1661年2月至12月，鄭成功命令其子鄭經留守金門、廈門等地，自己親自指揮大軍進攻臺灣，趕走了荷蘭殖民者，收復了臺灣，在中國歷史上留下了不朽的功勳。
鄭氏政權開啟在臺灣的統治後，堅持抗清立場，自然成為清王朝的心腹大患。為此，清廷採取了剿撫並用的策略，前期最著名的莫過於遷界、禁海。
前期，清廷對鄭氏政權採取以撫為主策略，也是迫不得已。首先，清廷陸軍強大而水軍薄弱。到順治十八年（1661年）底，清廷依靠強悍的八旗兵和為數眾多的綠營兵（清初由漢兵編成的分駐在地方的武裝力量，用綠旗做標誌），統一了大陸，但對於盤踞海島的鄭氏政權一直無能為力。順治年間，連年徵戰，國家財政困難，迫切需要休養生息，發展水軍一時提不上日程；同時，清廷不完全信任那些脫離鄭氏政權向清廷的投誠者，也無意用他們的力量攻打臺灣。
1660年9月，順治帝批准福建總督李玄泰建議，開始了遷海政策。次年六月，海澄公黃梧跟清廷獻上了消滅鄭氏政權的五條策略。其中第一、第二條就是遷界、禁海：將山東、江浙、福建、廣東沿海居民遷移入內地，設立邊界，布置防守，以防沿海百姓與鄭氏政權接觸勾結；將所有沿海船隻燒毀，在溪流河道設置柵欄，不許貨物越界供應臺灣，違者處死。
清廷立即採納，從1661年七八月開始，在江蘇、浙江、福建、廣東等沿海省份進行了大規模的遷界和禁海，下令沿海居民內遷三五十公裡，設界防守，不許人民越界下海。
清廷的遷界和禁海策略，目的在於割斷鄭氏政權與大陸的聯繫，使其失去接濟，出現暫時的困難，但它除了使一部分人產生動搖而投降清朝外，並無太大的作用，更不能達到黃梧預期的「半年內致敵人於死地」的效果。
相反，清廷因遷界和禁海受到了巨大的損失：沿海各省大片良田荒蕪，國家稅收減少，對外貿易停頓，百姓背井離鄉。將沿海島嶼遷空，正好使鄭氏政權船隻自由出沒，買通守邊士兵後，他們照樣可以得到所需的物資。因此，遷界禁海是清廷在不得已的情況下採取的策略，並未達到預期目的。
康熙皇帝即位後，在施琅、姚啟聖、萬正色等人的通力合作下，施琅水師渡海徵戰，成功收復了臺灣。