明朝如果不把都城遷到北京，軍事上恐怕會更被動，原因在於，明朝建立後，並沒有對北方大敵蒙元完全的趕盡殺絕，徐達有意放跑元順帝不說，藍玉、朱棣等先後出手，但都只是起到了驅逐的作用，沒有能夠徹底消滅掉蒙元的威脅。
這樣，就形成了長城內外，一直到明末的拉鋸戰，不像唐朝時，唐初李世民是徹底打垮了東突厥，唐高宗時期的李勣又徹底打垮了高句麗，即使唐朝的都城在長安，北方邊界也保證了百餘年的基本安定，直到安史之亂爆發。
明朝沒有徹底打垮蒙元勢力，形成拉鋸戰後，如果明成祖朱棣不把都城遷往北京，而是始終在南京的話，面臨的最重要問題就是，很有可能出現不受控的軍閥勢力。
要防備蒙古人，就需要設立軍鎮，就像後來明朝設立的九邊，遷都北京，九邊就在皇帝眼皮子底下，比較好控制，但如果不遷都的話，和南京相隔數千裡，天高皇帝遠，邊關的軍將會不會聯手矇騙遠在數千裡外的高官和皇帝？
距離隔這麼遠，為了方便戰事，就需要授予邊關守將部分特權，比如臨機專斷或錢糧分配權力之類的，權力給出去，想要收回來就難，即使有可能打垮長城外的敵人，邊關守將也可能為了保住權力養寇自重，比如明末的李成梁和關寧軍。
在歷史上，這種情況屢見不鮮，比如北魏要抵禦柔然，在邊境設立了六個軍鎮，結果發展出來了關隴貴族集團，再比如唐朝的安祿山集團也差不多是這種性質，北宋時期的西軍也類似。
就拿明朝的大敵蒙古來說，他們的老祖宗成吉思汗為什麼設立四大汗國？就是因為距離遠了不好管，所以才各搞各的。
明太祖朱元璋當時想的辦法是什麼呢？就是讓皇子戍邊，皇家人自己守邊關，他把除皇太子朱標之外的幾個年長的兒子全部封在了陝西、山西、燕京等幾個邊關重鎮，他以為這樣就可以杜絕外人掌權作亂，還能有效防禦外敵，結果他一死，就出來個「靖難之役」。
明成祖朱棣就是這麼起家的，他當然不可能延續朱元璋搞的那一套，明朝削藩削得最狠的就是他，還很乾脆的遷都到北京去，全力發展北方，就近指揮前線軍隊不說，還能拉近後勤補給的距離，遷都後，皇帝在北京，長城沿線都距離不遠，誰想矇騙皇帝，也沒那麼容易。
明朝的最主要戰略對手是在長城之外，所以遷都北京有一定效果，如果主要戰略敵人在南方，就沒必要遷都北京了。
在古代，受限於交通條件，信息傳輸的緩慢以及軍隊長距離運送的不便，國土面積大了其實管起來很麻煩，漢唐經營西域，所以南方基本不開發，明朝國都在北京，所以徹底放棄西域，都是因現實條件造成的，重心始終只能在一處。
明朝遷都北京後，為什麼還要在南京完整的準備一套執政班子？也是為了方便南方能快速的處理政務，省的信息來回傳遞耽誤事，但有了這套班子後，北方就一直對南方的掌控不是那麼嚴密，到了晚明，崇禎皇帝甚至都無法控制南京，那裡變成了土著東林黨的地盤。
所以，崇禎皇帝多次有南遷的機會，他都不願意去，最後寧願殉國也不去南方。反過來看，明朝不遷都北京的話，南京也會出現對北方控制不嚴的情況，這是沒辦法的事，古代的各種條件都限制了遠距離管理的不便，王朝盛世時還好說，稍微有點衰敗，離首都遠的地方總是最先出事。
因此，在明朝的主要戰略對手始終是長城外的敵人，且無意或不能用漢唐時的方式徹底擊垮對手，消除掉這個威脅的話，遷都北京比維持在南京更合適。
國防的主要軍力部署在哪，皇帝和朝廷的眼睛就要盯在哪，手要能伸過去，就不能隔太遠，現實條件和環境造成的，不能因明朝最後的亡國來一味否定遷都北京的正確性。要是有現代的條件，飛機和高鐵能迅速的把軍隊運往四面八方，首都不管在哪都沒問題。