公元前108年，38歲的司馬遷繼任太史令之職。
太史令乍一聽還挺高大上的，其實不然，也就是一位執掌天時星曆、記錄收集保存典籍文獻的一個無權無勢的小史官。但對於有追求的司馬遷來講。這項工作是如魚得水，就從這一年開始，司馬遷就準備了他的鴻篇巨著《史記》的籌劃和撰寫工作。
其實，作為史官除記錄、收藏、保存文獻之外也有整理記錄帝王聖賢德治的言行以及收集天下的遺文古事，通過敘事論人的方法闡述觀點，說明利害，然後整理成冊，為統治階層提供借鑑的義務。在司馬遷之父司馬談作太司令期間，就計劃編寫一部空前的、系統的歷史巨著。但因年齡、身體狀況以及學識和經歷等諸多原因未能如願，老父期盼司馬遷能完成這個夙願。為此，司馬遷很早就開始做起了功課。
司馬遷47歲哪一年，也就是前99年。北方的匈奴對漢王朝的邊塞又進行騷擾。李陵受漢武帝點將出擊匈奴，他馳騁草原，消滅掉幾倍於他的匈奴敵人。李陵接連勝戰的消息傳到劉漢朝廷，漢武帝喜形於色。眾群臣是拜年話說個不停，象什麼明主遇到良將，大漢江山萬年長啊等等。
其實，李陵只帶5000精兵。取得如此戰績，讓匈奴人誤以為是漢朝主力。然後就以舉國之力對付李陵。李陵終寡不敵眾，戰敗被俘。消息又傳到朝廷，漢武帝是火冒三丈：敗軍之將傷我大漢國威。接著眾大臣又來個一邊倒，李陵打勝仗純屬於僥倖取勝的，或許剛開始他就沒安好心……就這樣，李陵又成了落水狗。
漢武帝問司馬遷有何看法，司馬遷的回答有兩點：一，李陵帶5000人馬，殺敵無數，已足以告慰天下之人了；二，他被俘，或許欲將功贖罪，再圖謀報答聖上。就這一句話兩小點，把武帝惹惱了，他認為是為李陵辯護。一怒之下將司馬遷投入大牢，罪名是「誣罔主上」。其意就是攻擊污衊皇上。
後來，大約過了一年多的時間。漢武帝就派一個名叫公孫敖的人，到匈奴一探李陵情況。幾個月之後終於打聽到了，說李陵正在替匈奴操練兵馬。漢武帝大怒：你被俘丟人不說，還敢幫敵人訓練兵馬滅我漢朝。就這樣李陵家人、族人被誅滅九族。司馬遷死罪。
當時，死刑犯想活下來，有兩條路可以走。第一就是交納50萬錢；第二接受宮刑。司馬遷作為無名無利的小史官50萬錢無疑是天文數字，借，自己在死牢中，誰願借呢？用啥還呢？
現在司馬遷只能在宮刑和死刑之間進行選擇。司馬遷明白：選擇死顯然是最簡單的，就連一個奴隸，一個婢女，在受到侮辱時也會選擇死亡，更何況是敢於直言的史官呢？當然，如果被官府行刑而死，名聲就是罪大惡極，死有餘辜；如果是自殺，也沒有幾人同情其殉節，極可能被認為智盡無能，咎由自取。這些，都還是小事，關鍵的是自己作為一個史官一無所為，如何向列祖列宗交代？父親的夙願並沒有完成，如何告慰父親？
通過思想鬥爭，最後選擇宮刑——男人最沒尊嚴的活法！
司馬遷在獄中三年，《史記》的撰寫從不間斷。
接受宮刑的人懼冷怕風，時時刻刻有死亡的風險。因此施宮刑的牢房必須有保暖的設備，如同鄉下養蠶的房子，因此「宮刑」也被稱之為「下蠶室」。
宮刑出獄之後，他精神枯槁，弱不禁風，「每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也」。就連昔日好友（如任安）也不理解他。當時的司馬遷備受極大的精神折磨。
到公元前93年的11月他給好友任安的信（即《報任安書》）中透露《史記》130篇完成了。
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