皇太極時期對明朝的攻擊，可以將其改國號為大清，於關外稱帝做為時間節點，分為兩個階段。第一階段是由努爾哈赤繼承過來的，以掠奪財富，解決財政危機為目的；第二階段以消耗明朝實力，尋找時機入主中原為目的。這兩個階段中，第一階段的成功探索，使後金軍隊找到了進入長城的方法，為第二階段大舉入關做了鋪墊。在第二階段，由於清軍的戰略目標明確，掌握了更多的主動權。
兩大外援：滿蒙聯姻、大明晉商
明朝為防止後金政權入侵，於關寧錦一帶建立了穩固防線，山東半島上駐紮的水師，又與關寧錦防線形成有效牽制，所以後金想於東方進入明朝的可能性不大。在努爾哈赤時期，明與後金的主戰場也是在這個防禦線周圍進行，即遼東、遼西的廣大區域。
在努爾哈赤時期，已經開始了與蒙古的聯姻，目的僅限於分化蒙古察哈爾的勢力，因為努爾哈赤不想再被「九部聯軍」圍毆，他需要拉攏蒙古諸部，然後安心的發展自身實力。所以努爾哈赤首先與科爾沁聯姻，也正是這個明哲保身的舉動，成為後繼者翻越長城，甚至奠定我國北疆版圖的重要原因。
皇太極執政期間，滿蒙聯姻不再是單純的自保政策，它演化出一個強大的軍事聯盟，成為後金（清）政權翻越長城的保障。
皇太極的9位后妃中，6位來自蒙古，他將12個女兒嫁給蒙古貴族，形成了愛新覺羅氏與蒙古貴族博爾濟吉特氏之間相互婚嫁的「世婚」。
這就將漠南蒙古諸部納入了「滿蒙一體化」的進程中，所以才有了皇太極時期，頻繁借道蒙古南下的行動，而且多次兵力集結都是在蒙古境內完成。
「惟薊門陵京肩背，而兵力不加。萬一夷為嚮導，通奴入犯，禍有不可知者。」——袁崇煥
明朝的九邊防禦體系本來是針對蒙古人，而在後金掘起以後，九邊重鎮的地位逐漸下降。明朝的財政、軍備傾斜於關寧錦一線，導致邊牆防禦線成為薄弱的一環。這一點在皇太極首次入關時，袁崇煥曾提起過：「臣在寧遠，敵必不得越關而西；薊門單弱，宜宿重兵。」這說明明朝的戰略布防已經表現出嚴重的不平衡，後金軍隊不再於關寧一帶尋找突破，而是由蒙古人做嚮導，從北部邊疆越長城而入。
袁崇煥的這個奏章，完全言中了皇太極時期的五次入侵路線，也完全言中了皇太極的戰略思想，即繞開重兵設防的關寧線，選擇不同的長城關口進行突然襲擊。借道蒙古，使後金的路線選擇靈活多變，亦使明朝陷入被動。本就面臨內部壓力的崇禎帝，不得不來回調動精英部隊，使防禦效率降低。這樣極易被後金迅速突破防線，甚至連反應的機會都沒有。
除了滿蒙聯姻帶來了借道與嚮導的幫助，明朝內部也有一批特殊人群成為後金的「盟友」，這群人就是晉商。
公元1618年，努爾哈赤發布七大恨詔書，起兵反明，明朝的對策就是經濟封鎖，後金因此陷入生活、戰爭物資極度匱乏的狀態。這也就讓晉商看到了發財的機會，為何是晉商這個群體呢？因為在明朝北徵蒙元時，政府為了減少糧食運輸的壓力，通過「出讓」鹽的專賣權，吸引北方邊疆的晉商參與軍糧轉運，這與宋朝的鹽鈔政策如出一轍。晉商在幫助政府分擔壓力的同時，也通過食鹽專賣獲得了不菲的收入，因此也就發展為邊境貿易的主力軍。
所以當努爾哈赤一籌莫展時，晉商範永鬥帶著七個商販偷渡出關，向努爾哈赤提出了走私貿易的願望。也就是說，在經濟封鎖的背景下，範永鬥幫助後金運來鹽、鐵、糧食甚至是軍用火藥，努爾哈赤則需用「東北三寶」（人參、鹿茸、貂皮）進行交換。這就是戰略物資兌換奢侈品的生意，晉商低價收購物資，換取奢侈品後賣給江南財主，對於明王朝而言，財富外流對本就困難的財政造成更大衝擊。
「時國中大飢，鬥米價銀八兩，人有相食者。國中銀兩雖多，無外貿易，是以銀賤而諸物騰貴。」——《清實錄》
但走私的行為畢竟處於灰色地帶，無法形成戰爭所需要的貿易規模。所以到皇太極時期，後金內部的經濟問題隨著戰爭規模擴大，而變得愈發嚴重，這也說明了明朝的經濟制裁起到了預期效果。皇太極第一次內侵的那年，後金爆發了嚴重的災荒，糧食價格飛漲，這使明朝經濟制裁的效果無限放大。於是皇太極決定不再依賴晉商的那些走私活動，而是花大價錢向晉商買取邊關情報，進入長城掠奪明朝腹地，以搶劫解決問題遠比走私貿易來的快。
對晉商而言，他們是向邊關運糧而起家的，所以對明朝邊關的軍事布防了如指掌。甚至很清楚邊關守將的喜好、習慣等，因為只有了解清楚這些，才方便官商勾結，掏國庫的螃蟹！當皇太極以東北三寶換取這些情報時，晉商就可以追求利益最大化，他們不需要再收購糧食等物資，而是將邊關打聽到的情報賣給後金就能獲利，這種買賣就成就了晉商的賣國行為，也為後金輕鬆翻越長城提供了情報支持。
比如皇太極時期第四次進入長城，薊遼總督吳阿衡正給監軍太監祝壽，喝的爛醉如泥，多爾袞的軍隊能夠恰到好處的穿越無人把守的牆子嶺，然後進入密雲縣殺死吳阿衡，若非情報準確，恐難以做到。後來清軍入主北京，時為攝政王的多爾袞，邀請範永鬥等人進京，並封他們為八大皇商，授命範永鬥主持邊境貿易，而且「賜產張家口為世業」，張家口為何地？乃明朝宣大防禦線中的重鎮，控制陰山山脈的重要隘口，進入張家口，向西南入懷來，便可坦途直指北京西北門戶居庸關，這也正是皇太極時期第三次內侵的路線之一。
皇太極的「伐大樹」戰略
無論是滿蒙聯姻，還是大明晉商，到了皇太極時期都是為了同一個戰略服務的，這個戰略被稱為「伐大樹」。這個戰略是將明朝比喻成一顆大樹，想要一斧砍斷是不可能的，所以需要左邊一斧、右邊一斧，直到大樹失去支撐，就會轟然倒塌。之所以說皇太極時期的入侵要分為兩個階段來看，就是因為「伐大樹」戰略開始實施於皇太極稱帝，改國號為大清。
在前兩次入侵中，皇太極面臨的是解決國內經濟問題，他的入侵以掠奪為目的。當時選擇避開關寧錦防線，繞道蒙古南下，可以說是延續了努爾哈赤的「釋堅攻脆」戰術。並不能算是真正意義上的伐大樹戰略，此時伐大樹戰略還在準備階段，或者說是兩次伐大樹戰略的嘗試。
1636年，皇太極稱帝時，朝鮮使臣羅德憲、李科並沒有隨百官跪拜。皇太極非常注重這個細節，在他看來，雖然朝鮮已經與大清約為「兄弟之國」，但其使臣的傲慢無禮仍然來自於大明的支持，這將是他圖謀中原的後患。
所以皇太極在1637年發兵朝鮮，朝鮮國君李驚被迫投降稱臣，並中斷與明朝的往來，隨後，阿濟格順勢攻克皮島，斬明將沈世魁等。至此，蒙古已成穩固盟友，朝鮮也不再親附明朝，山東半島向皮島的海上側翼補給線被切斷，大清就可以專注於對明朝的伐大樹戰略。
也正是這個時間點以後，明朝平叛農民軍的形勢，成為皇太極攻入明邊牆的風向標。崇禎帝以楊嗣昌為兵部尚書後，就堅定不移的將剿滅農民軍作為戰略部署的重點，皇太極正是抓住了這點，才會在明朝平叛即將勝利的時候，大肆冦邊。這就是伐大樹戰略的核心思想，即無限消耗明朝國力，與農民軍形成內外呼應的「盟友」，並多次以「議和」的障眼法，為自身贏得緩兵之機的同時，也迷惑了明朝的判斷。
為了能夠順利突破長城，皇太極每一次發兵之前，都會留守部分兵力在山海關之外，或是圍城打援、或是遠遠的「凝視」明軍，目的在於牽制關寧一帶的明朝精銳。這就使明朝廷無法調動關寧鐵騎支援長城一線，且防止關寧鐵騎乘虛跨過遼河，直取盛京，遼陽等地。
換言之，皇太極以部分精銳留守遼東，將關寧精兵牽製成死棋，再通過蒙古借道、晉商情報、農民軍的兵力牽制，迅速突破長城防線。掠奪財富的同時，吸引勤王兵馬向京畿集結，然後揚長而去。這一來一往，明朝兵困馬乏，農民軍剿而不滅，最後發展成為明王朝的掘墓人。
皇太極的這個戰略思想在於時機的把握，以及長期成功的消耗使北方邊鎮軍備廢弛。放眼整個明末，雖滿桂、盧象升先後在宣大一帶整頓防務頗有成效，卻無法恢復九邊的整體防禦體系，終其原因，乃一個「窮」字。皇太極的入侵選擇都是明朝揭不開鍋的時候，或是京畿河北一帶的天災大疫、或是平叛農民軍的軍費捉襟見肘，這樣的財政支撐不了「萬裡長城」，因此給了皇太極伐大樹的機會。
天子守國門的悲哀
永樂遷都造就了明朝「天子守國門」的骨氣，卻也註定了明朝國都戰略眾深的先天不足。無論是牆子嶺、古北口還是喜峰口，皇太極時期已經可以利用烏真超哈（清火器營）炸開邊牆缺口，然後引騎兵快速通過。而從遼西至燕山山脈，地形尤為複雜，長城以南的明軍諸衛想要快速馳援長城，並將後金（清）軍阻擋於長城之外，難度相當大。
所以，無論是宣大總督還是薊遼督師，乃至三邊總督，在後金（清）突破長城後，皆是拼了命的往北京跑，而不是往長城馳援。袁崇煥在皇太極第一次破牆時，企圖於長城南邊重鎮攔截，結果葬送了趙率教的四千騎兵，而後被皇太極溜了幾條街。最後袁崇煥選擇不再截擊，直奔京師，這才算是趕上了北京保衛戰。明朝對這一次戰爭的經驗總結就是，後金翻越長城之後，各鎮勤王兵馬直奔京畿便可。
其實這就是天子守國門的尷尬之處，由於京師距離邊境太近，後金軍隊進入長城以後，明朝的軍事部署只能「丟車保帥」。因此造成各鎮兵馬空虛，後金（清）軍便可以靈活的選擇路線進行劫掠。如1638年第四次入侵，全國勤王兵馬總指揮盧象升陣亡後，多爾袞兵分兩路，沿太行山東蔍和大運河南下，西路軍在高陽殺害了關寧錦防線的締造者孫承宗；東路軍打下濟南府，屠城至13萬人喪命。集結於京畿的各鎮兵馬並未發揮作用，陳新甲追著東路軍未發生一場截擊；洪承疇、孫傳庭追至山東時，戰役已經結束。
天子守國門帶來的惡果就是拆東牆補西牆式的防禦部署，以及刀口舔血式的尷尬處境。當萎靡不振的邊牆防禦體系崩塌時，關寧雖牽制了一部分後金（清）軍隊，但就像是被蹩了馬腿的棋子，動彈不得。全國的兵馬調動只為解京師的燃眉之急，軍事力量無形中被消耗浪費，以至於皇太極的左一斧、右一斧砍出了效果，借李自成的手埋葬了大明王朝，自己成了漁翁得利的後來者。
綜上，皇太極時期能夠「輕易」進入明朝腹地，主要由於戰略格局的變化，蒙古與晉商這兩大幫手為翻越長城提供了可能，皇太極解決朝鮮和皮島問題後，便可以堅定不移的施行伐大樹戰略。加之明朝內部問題造成的財政吃緊、軍備廢弛，為皇太極從長城南下提供了條件。明朝國都的戰略縱深不足，加重了明朝的防備負擔，從而將皇太極的消耗戰術升華，所以南下長城一戰更比一戰容易。