乾隆四十六年(1781)十二月，經過紀昀和眾多纂修官將近十年的辛勤工作和不懈努力，第一部《四庫全書》終於告成，貯藏京城宮中文淵閣。全書抄成3600餘冊，裝成6144函，真可謂「水四瀛而山五嶽，侔此壯觀；前千古而後萬年，尤斯巨帙」。乾隆四十九年(1784)，繼第一部之後抄繕的第二、三、四部《四庫全書》相繼告成，先後送藏盛京(今瀋陽)故宮文溯閣、京郊圓明園文源閣、熱河(今承德)避暑山莊文津閣。其後，專為江浙士子閱覽提供方便而下令續抄的三部《四庫全書》亦於乾隆五十二年(1787)同時告成，送藏江蘇揚州文匯閣、鎮江文宗閣和浙江杭州文瀾閣。七閣《四庫全書》因有內廷四閣與江浙三閣、北四閣與南三閣之稱。由於《四庫全書》全系抄錄而成，雖然在辦理過程中反覆校對，嚴格核查，層層把關，但終因全書卷帙浩瀚，參與人員眾多，工作程序繁雜，仍不免有疏漏訛誤之處。因此，各部《四庫全書》在纂修、繕寫完畢，甚至貯閣之後，還先後進行過兩次大規模的復校工作。
乾隆五十二年(1787)五月，乾隆帝駐蹕避暑山莊，翻閱文津閣《四庫全書》，發現「其中訛謬甚多」，並由此而想到「文淵、文源二閣所貯《四庫全書》，其訛舛處所，亦皆不一而足」，遂下令復校內廷四閣全書，並明確規定：「除校出一二錯字，即隨時挖改，毋庸零星進呈，如有語句違礙，錯亂簡編，及誤寫廟諱，並繕寫荒謬、錯亂過多，應行換五頁以上者，再隨報進呈。」於是，內廷四閣全書的復校工作先後開始。根據乾隆帝的旨意，文淵閣、文源閣全書由「科甲出身之尚書、侍郎、京堂，以及翰詹科道部屬等官分司校閱」，其中，「文淵閣書籍著在文華殿、內閣等處閱看，文源閣書籍著在圓明園朝房閱看。內中天文、推算等書交欽天監堂司各官專看，樂律等書交樂部專看，醫藥等書交太醫院官員專看」，所有人員安排、任務分派、書籍收發、冊檔登記，以及挖改換頁、應用物料等事宜，均由皇六子永瑢、軍機大臣阿桂總負其責。紀昀則與彭元瑞一道，總司全書的核校工作，凡「詳校各員等看出訛錯及應刪、應改各書，俱登記籤檔，日逐交臣紀昀、臣彭元瑞詳核辦理」，經審核無誤之後，再視其具體情形，或挖改，或換頁，逐一予以改正。經過兩個多月的努力，文淵、文源二閣全書的復校工作相繼告竣，校出「各書內繕寫草率、訛錯換篇者，亦頗不少」，在一定程度上提高了全書的質量。
文淵閣、文源閣全書復校工作結束後，紀昀又帶領原辦理《四庫全書》，現在京任職各員前往避暑山莊，校閱文津閣全書。由於文淵、文源二閣全書的復校均發現諸多訛誤、脫漏之處，甚有「襲謬沿訛，競若未經寓目者」。因此，原辦「纂修、總校、分校各員，或註銷議敘，或罰廉俸，或罰看書」，均受到不同程度的責罰。而總負其責、專司其事的原總纂官紀昀和陸錫熊，獲咎尤重，乾隆帝下令「將文淵、文源、文津三閣書籍所有應行換寫篇頁，其裝訂挖改各工價，均令紀昀、陸錫熊二人一體分賠」；並罰令他們分別帶領人員前往熱河、盛京校勘文津、文溯二閣書籍，以贖前愆。所以，紀昀率領在京人員前往熱河校勘文津閣全書，實際上是作為一種處罰措施而進行的。儘管如此，紀昀仍然認真從事，恪盡其責，他與熱河總管「會同商辦」，決定「按人分課，按日記功」，「每人每日各看書二匣，早晚收發，俱在避暑山莊，有應挖改換頁之處，收拾完善，即令送閣歸架，照式安設」。考慮到「文津閣書系第四分，當時事屆垂成，未免急圖完竣，錯謬尤多」，此次校勘需查核底本之處不在少數，紀昀還奏請「於罰來各員內擇其過失稍輕者，酌留一二員，常川在翰林院專辦此事，即令自備夫馬，往來馳送」。這樣，歷經數月，文津閣全書的復校工作全部告竣，「共查出謄寫錯落、字句偏謬者六十一部」，「又查出遺失《永樂大典》書三部，偽本抵換者一部；漏寫遺書八部，繕寫未全者三部，偽本抵換者四部；排架顛倒書四十六部；匣面錯刻、漏刻及書籤誤寫者共三十部」，均分別不同情形，妥善予以處置，從而使文津閣全書的質量得到了有效改善。
經全面復校之後，內廷四閣全書的質量確實有所提高，但未能查出的魯魚亥豕及脫漏錯謬之處仍所在多有。乾隆五十六年(1791)七月，乾隆帝在避暑山莊翻閱文津閣全書，又發現「揚子《法言》一書，其卷一首篇有空白二行。因檢查是書次卷核對，竟系將晉唐及宋人注釋名氏脫寫」。乾隆帝認為，如此顯見之誤，竟然未能看出，「可見重加讎校，竟屬虛應故事」，因而下令將四閣全書「有似此脫誤者，一體抽閱填改」。於是，由文津閣全書的脫漏，再次引發了內廷四閣全書的全面復校。
在四閣全書的第二次復校中，紀昀同樣總司其事，全面負責其中文源閣、文淵閣、文津閣全書的校勘。他帶領原赴熱河校勘各員，首先前往圓明園校勘文源閣全書。經「認真搜剔」，嚴格督查，在前次校勘的基礎上，又改正了諸多訛誤之處，「計所籤舛漏，較初次詳校，竟增數倍之多。凡一字半字之空白，悉皆籤出，各調取底本補填。其餘卷頁脫落，行款參差，以及流水錯誤者，亦俱抽換修整」。此外，還查出了以前一直未能發現的捏注闕文、闕卷的嚴重現象。原來，某些書籍「空白之中，有原注闕文一項，詳校官因已聲明，遂不查核」。紀昀「偶覺數處可疑，調取底本查對，中有實系原闕者，亦竟有底本不闕而憚於書寫，或已經挖補而懶於查填，競自捏注闕文者」。甚或「有底本遺失，抵以他書，正本未全，偽注闕卷，致詳校官無從舉發者」。這些問題，都屬於「有心弊混，與偶然舛漏不同」。因此，紀昀除奏請嚴責此前有關辦理人員外，還多方設法，將所闕各處補抄齊全，使文源閣全書臻於完善。
文源閣全書復校完畢之後，紀昀「董率詳校各官，又將文淵閣書細心檢閱」，至乾隆五十六年底全部辦完，查出「所有舛漏條數，視文源閣書較少十分之二」。其中除常見錯誤以及捏注闕文各條外，比較嚴重的問題是因「遺失底本一種，遺失正本一種」造成的訛誤。如明敕撰《性理大全》一書，纂修時曾以明刻舊本送交武英殿繕寫，不料底本遺失，被「另換一康熙初年刻板，冠以聖祖仁皇帝御製序」。提調陸費墀「一時未考，率寫標題」，以「御定字三抬」繕寫的格式發下，遂將前代所修之書，抄成清朝皇帝「御定」書籍的格式，即在「每卷首尾及每頁板心，俱加增『御定』二字，三抬繕寫」，致使全書十函五十六冊「頁頁俱錯」。而此後分校、總校及兩次詳校人員，「又均以底本格式為憑，無從籤摘，致沿訛襲誤，四閣相同」，總計有四十函二百二十四冊需重新抄寫。又另有《史記正義》一書，與《性理大全》「事同一例」，亦需換寫。為此，紀昀專摺奏請提取原本，「交武英殿先支官項換寫」，所需款項由有關責任人員分賠。軍機大臣例經合議，決定照此辦理，並將「所有改繕各書冊，即交原充《四庫全書》總校詳悉校對，以免舛誤」，文淵閣全書的再次復校遂告結束。
至於文津閣全書的復勘，前次復校即總司其事的紀昀自然責無旁貸。乾隆五十七年三月，紀昀再次帶領校書各員前往避暑山莊，開始校勘文津閣書籍。由於「上次詳校各員事出眾手，又值天寒日短，亦未免匆忙，是以尚有揚雄《法言》空白未填一事」。此次復勘，紀昀特別安排「每二三人中，派親丁一人，相參查驗，稍不認真，即行覺察」。當地「所派官役亦皆熟手，呼應甚靈，抽取互勘之書頗為迅速」。紀昀本人則「不時往來巡視」，以保證復校質量。經過兩個多月的努力，文津閣全書全部校勘完畢，「所有勘出從前詳校各員遺漏未籤之處，逐條造具清冊，修補完整」。其中因缺頁、缺卷、他本抵換，以及「任意刪節改竄」提要，甚或「遺失、私撰各篇頁」等錯誤較多，「必須換卷另繕者」，計「經部內《周禮註疏刪翼》等書共三十冊，史部內《平定準噶爾方略正編》等書共六十二冊，子部內《西清古鑑》等書共一百二十一冊，集部內《範忠貞集》等書共一百十七冊」，均仿照文淵、文源二閣全書換寫分賠之例辦理。
自乾隆五十二年至五十七年數年之間，紀昀帶領有關人員，先後對內廷四閣中文淵閣、文源閣、文津閣全書進行了兩次復校，每次都查出許多訛誤錯謬，小至一字二字的空白舛誤，大至整篇整卷甚至整部的漏寫，乃至捏造闕文、他本抵換，以及刪節改竄提要等等，均一一加以填補改正，賠寫抽換，並查照底本及《四庫全書總目》補繕齊全。這對提高《四庫全書》的質量，起到了積極而有效的作用。