春秋以前，巫醫一體，春秋之時，二者漸分，《左傳》載醫緩、醫和入晉視疾，已闢鬼神之說。《論語·子路》載「子曰：南人有言曰——人而無恆，不可以作巫醫。善夫！」說明春秋時南方地區巫醫尚未區別。到戰國時，學術昌明，巫醫基本分離。蓋社會愈演進，對各領域的專業要求愈高，巫之業越分越細，且越剝越少，到秦漢時，惟剩祝禱舞雩之責而已。
《周禮》相傳為周公所作，學者一般認為是戰國之書，《周禮》中，醫師、食醫、疾醫、瘍醫之職已屬天官，卜師、筮人、大祝、男巫之員並歸春官。區分明顯。秦漢設九卿，以太常總領宗廟禮儀祭祀之事，其屬官——太宰掌祭祀供牲，太樂掌祭祀演樂，太史掌天時星曆，太卜掌卜筮，太祝掌祝文，太醫掌醫藥。這些事宜在上古都是巫的職責，而此時，廟堂之上巫已無立足之地，只在江湖山野尚存身影。《史記·扁鵲倉公列傳》記載倉公所謂六不治，直言：「信巫不信醫，不治。」可見，巫與醫已徹底分道揚鑣。
《黃帝內經》既然為戰國後期在齊國成書，那之後的流傳又如何呢？秦始皇攻滅六國，六國珍玩圖籍悉入鹹陽，秦始皇三十四年(前213年)，又下令焚書，儒士學者抱簡冊遠遁，以避秦火，詩書史錄，賴之保存。然而始皇焚書，「所不去者，醫藥卜筮種樹之書。」《黃帝內經》應該得以流傳。秦末戰亂，官方圖書零散，無人顧及。
漢初，天下大定，典籍間出。漢武帝有感於「書缺簡脫，禮崩樂壞」，於是廣開獻書之路，大量文獻典籍被徵集到長安，充實秘府。之後宣帝、元帝、成帝仿效，皇家所收書籍，漸積如山。漢成帝時，開始對藏書進行全面整理，於是詔光祿大夫劉向校經傳、諸子、詩賦，步兵校尉任宏校兵書，太史令尹鹹校數術，侍醫李柱國校方技，劉向總其成。校書工作持續十九年之久，劉向將已校之書編了目錄，方面檢索，這就是《別錄》，呈給皇帝御覽。劉向死後書仍未整理完畢，漢哀帝命其子劉歆繼承父業，繼續校書，終於完成。劉歆在《別錄》基礎上編成《七略》，當時整理的所有書籍，其名稱、卷數都羅列其中，可惜這本書已失傳，幸好《漢書·藝文志》將其主要內容都保存了下來。
《七略》將天下圖書分為七類，其中「方技略」又分「醫經、經方、房中、神仙」四個子目，共三十六家，八百六十八卷。「醫經」有：
《黃帝內經》十八卷 《黃帝外經》三十七卷
《扁鵲內經》九卷 《扁鵲外經》十二卷
《白氏內經》三十八卷 《白氏外經》三十六卷
《旁篇》二十五卷
醫經共七家，一百七十五卷，可惜除了《黃帝內經》，其餘六家全都散佚不存。據《藝文志》定義，「醫經者，原人血脈經落（絡）骨髓陰陽表裡，以起百病之本，死生之分，而用度箴石湯火所施，調百藥齊（劑）和之所宜。至齊（劑）之得，猶磁石取鐵，以物相使。拙者失理，以愈為劇，以生為死。」我們今天所見之《黃帝內經》，內容與之完全相應，可以肯定，就是《七略》所輯《黃帝內經》。
既然《黃帝內經》書目著於《漢書·藝文志》，且未說不存，說明東漢班固那個時代還能見到此書。到了東漢末年，張仲景著《傷寒雜病論》，序中雲「勤求古訓，博採眾方，撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚藥錄》，並《平脈辨證》，為《傷寒雜病論》合十六卷。」仲景未稱《黃帝內經》，惟言《素問》《九卷》，尚不知二者關係。後世很多學者認為仲景為傷寒學派，與《黃帝內經》無涉，實際《傷寒論》之六經辨證，是從《素問·熱論》中脫胎而來，二者關係密切。讀書不多不明之人，乃有割裂之論。
西晉時名醫皇甫謐撰《針灸甲乙經》，序中稱「《七略·藝文志》，《黃帝內經》十八卷。今有《針經》九卷，《素問》九卷，二九十八卷，即《內經》也。」皇甫謐去仲景未遠，其言當有所本。說明東漢時醫家已將《黃帝內經》分作兩部分，一部分以論析醫理為主，一部分以經絡針灸為主，前者名之以《素問》，後者署名不定，或直稱《九卷》如仲景，或稱《針經》如皇甫謐。從此《黃帝內經》分為兩部，兩部命運亦各有起伏。
西晉末年，五胡亂華，中原板蕩，衣冠圖籍隨之南渡。東晉時，《黃帝內經》或《素問》之名未曾出現於史冊。南朝時有一人名 全元起，註解了《素問》，他曾就砭石一事造訪王僧儒，依此當為齊梁時人。其作注釋，以訓詁為主，樸實無華，是已知《黃帝內經》的最早注本。《隋書•經籍志》載「《黃帝素問》八卷，全元起注，今亡。」說明隋唐之際，此書已不存。唐朝的王冰，宋朝的林億，校正《素問》時所見全元起注本，只是斷簡殘編，宋以後全部湮沒無聞。從一些引文我們可以看到全元起對《素問》之名的解釋：「素者，本也；問者，黃帝問岐伯也。方陳性情之源，五行之本，故曰《素問》。」
隋朝的楊上善撰《黃帝內經太素》三十卷，將《黃帝內經》的內容分為數十類如「攝生、陰陽、藏府、經脈、診候」等等，以類彙編條文，依次註解，極具特色，其內容包括今之《素問》《靈樞》。據傳楊上善是道士，隋煬帝大業年間為太醫侍御。他的《黃帝內經太素》在《舊唐書•經籍志》《新唐書·藝文志》中都有存目。宋代林億校正《素問》時，此書尚在。大約在南宋時散佚，中國無由得見。此書在日本一直有流傳，當是唐朝時遣唐使帶去，1825年左右，日本人在京都仁和寺發現了《太素》古抄本，較為完備，日本學者參閱各本進行整理，得二十三卷，並刊刻發行，清末學人楊守敬赴東瀛訪書，遂將刊本帶回。時隔千年，中國醫者方得再見《黃帝內經太素》。
《素問》流傳過程中，貢獻最著者當屬唐代的王冰。王冰，號啟玄子，亦是道家人物，雅好醫藥，潛心研究《素問》十二年之久，感慨《素問》「世本紕繆，篇目重疊，前後不倫，文義懸隔」，確實，《素問》經過口耳相傳，之後錄於竹簡、布帛，接著鈔於紙本卷子，損壞、佚失、錯簡、誤字等實屬難免，王冰決定重新進行校勘整理。《素問》當時第七卷已不存，王冰自稱從他處得先師張公秘本以補入，這部分就是「運氣七篇」。他經過分合增刪，《素問》由原來的九卷變為二十四卷，並重新調整篇目次序，每篇冠以名稱，於唐代宗寶應元年（762年）完成《補註黃帝內經素問》。我們今天所看到的《素問》，完全以王冰的本子為基礎，從篇目可知，王冰將道家的觀念貫穿其中，對後世影響很大。
《隋書•經籍志》載：「《素問》九卷，《針經》九卷。」說明隋唐之際，《靈樞》仍然以《針經》之名流傳。王冰註解《素問》時，在自序中說：「《黃帝內經》十八卷，《素問》即其經九卷也，兼《靈樞》九卷，乃其數焉。」其注文也大量引用《靈樞》。這是《靈樞》這個名稱的最早記錄。但當時《靈樞》篇目似已不全。
唐末五代，戰亂頻仍，圖書之厄不及備載。北宋初期，朝廷重開獻書之路。宋朝皇帝，特別重視醫學。北宋嘉祐二年（1057年） ，仁宗皇帝詔令編修院置校正醫書局，命集賢院、崇文院學士帶領醫官，對歷代重要醫籍進行搜集整理、考證、校勘，並予以出版。校正醫書局堪稱世界最早的國家衛生出版機構。高寶衡、林億負責校正《素問》，林億等人搜集了當時流傳的多種《素問》古本，決定以王冰的《補註黃帝內經素問》為底本，參考《難經》、《脈經》、《針灸甲乙經》、《素問》全元起注本、《黃帝內經太素》等，進行極為嚴謹的校勘，「正謬誤者六千餘字，增注義者兩千餘條，」所增所減，必詳明出處緣由，最後撰成《重廣補註黃帝內經素問》。北宋已興雕版印刷之術，朝廷下令將此書刊印發行，流傳天下，從此《素問》再無散佚之虞。宋以後醫家註解《素問》皆本於此。
林億在校正《素問》時指出：「按今《素問》注中引《針經》者，多《靈樞》之文，但以《靈樞》今不全，故未得盡知也。」表明，北宋時《靈樞》已難窺全貌。林億注《素問》時，又引《九墟》《九靈》之文，內容多與《靈樞》重合，當是《靈樞》在民間流傳時的別稱，其別稱也頗具道家色彩。
北宋哲宗元佑七年（1092年）十二月，高麗國派使臣朝貢，並獻書於宋廷，其中有一部《黃帝針經》。高麗更有所求，希望天朝準許其購買中國歷代史籍及《冊府元龜》等書。時任端明殿學士兼禮部尚書的蘇軾上書，認為不宜許，史書包含歷代興亡治亂之理，又兼山川地理形勢，不可遺他國。蘇軾從朝廷安危考慮，很有道理。然而哲宗皇帝於元佑八年（1093年）正月下詔頒布高麗國所獻《黃帝針經》於天下，顯然已經答應了高麗的請求。此《黃帝針經》有九卷，乃完本，於是《靈樞》也得以刊刻流傳。北宋末年，靖康之難，中原又遭金人蕩滌，到南宋建立時，官方已不見《黃帝針經》。紹興二十五年（1155年），四川成都的史崧獻出家藏舊本《靈樞》，當是北宋所刻《黃帝針經》的後繼本。史崧所獻《靈樞》後經南宋朝廷刊印發行，流傳至今，就是我們現在看到的《靈樞》。今本《靈樞》對比《黃帝內經太素》及王冰注《素問》所引《靈樞》條文，都能相合，差別極小，確為《靈樞》真本。
宋以後，《黃帝內經》之《素問》《靈樞》再未失傳，研究並注釋《內經》的醫家層出不窮。金代劉完素研究《素問》三十五載，對原文進行闡發，著有《黃帝素問宣明論方》《素問玄機原病式》。元代的滑壽研究《素問》頗有心得，著《讀素問抄》三卷。明代的馬蒔，字玄臺，對《素問》《靈樞》原文逐篇逐段加以註解，並闡發精義，撰成《素問注證發微》《靈樞注證發微》兩書。馬蒔擅長針灸，對《靈樞》的注釋更加精妙，對後人啟發不少。之後明代的吳昆亦對《素問》進行全文注釋，著有《素問吳注》二十四卷。明末張介賓窮三十年之力，撰成《類經》三十二卷。他將《素問》《靈樞》內容按主題重新編排，分為十二大類，三百九十節，逐次注釋，條理井然，便於查閱，其方法與隋朝楊上善不謀而合。張介賓集歷代注家之要，參以己見，很多註解極為精要，對後世影響很大。明末清初的李中梓，編有《內經知要》，將《內經》的內容節選分類，加以註解，如《類經》的簡要版，頗受後世學醫者的歡迎。
清初張志聰仿照歷代注釋儒家經典的方法，與其門人匯集各家註解，著有《黃帝內經素問集注》、《靈樞經集注》，亦頗有影響。此後又有高世栻的《黃帝素問直解》，姚止庵的《素問經注節解》，汪昂的《素靈類纂約注》，黃元御的《素問懸解》《靈樞懸解》，皆可資參考。 日本的丹波元簡著有《素問識》《靈樞識》，專門挑出《內經》中的難解之處進行注釋，在學界評價很高。
《黃帝內經》能保存至今，歷代醫家都為此付出過大量心血，今我梳理其本末，見者當知華夏醫學之源遠流長，亦知經典流傳之不易，願讀《黃帝內經》者能惜之！
（圖片來自網絡）