笑和欺負，這是他決心在學業上勝過其他男孩的動力。毫無疑問，他專橫、專橫的性格也導致了他缺乏社會認同感。但有另一種可能的解釋，而不是阿斯伯格綜合症，或其他形式的發育障礙。
艾薩克·牛頓是個口吃者，他一生中大部分時間都在與口吃作鬥爭，這很容易解釋他一生都不願與人交談的原因。即使在他晚年擔任國會議員時，他也避免公開演講。這也可以解釋他在三一學院擔任盧卡斯數學主席時不願輔導學生的原因。他後來對批評反應過度，可能是因為口吃增加了尷尬。反對阿斯伯格綜合症的另一個論據是他熟練地使用雙手；在學生時代，他設計並建造了風車和其他機械的工作模型，展示了手眼協調和工具的正確使用，自學成才。
儘管許多同時代的人認為牛頓是個難以對付的人，但他受到伏爾泰的尊敬，伏爾泰參加了他的葬禮
為支持艾薩克·牛頓患有現在被稱為雙相情感障礙的理論而提出的一個論點是他性格的困難性。牛頓的同時代人，無論是朋友還是敵人，在討論他的社交技巧時，對他的描述都不那麼恭維。「這是我所知道的最可怕、最謹慎、最可疑的脾氣，」1701年牛頓擔任三一學院盧卡斯數學主席時，擔任牛頓副手的威廉·惠斯頓寫道。惠斯頓還履行了與這個職位相關的大部分職責，牛頓把這個職位變成了一個能幹的人，而不是輔導學生或專注於系裡學生的表現。他的個性不允許他教書。
當牛頓獲得三一學院藝術碩士和主要研究員的地位時，他開始從學院領取小額津貼，並繼續從母親那裡獲得每年的資助，他從1668年初開始用這筆錢來裝修他的房間。在學院自己負責了這項繁重的工程之後，牛頓又重新裝修了內部，使之符合自己的口味，開始大肆消費，購買地毯、皮椅、十把額外的椅子、幾張桌子和桌子、箱子、一張沙發、眼鏡、桌布和一張新床。那些支持雙相情感障礙理論的人將他翻修的房子的花費描述為躁狂期的症狀。
牛頓怪癖最早被同齡人注意到的格蘭瑟姆國王學院今天仍在運作
牛頓表現出集中精神的能力，這使他在許多方面成為後來時代「心不在焉的教授」的原型。他常常在前一天晚上為他準備的冷盤子上吃早餐，整個晚上他都在沉思，忘記了吃飯或睡覺。晚年，他告訴他同父異母的侄女，在劍橋的日子裡，他的貓因為吃了放在他旁邊桌子上的飯菜而變得肥胖，因為他在處理一些或另一些問題，卻沒有引起他的注意。據劍橋大學的秘書說，當他想起自己坐在無人看管的地方吃飯時，他常常會站著吃一兩口，然後再被佔據他注意力的東西吸引走。
約翰·洛克和牛頓一樣是皇家學會的一員，他曾寫道，雖然他把牛頓看作朋友，但他擔心自己有時很難對付，「而且有點太容易在沒有根據的地方引起懷疑」。這一點以及同時代人和後來傳記作家的類似觀察，導致牛頓被描述為由於精神不安而孤僻和健忘，由於懷疑和偏執的個性而不敢從事社會活動。他對批評的恐懼導致他遲遲沒有出版他的大部分作品，直到他們被另一個因為他的發現而受到讚揚的恐懼所壓倒。他死後，他的許多作品仍未出版。
英國天文學家約翰弗拉姆斯特德認為牛頓在他的工作中不承認他人的貢獻，並感到物理學家憤怒的刺痛
當牛頓關於光的本質的思想和發現被發表時，他受到了對他的理論的批評，也受到了對他所依賴的其他人的貢獻的缺乏承認的批評。在牛頓的整個職業生涯中，經常有人指責他不承認他人的貢獻。當英國天文學家約翰·弗拉姆斯特德（johnflamsted）抱怨牛頓沒有正確地引用他的貢獻時，他就開始了兩位科學家之間的長期爭論。弗拉姆斯特德寫信向皇家學會的另一位成員抱怨。
弗拉姆斯特德的抱怨是，牛頓在得出關於重力的結論時，「使用了他挖的礦石」。牛頓的回答是，如果弗拉姆斯特德挖了礦石，是他（牛頓）把無用的巖石變成了一個金戒指。不過，這些評論肯定刺痛了牛頓，因為他開始對出版自己的作品表現出厭惡，儘管他承諾儘可能定期地努力支持皇家學會。牛頓曾經寫信給萊布尼茨，說他遲遲不肯出版（在他們吵架之前），「……我認為自己已經找到了最可靠的解釋，但我不出版書籍，因為擔心爭端和爭論可能會由無知者向我提出。」牛頓指的是他對光的性質的發現。
儘管牛頓既不喜歡戲劇，也不喜歡詩歌，但他還是把莎士比亞的《哈姆雷特》的一本放在自己的私人圖書館裡
艾薩克·牛頓在他死前獲得了一個1896本書的圖書館，其中沒有一本是傑弗裡·喬叟、埃德蒙·斯賓塞或威廉·莎士比亞的作品，儘管他收藏了後者的兩本作品《哈姆雷特》和《暴風雨》。他確實擁有約翰·彌爾頓的史詩，但他把詩歌本身稱為「巧妙的廢話」。據威廉·斯圖克利所說，牛頓曾經承認參加過一場歌劇，並說：「我高興地聽到的第一幕，第二幕使我忍無可忍，第三幕我就跑了。」。有一次，當牛頓聽亨德爾演奏一支大鍵琴時，他對這首音樂沒有任何評論。相反，他在演奏時觀察了音樂家的手的動作。
也許是因為他對藝術的迴避，牛頓與同齡人之間的互動受到了限制。他不能參加客廳和客廳裡討論最新的書、最新的劇本、最新的作文，因為他沒有讀過、看到過或聽到過。他在社交禮儀方面已經缺乏經驗，缺乏知識會使他在那個階級劃分的時代顯得無知甚至沒有教養。在他的出版物中，甚至在他的私人書信中，牛頓的寫作在形容詞和其他作家的工具的使用上都是多餘的。牛頓對藝術的漠不關心並沒有延伸到園林，他在劍橋時精心保存了其中一個園林。
牛頓最早的傳記作者提到他使用了當時流行的秘方，因此人們猜測他是一個疑病症患者
艾薩克·牛頓，除了他在鍊金術實驗中崩潰的那段時期外，他還過著長期而相對健康的生活，他的信和同時代人的信中很少提到生病的時期。然而，許多人認為他患有疑病症，支持心理健康問題影響他的觀點。這些指控是基於牛頓的鍊金術實驗，在實驗中，他還混合了各種藥水，以及他對長生不老藥的探索，以及他對當時一種被稱為盧卡特香膏（Lucatello's Balsome）的香膏的依賴，這種香膏可以緩解許多疾病，包括麻疹、狗咬傷和牛頓所患的疾病，消費。
牛頓確實寫過在某個時刻被限制在他的「感冒室」裡，儘管他在一周內又開始做他的生意，而且在這麼長的一段時間裡，他不可能患過很多感冒，特別是考慮到當時的醫學知識和傳染病。在牛頓的一生中，使用這種香膏和藥方是司空見慣的。如果牛頓真的相信他吃過水，那麼就沒有他向醫生尋求幫助的記錄，也沒有他參與服用健康的水的記錄，而這些記錄被認為可以緩解病情。
牛頓寧願和自己的人在一起，也不願和別人在一起，即使到了他漫長而富有成效的生命的盡頭
隨著時間的推移，艾薩克·牛頓發展出一種性格，這種性格使他更喜歡獨處，避免社交接觸，除非是為了工作的進步。在他的作品和同時代人的作品中，他很少表現出幽默感，他也不容易通過記錄他人的貢獻來與他人分享他的成就。他只在憤怒中表達自己的情緒；其他的情緒都在嚴格的自我控制之下。他不說也不寫自己的欲望，他有悔恨感的唯一跡象是在他年輕時為自己準備的「罪惡」清單上。
他並沒有擺脫性慾的感覺，因為他寫下了控制性慾的方法，因此保持貞潔，這顯然是他一生都保持的一種狀態。「保持貞潔的方法不是與失禁的思想鬥爭，而是通過一些懇求（原文如此），或通過閱讀，或通過沉思其他事情，或通過交談來避免思想，」牛頓在他有生之年告訴一位相對較晚的人。在他開始他的學術生涯之前，唯一一個可能涉及浪漫的記錄是一個青少年時期。也許對牛頓性格最好的描述來自漢弗萊·牛頓，他曾在三一學院當過秘書。「他的行為溫和而溫順，沒有憤怒、易怒或激情，如此自由，你可能會認為他是一個斯多葛主義者。」但很明顯，他不是沒有他的魔鬼，像所有人一樣。
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