天人合一的自然觀從認識論、方法論、價值觀等多方面促進了《黃帝內經》理論的建構，並使《黃帝內經》理論體系呈現出整體性、系統性、辯證性的特點，對未來醫學的發展也有一定的啟迪作用。《黃帝內經》又發展了天人關係的理論，《素問·寶命全形論》云：「天覆地載，萬物悉備，莫貴於人。」《靈樞·玉版》則明確指出：「且夫人者，天地之鎮也，其不可不參乎？」認為天道自然，人道有為，人可以「制天命而用之」。由此也有學者認為，《黃帝內經》天人關係的理論是從天人相分經人參天地到天人相應，是一個辯證的由分到合，合中有分的否定之否定的過程。
但是，對天人合一自然觀的缺陷，我們也應該有清醒的認識，主要表現為：第一，自然科學與哲學長久不能分離，哲學的倫理化傾向對科學技術有一定的排斥作用。更為嚴重的是忽視了自然界與人類社會及人體生命有不同的特殊運行規律，造成了濫用哲學範疇（或理論）到處亂套的壞習慣。第二，認識的主客體沒有經歷必要的分離（分開），而是無法區分彼此、籠統的有機整體的組成部分，如此則堵塞了建立科學方法論的可能，使人們難以實現科學發展所必需的對客觀對象的精確觀察和分析研究，即或是研究自然，其目的也不在於尋求客觀規律，而在藉助物質對象的性質作為認識道德的論據。同時，取消主客體的對立，使中國古人對利用知識、技巧徵服自然的行為總是抱有懷疑乃至否定的態度，而追求天人合一，實則把人的注意力從客觀反折於主體自身，改造客觀世界的活動轉化為提升個人精神境界的心理活動。第三，建立在初級簡單以直接觀察和體驗為基礎的認識事物的整體性思維特色方法，存在著潛在的弊病，如模糊性、廣義性，只重功能屬性不注重實體，定性描繪多而定量研究缺乏等，是對科技進一步發展不利的重要因素。第四，長於辯證研究，形式邏輯不發達。李約瑟指出：「當希臘人和印度人很早就仔細地考慮形式邏輯的時候，中國人則一直傾向於發展辯證邏輯……如果說辯證邏輯對中國古代科技的發展起了十分巨大的指導作用，那麼形式邏輯的缺乏則影響了中國古代科學體系的建立。」上述缺陷無疑也阻礙了中醫學的發展。