1944年9月9日深夜，朝鮮半島附近的海面上，日本郵船公司的貨船伊豆丸在蒸汽機的轟鳴中蹣跚前進。
伊豆丸屬於第二次批次戰時標準船E型，也被稱為E型改或2E型。第二批次戰時標準船是日本參加二戰後為應付商船的不斷損失而開發的型號，簡化了船體線型，降低發動機標準，使用劣質鋼板焊接製造。
由於預計投入使用後很快就會被擊沉，第二批次戰時標準船的粗製濫造到了令人髮指的程度，號稱「機關管一年，船身管三年」。更令各船舶公司難以接受的是為了節約鋼材第二批次戰時標準船廢止了雙層底，一旦觸礁破損即會大量進水沉沒。在日本建造的三個批次戰時標準船中第二批次最為低劣，被日本人自己稱為「轟沉型」。
第二批次戰時標準船共分6型，2E型為最小的一型。伊豆丸排水量870噸，全長60.44米，裝有一臺380馬力往復式蒸汽機，航速7節。船員用的船艙很小，電訊室、食堂和辦公室兼用一個狹窄的房間。據說甲板的板子也淨是縫隙，夜晚從船內仰視天花板的話能看見月亮。滿載航行時海浪會衝上甲板，船艙內都會被海水淹沒（以上均出自日本船員回憶，本人並無誇大）。
伊豆丸於1943年12月29日竣工後，頭3個月擔任佐世保和大阪的往返運輸。由於南方資源航線遭到美軍絞殺，燃料供應只能依靠中國東北的煤炭，伊豆丸轉而負擔大連到北九州的煤炭運輸任務，每次裝運煤炭1400噸。
此次伊豆丸正是前往大連港領取煤炭的，由於美軍攻擊越發活躍，日本近海航線也不再安全。為防止美軍艦載機的攻擊，伊豆丸白天只能藉助島嶼的陰影隱蔽自己，夜間才敢大膽上路。
到達朝鮮群山港附近海面的時候，伊豆號後甲板上的瞭望員藉助月光使用雙筒望遠鏡發現一個小島的旁邊有可疑陰影，似乎是水面狀態的潛艇。船長立刻查閱艦船識別手冊，發現該潛艇與海軍的伊型、呂型、波型潛艇都對不上號，那就只剩下一個結論了：敵潛艇！
距離越來越近，潛艇的指揮塔和前面的大炮已經清晰可見。此前伊豆丸曾親眼目睹同行的僚船被潛艇用魚雷擊沉，因此很容易判斷出這是潛艇上浮準備水面攻擊了。伊豆號全力只能跑到7節，就算是把發動機開散架也跑不出9節航速。如果是美軍主力潛艇小鯊魚級，水下都能跑到這個速度，水上航速更高達20節，伊豆丸根本沒有逃生的可能。
前首相陸軍大將東條英機上等兵的訓示深入人心：猶豫不決乃是指揮官的大敵！作決斷的時候到了！與其窩囊地被打死，不如勇猛撞擊敵艦以求同歸於盡。
相距1500米的時候，船長按下了警鈴，「發現敵潛艇，各就各位」的喊聲在船上響起。輪機長奔進機艙，保證發動機全力運轉獲取最大功率。伊豆丸掉頭在海上畫了一個圈，在船員們翻騰的鬥志加成下，以13公裡（類似騎自行車）的最大航速向潛艇突進。
由於船上並沒有像樣的武器，船員們都握緊了扳手、榔頭之類的工具，屏息注視著距離一點點拉近，準備接舷後與頑敵展開肉搏，連自己的船只有單薄的單層底都忘記了。雖然隨著目標越來越清晰，總覺得和美軍潛艇的艦影好像不同，但當時伊豆丸的船員們在腎上腺素的刺激下早已失去了冷靜判斷的能力。
隨著一聲巨響，伊豆丸成功撞中敵潛艇中部，甚至能看到潛艇乘員從艙口「飛」出來。但一下顯然還不夠，伊豆丸轉向脫離再次加速準備第二次撞擊！
就在這時，伊豆丸的幾個船員看到潛艇上有人在手舞足蹈，並用日語喊叫「自己人」。伊豆丸慢慢停了下來，這下諸如「怎麼回事！」「你們要做什麼！」的喊叫更是此起彼伏，都是純正的日語……伊豆丸上的船員們全都傻眼了。
被撞的是日本陸軍三式潛航運輸艇ゆ（念「由」，運輸的頭一個字母）3001號，屬於陸軍的機密武器心肝寶貝，難怪海軍發的識別手冊上沒有。
日本陸軍為啥要造潛艇呢？往大了說是陸海軍爭權奪利互相傾軋，往小了說就是確實有客觀需要。
瓜島作戰時，日本陸軍吃夠了補給中斷的苦頭。當時日本海軍運輸補給採用的三種特殊方式鼠運輸（驅逐艦）、蟻運輸（大發艇）和鼴鼠運輸（潛艇）中，陸軍評估認為鼴鼠運輸最為有效。但海軍的大型潛艇是要打仗的，捨不得消耗在運輸中。而海軍提出將老式潛艇交給陸軍，由陸軍配置人員搞運輸的方案，日本陸軍又怕到頭來連人帶艇都被海軍控制。最後只有一個辦法——自己造。
陸軍造潛艇當然要瞞著海軍，連船廠都不能找海軍控制的。於是機關設備什麼的由炮廠、坦克廠完成，耐壓船體則由鍋爐廠完成。但這事註定瞞不了，不說潛艇的專業性，就是鋼材也涉及到兩軍配額問題，所以最後還是主動通報海軍。海軍也拿陸軍的一根筋沒法，畢竟潛艇瞎造是要沉底的，只有派員協助，最後造出來的潛艇就被稱為三式潛航運輸艇，通稱まるゆ。
這個三式潛航運輸艇至少一半算作閉門造車的產物，雖然能用但也是各種奇葩，海軍多年造船積累形成的規範做法和輔助設施設備統統都沒有。比如艇上的廁所沒有衝水馬桶和壓縮空氣吹除管道，就是一個鐵桶解決，出航後艇內臭不可聞。又比如首艇第一次試驗，請了海軍觀摩，結果配平不好怎麼都沉不下去。海軍軍官促狹的笑容還在臉上，潛艇突然原地平平地沉下去了！出席典禮的陸軍軍官們三呼板載，海軍軍官的臉都嚇白了。不過這次倒是海軍軍官少見多怪了，陸軍造潛艇參考的原型西村式民用潛水艇（用來採集珊瑚）真的也是這麼原地下潛的。不過陸軍後來發現自己潛艇獨特的下潛法最快也需要一兩分鐘，而海軍潛艇能在45秒內速潛，這個問題到最後好像也沒解決。
因為陸軍潛艇的建造是以鍋爐廠分布決定的，結果三式潛航運輸艇（1型）又分為四級。日立製作所笠戶工場生產的稱為ゆ1級；日本制鋼所廣島工場生產的稱為ゆ1001級；安藤鐵工所月島工場生產的稱為ゆ2001級；朝鮮機械製作所仁川工場生產的稱為ゆ3001級。每一級都有所不同，但也都沒出色到哪兒去。
ゆ3001號就是朝鮮生產的三式潛航運輸艇的首艇。該艇於1944年8月2日竣工交付，經過一個月適應訓練後，9月8日從仁川出港前往愛媛縣三島的陸軍潛艇基地，這是該艇的處女航。與伊豆丸的航行方式相反，該艇出航前被告知，為避免被誤認為敵方潛艇，採用白天水面航行的方式。
9月9日夜間，ゆ3001號在朝鮮群山港外海面錨泊，一半船員在鋪上睡覺。艦橋上的瞭望員發現一艘小貨船正在接近，但並沒有引起重視。雖然貨船越來越近，但潛艇上的人都認為潛艇根本是停泊的固定目標，貨船完全能夠及時避讓並安全通過，等到發現不對勁時已經晚了。
雖然潛艇瞭望手大喊「自己人」，但是聲音被往復式蒸汽機全力運轉的轟鳴聲掩蓋，亢奮的伊豆丸船員完全沒有聽到。當伊豆丸撞上來時，正在指揮塔艙口小睡的潛艇艇長（蒸汽機的噪音加上周圍人大喊大叫，他居然沒醒？）被震得飛了出去。
ゆ3001號左舷船體正中4號主油箱上被撞了一個大洞，衝擊把所有的燈都撞壞了，耐壓殼被撞裂，艇內進水。好在發動機的排氣管還能保持在水面上，倖免傾覆。多虧伊豆丸是空船，撞擊力不算太重，潛艇沒受致命傷，而伊豆丸的單層底也沒破。
整個撞擊事件中，ゆ3001號上竟只有一人受傷，陸軍運輸潛艇支隊司令部派上艇導航的一名軍官被打翻的氫氧化鈉嚴重燒傷面部。
現在兩艘船都跑不了了，船頭受損的伊豆丸和船身破洞的ゆ3001都只能開進群山港修理。上岸後伊豆丸的船長和輪機長被憲兵隊請去喝茶，並且毫不意外地遭到拳頭和耳光教育。
當他們被送上軍事法庭的時候海軍出面了。負責這一海域航行保障的海軍門司武官府來了一位少將，盛讚他們曰「貴官們的英勇精神值得欽佩。這是不得已的處置，同時也是一種勇敢的行為。」於是這件事情就這麼不了了之了。
伊豆丸其後被戲稱為運輸特攻隊，繼續忙碌於煤炭運輸。她在戰爭中倖存下來，一直服役到1952年12月底被出售拆解。
ゆ3001號的故事還要稍微長一點。
由於當地缺乏維修設施，她受命前往釜山維修。當經過朝鮮西南部海岸時，遇上了向北航行的日本海軍護航隊。
之前ゆ1、ゆ2、ゆ3號陸軍潛艇在馬尼拉附近海面夜間航行時也曾遭遇海軍護航船團，同樣是毫無警惕性地自顧自悶頭前進，海軍運輸艦出于謹慎而沒有開炮。但這次的護航艦看來素質較差，他們直接開炮了。
第一根水柱在潛艇前方500米處升起，接著第二根水柱在潛艇後方700米處升起，形成了教科書式的夾叉射擊，再開炮的話就是命中。ゆ3001號的回應是——左轉舵，全速逃跑。
而護航艦居然丟下船隊追了上來。可憐ゆ3001號水面全速也只有10節，不久護航艦就發現ゆ3001號艦橋上塗著日之丸標誌，於是發來燈光信號「為什麼不升軍艦旗？」，ゆ3001號回答「是陸軍的潛艇」。護航艦沉默一陣後發出信號「祈禱航海安全」，ゆ3001號則回答「謝謝，祝武運長久」後分道揚鑣。
ゆ3001號耐壓殼的損傷最終證明無法徹底修復，也就是說該艇下潛將極為危險。最終她被留在愛媛縣三島基地作為訓練艇使用，也倖存到了戰爭結束。
對於ゆ3001號的乘員來說，遭到伊豆丸的突擊倒也是件幸事。