北宋大中祥符八年（公元1015年），周敦頤之父周輔成（亦名懷成）因六舉以上獲特奏名賜進士出身，1016年以所獲功名出任賀州桂嶺縣（今廣西賀州八步區桂嶺鎮）知縣。北宋天禧元年（公元1017年）農曆五月初五，也即是周輔成任桂嶺知縣的第二年，夫人鄭氏在縣衙內為其誕下一名男孩，這就是周敦頤。
周敦頤原名惇實，因避皇帝宋英宗趙宗實的舊諱而改名敦頤。他字茂叔，號濂溪，自幼「信古好義，以名節砥礪」。4歲時隨父習文，青少年時期在賀州讀書求學，然後循級應科舉考試而直取進士。他對中國文化的貢獻突出一是把世界本源當做哲學問題進行系統討論，即開創了理學派；二是給世人留下膾炙人口的文學佳作《愛蓮說》。
桂嶺鎮地處湘、粵、桂三省（區）交界處，素有「一腳踏三省」之說，早在三國時期就是縣治所在地。地靈人傑，桂嶺也是賀州的名人之鄉，這裡是以創作「落花人獨立，微雨燕雙飛」佳句而聞名的晚唐詩人翁宏的故鄉、這裡是中國歷史上唯一的瑤族皇太后明孝穆皇太后李唐妹的故裡、歷史名將嶽飛曾經在這裡徵戰曹成、北京師範大學創始人之一的于式枚、近代文化巨匠郭沫若的夫人於立群出生於此；中國改革開放總設計師鄧小平1931年率紅七軍北上，途中也曾在這裡整編。
相傳桂嶺縣衙前為大片荷塘，周敦頤出生的前一年臘月, 塘裡的荷花一反夏季開放的常規，不僅開出了滿塘的五色之花，還整個冬天盛開不敗。清朝時，桂嶺縣丞周端曾撰《重建周子祠序》云：「考賀志桂嶺有周子祠，祠前有塘，塘中有蓮，先生……志有蓮池，大都本愛蓮一說。自宋迄今，塘蓮尚在。」周子祠民國時代曾作桂嶺區署址，今為桂嶺鎮糧所用房。
蓮，中國早在三千多年前即有栽培。在中國，除實用價值外，蓮是最常用來作為宗教和哲學象徵的植物，是神聖、女性的美麗純潔、復活、高雅和太陽的象徵。周敦頤出生於桂嶺荷塘邊，整個童年和求學階段都離不開荷塘，由此對荷塘情有獨鍾，特別青睞雅麗端莊、清幽玉潔的蓮花，他一生愛蓮詠蓮，在良好的家庭教育環境與自然環境影響下，周敦頤在此寫下廣為流傳的文學巨作《愛蓮說》，儘管只有短短的120個字，但「出淤泥而不染」這種處世為人的思想境界，卻永遠鞭策著後人。其全文如下：
水陸草木之花，可愛者甚蕃。晉陶淵明獨愛菊。自李唐來，世人甚愛牡丹。予獨愛蓮之出淤泥而不染，濯清漣而不妖，中通外直，不蔓不枝，香遠益清，亭亭淨植，可遠觀而不可褻玩焉。
予謂菊，花之隱逸者也；牡丹，花之富貴者也；蓮，花之君子者也。噫！菊之愛，陶後鮮有聞；蓮之愛，同予者何人? 牡丹之愛，宜乎眾矣。
周敦頤愛蓮說蓮，他的人品也如筆下的蓮花一樣聖潔。入仕後，曾任洪州分寧縣主簿、南安軍司理參軍、桂陽和南昌縣令、合州判官、虔州通判、熙寧初知郴州，擢廣東轉運判官，提點刑獄等職。官職不可謂不大，但他卻一生清廉，言行一致，達到了「出淤泥而不染」的境界。據《周敦頤年譜》載：「先生素貧，初入京師，鬻其產以行」。江西九江周敦頤紀念館的《周氏家譜》中《濂溪先生墓志銘》
記周敦頤：「君奉養至廉所得俸祿分給宗族，其餘以待賓客，不知者以為好名，君處之裕如也。在南昌時得疾暴卒，更一日一夜始蘇。視其家服御物，止一敝篋，錢不滿百，人莫不嘆服。此予之親見也。」說的是周敦頤在洪州南昌做官時，得了一場大病，同僚潘興嗣去看望他，見他所有家中衣物，只能裝滿一破筐，錢不過百文。他的俸祿，常用以周濟貧困的族人、朋友，到晚年甚至連稀飯都喝不上。公元1066年，周敦頤50歲時曾作自況詩一首，詩云：「老子生來骨性寒，宦情不改舊儒酸。停杯厭飲香醪水，舉著半餐淡菜盤。事冗不知精力倦，官清贏得夢魂安。故人慾問吾何況，為道春陵只一般。」
真正讓周敦頤在國際文化界獲得重要影響力的還是他的理學思想。「理學」就是通過整合儒學、道學和佛學三門哲學理論形成的一個新的思想流派。周敦頤是把世界本原當做哲學問題進行系統討論的起始者。他繼承《易經》和部分道家以及道教思想，提出一個簡單而系統的宇宙構成論，說「無極而太極」。「太極」一動一靜，產生陰陽萬物。「萬物生生，而變化無窮焉。惟人也得其秀而最靈」。聖人模仿「太極」建立「人極」，「人極」即「誠」，「誠」是「純粹互善」的「五常之本，百行之源」，是道德的最高境界。只有通過主靜、無欲，才能達到這一境界。
他的學說對理學的發展有深遠影響。所著《太極圖說》，被宋儒推為宇宙和人生的最精簡說明，後經朱熹發揮，遂成程朱理學的理論基礎。宋明理學也我國是封建社會後期的統治思想，從南宋起，歷700年不變。他開創的宋明理學反映了中國古代社會後期有思想有見識的中國人在思考和解決現實社會問題與文化問題中所生出來的哲學智慧，它深深影響了中國古代社會後半期的社會發展和文明走勢。在促進人們的理論思維、教育人們知書識理、陶冶人的情操、維護社會穩定、推動歷史進步等方面，都發揮了積極的作用。周敦頤是我國繼孔孟之後的第二代大儒，是程朱理學的創始人。也就自然地被人們推崇為中國北宋著名的思想家、理學家、哲學家和文學家。由於他把世界本源當做哲學問題進行系統討論，被聯合國教科文組織列為世界文化名人，排位第三十六。
宋熙寧六年（1073）六月七日，周敦頤病逝於江西，終年五十七歲，葬於九江南門外的慄樹嶺，距濂溪書堂約五六裡。墓側有其母親、妻子和繼配的墓葬。
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