明治維新之前的日本，在德川幕府的統治下實行了二百多年的鎖國政策，積貧積弱。後來的幕府最高執政官井伊直弼此時還是個不起眼的庶子，整日混跡於彥根城思考人生，碰上了剛來這裡的村山多加。
村山多加，僧人藝妓之女，當過侍女、藝妓、僧人的外室，人生輾轉，又回到故鄉，打算安定下來做個琴師。一個才華橫溢卻不得志的落魄子弟，一個容貌秀麗卻歷經人間滄桑的前藝妓，相識相戀，開啟了一段傳奇般的日本式色戒傳奇。
機緣巧合之下，井伊直弼成了藩主繼承人，兩人被迫分開後，十餘年再未見過面。不過，作為第一女主，故事的發展當然不會這麼簡單。
1853年7月8日，美國的黑色艦隊駛入江戶灣。在工業文明的強大力量面前，日本被迫結束鎖國時代，動蕩時局開始了。這是井伊直弼繼承彥根藩主的第四年，面對美國要求開國的國書，一百四十餘名大名給出意見，只有八位贊成開國，井伊直弼就是其中之一。面對著人數眾多的反對派，煩躁不安的井伊直弼又想起了村山多加，他冒雨連夜去到兩人同居的小屋，這是他們見的最後一面，卻是影響日本歷史走向最重要的一面。
這一晚，看著渾身溼透眼神迷茫的井伊直弼，村山多加仿佛又看到了多年前那個落魄庶子。見完這最後一面，村山多加做了一個非常重要的決定：她獨身來到京都祗園，重拾舊業當了一名藝妓。
1858年，井伊直弼成為幕府的最高執政官。他上臺後，繞過天皇，與美、荷、俄、英、法籤訂了「安政五國條約」，成為各方勢力的眾矢之的，前路危險重重。
靠著主角光環的加持以及男一男二都愛女主的金牌定律，攘夷派的首領之一橋本左內在祗園對村山多加一見鍾情，被套出了大量情報。根據村山多加的情報名單，幕府偵騎四出，反對幕府的公卿和大名或被幽囚，或被免職，或被迫剃髮為僧，百餘人入獄，有四分之一被處死，全國各地風聲鶴唳。
1860年3月24日，井伊直弼在60名護衛的護送下，向江戶的櫻田門行進。就在隊伍到達櫻田門的時候，樓上的鼓聲響了。18名刺客從路邊殺出，直接撲向井伊直弼的座駕，在眾目睽睽之下，砍下了井伊直弼的首級。
井伊直弼死了，村山多加自然也逃不過去。寒風刺骨的冬日，她穿著單衣，光著雙腳，被削去髮髻，綁在橋柱上整整三日，後被金福寺尼姑所救，落髮出家，從此再未踏出寺廟半步。
在刺殺事件的催化下，攘夷運動越來越激進，並最終將矛頭轉向幕府，開始了倒幕運動。1868年1月3日，日本天皇發布《王政復古大號令》，廢除幕府，德川幕府二百多年的統治結束了，開始了使日本走向近代化的明治維新。
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