國民黨撤退臺灣後，為鞏固自身統治，又在臺灣實施「白色恐怖」。在國民黨「白色恐怖」統治下，臺灣一大批思想進步人士、優秀知識分子被捕、被殺，並造成了無數冤假錯案，這一時代悲劇對臺灣人民造成難以撫平的傷害。
國民黨逃臺之初，黨政系統瓦解，經濟惡化，人心騷動，處於風雨飄搖之中的國民黨政權為強化對臺灣人民的統治，確保孤島偏安，在臺灣大搞恐怖、專制統治，並由此拉開了50年代「白色恐怖」之序幕。
1949年5月19日，國民黨在大陸全面潰逃前夕，剛接任臺灣省主席不久的陳誠秉承蔣介石之意，通過臺灣「警備司令部」頒布「戒嚴令」，宣布臺灣地區處於「戰時動員狀態」。臺灣從此開始了長達38年之久的「戒嚴」時期，開創了中外歷史上「戒嚴」時間最長的先例。
為了讓國民黨的一黨專制合法化，早在1948年4月18日，國民黨當局就通過了由王世傑等700多名「國大代表」聯合提出的《動員戡亂時期臨時條款》提案，規定：「總統在動員戡亂時期，為避免國家或人民遭遇緊急危難，或應付財政經濟上重大變故，得經行政院會議之決議，為緊急處分，不受憲法第39條（經立法院通過或追認）或第43條（發布緊急命令依照的程序）所規定程序之限制」。「臨時條款」通過才半個月，蔣介石便籤發了《全國動員戡亂案》。
5月19日，臺灣省「警備司令部」宣布，自5月20日零時起實行全省戒嚴，除基隆、高雄、馬公3個港口在警備司令監護下開放外，其餘各港一律封鎖，嚴禁出入。該戒嚴令還規定：（一）自同日起基隆、高雄兩市，每日上午1時起至5時止，為宵禁時間，其他各市除必要時，暫不宵禁。（二）基隆、高雄兩市各商店及公共娛樂場所，統限於下午12時前停止營業。（三）全省各地商店或流動攤販，不得有抬高物價閉門停業、囤積日用必需品、擾亂市場之情事。（四）出入境旅客，均需登記手續，接受出入境檢查。（五）嚴禁聚眾集會、罷工罷課、遊行請願等行動。（六）嚴禁以文字標語或其他方法，散布謠言。（七）嚴禁人民攜帶武器或危險物品。（八）居民無論家居外出皆須攜帶身份證，以備檢查，否則一律拘捕。該「戒嚴令」宣布有下列行為者處死刑：造謠惑眾者，聚眾暴動者，擾亂金融者，搶掠財物者，罷工、罷市擾亂秩序者，鼓動學潮、公然煽動他人犯罪者，破壞交通通訊器材者，妨害公眾之用水及電器煤氣事業者，放火決水發生公共危險者，未經允許持有槍彈及爆炸物者。按照「戒嚴法」的規定，1946年由「國民代表大會」所通過的「憲法」中保障人民享有的民主權利十之八九被凍結，人民的人身自由，居住及遷徙的自由，言論、講學、著作及出版的自由，秘密通訊的自由、集會及結社的自由，以及人民的生存權、工作權、財產權，請願、訴願及訴訟權，非現役軍人不受軍法審判等等，都已無從提起。
在頒布「戒嚴令」之後，國民黨當局又制定了一系列法規條令，軍事戒嚴和高度集權的專制獨裁進一步強化。諸如「戡亂法」、「戡亂時檢肅匪諜聯保連坐辦法」、「戡亂時期檢索匪諜條例」、「懲治叛亂條例」、「臺灣省戒嚴期間報紙雜誌圖書管理辦法」、「臺灣地區戒嚴期間防止非法集會」、「罷工等規定實施辦法」、「臺灣地區戒嚴時期新聞雜誌圖書管理辦法」、「動員戡亂時期新聞雜誌圖書管理辦法」、「動員戡亂時期國家安全會議組織綱要」、「妨害國家動員懲罰暫行條例」等等，達100多種。這林林總總的「非常時期」法律，產生了兩方面的影響。一方面，國民黨最高當局的權力大大擴充了，根據「動員戡亂時期臨時條款」，蔣介石獲得了不少不受「憲法」限制的「緊急狀態處分權」、「連選連任權」以及設置「動員戡亂機構」、決定「戡亂大政方針」、調整「中央政府」機構的組織與人事，並在維持原有「中央民意代表」職務終身不變的基礎上，繼續充實所謂「中央民意機構」等等。另一方面，臺灣人民的各種基本政治權利和生活自由被剝奪得越來越少，臺灣人民往往在不知不覺中就被冠以違反「XX管制辦法」，依據「XX懲戒法令」，或扣上一頂「私通共匪」的紅帽子而遭到懲處。
此外，國民黨當局還對所有宣傳工具實行嚴加管制，通過制定「出版法」，以限制新聞、出版的自由。自1951年起，規定不再進行新報紙的登記，直到1987年解除「戒嚴」的30多年間，全島只有29家報紙。在「報禁」之下，島內再無不同聲音。
配合「戒嚴法」的實施，國民黨當局在島內實施特務統治，並且由蔣經國親自主持，用以對付逃臺之初的亂局和民眾的不滿。
早在1949年7月，蔣介石在高雄召開秘密會議，主導成立了「政治行動委員會」，指定蔣經國、唐縱、鄭介民、毛人鳳、葉秀峰、張鎮、毛森、彭孟緝等人為委員，由唐縱任召集人。該機構的基本任務是：「統一所有情報工作，並使之充實強化。」蔣介石在臺灣復職「總統」後，又指令成立「臺灣情報工作委員會」（簡稱「臺情會」），彭孟緝任主任委員。該機構負責協調指揮國民黨黨、政、軍、憲、特、情機構。不久，「政治行動委員會」改為「總統府資料室」，由蔣經國一手操持，並接管「臺情會」，蔣經國掌握了統治各門派情治機構的權力。至此，蔣介石原先在大陸的「中統」和「軍統」兩大特務組織已失去作用。「中統」改為「法務部調查局」，「軍統」演化為「國防部情報局」和「軍事情報局」，統歸蔣經國手下。為了便於協調和指揮，蔣經國重新將各情治單位的工作範圍加以明確：「法務部調查局」以負責進行社會調查、防止經濟犯罪、貪汙和漏稅為主；「國防部情報局」以負責對大陸的「情報搜集」和建立特務網為主；其他情治單位以防共、防島內「暴亂」的調查為主。與此同時，蔣氏父子還要求國民黨中央黨部及社會、海外青年等各部門協同情治單位工作。蔣經國遵照父旨，為「臺灣存亡的必要，實施鐵腕政策，只要行動可疑，經人檢舉，一概列入危險分子，格殺勿論」，「白色恐怖」籠罩全島。
當時臺灣特務之多已發展到令人髮指的地步。原來只在臺灣設立一個站的「中統」和「軍統」悉數搬到臺灣。原來只負責搞軍事情報的各軍種、兵種的第二處即（情報處），此時也插手搞社會治安。再加上省保安司令部、憲兵隊、警察局等，甚至連「國防部」的技術總隊都抓人、辦人。在有限的臺灣島，橫行著「調查局」、「保密局」、「軍情局」、「憲兵」、「總政戰部」、「國防部二廳」、臺灣省警務處等多重特務體系。為了加強控制，特務機構在各階層、各部門、各團體遍布眼線，並在政府部門和學校中普遍設立安全室。從黨政機關到中小學校，從軍隊系統到社會各界，特務無處不在，無時不在。七大特工系統中，僅就警察系統而言，其規模、權限就到了驚人的程度。全島有10萬多名警察，分屬於臺灣省警務處、20個縣市警察局、87個分局、187個分駐所、12698個派出所、5027個警勤區，警察網遍布島內各個角落。加上另外六大系統的特工人員，臺灣人民隨時隨地處於警察和特務的監控之中。50年代初，蔣經國手下的特工已達5萬人之多。警察、特務和各類情治人員佔總人口比例之高、網點之密，恐怕在世界上是屈指可數的。
特務組織不僅負責查辦包括共產黨地下組織、「親共分子」、「臺獨分子」等「政治犯」，而且負責文化檢審，有權查禁書報。在經濟領域，特務擁有經濟管制的大權，凡有買賣金銀外匯或私下貸款者，一律以「擾亂金融罪」逮捕。特務組織的各大門派，為了邀功爭賞，無事生非，濫抓濫捕，屈打成招，造成大量冤假錯案。更惡劣的是，由於臺灣當局對特務破案有重賞，有些特務便故意引人犯罪，即當教唆犯，又當執法者，做無本發財的買賣。臺灣當局規定，凡破獲經濟案件，告密者可得贓款30%，破案單位可得35%。於是很多特務便裝成犯罪分子，如開設地下錢莊、設立賭場，或假裝有外匯要拋售等，引人上鉤，一旦有人落入圈套，該特務所在部門馬上出面逮捕。因為告密者和破案者同出一門，落網者的贓款立即有65%落入特務之手。臺灣的特務機構權力無邊，無所不能，可隨時插手政治、經濟、軍事和文教等各個領域，可以說在臺灣一手遮天。
據有關材料披露，到1958年春，臺灣官方宣布的顛覆案已達311320件。被捕、被傳訊和受到調查者超過130萬人，而當時臺灣的全部人口還不到1000萬人。
國民黨當局逃臺後，在「漢賊不兩立」的觀念下，更加仇視共產黨，並冠之以「匪」，在島內一再掀起「反共」高潮。
為把臺灣的思想文化納入「反共」軌道，蔣介石發起「文化改造運動」，發表一系列「反共抗俄」文章，打著三民主義和中國傳統文化的旗號，攻擊馬列主義。在學校、軍隊中灌輸封建倫理道德，倡導「四維」(禮、義、廉、恥）、「八德」。在高中高職以上學校成立「中國青年反共救國團」，實施「反共抗俄」思想教育。狂熱的「反共」文化宣傳遍及全島，瀰漫社會一切領域。在文學領域，國民黨提倡「反共文學」、「戰鬥文藝」。為配合「反共」宣傳，國民黨當局還製造了一系列的「共諜案」，製造看得見摸得著的政治對立面。
為了使「保密防諜」工作更加行之有效，1950年1月27日，根據蔣介石的指示，臺「行政院」頒布了《反共保民總體戰綱要》。綱要規定動員全島的人力和物力，實施各種反共戰略。綱要還規定，臺灣公民必須宣誓：「我自己絕不通匪，並不容他人通匪，如違反此誓言，願受民眾大會制裁。」4月14日，臺灣「立法院」修訂了「戡亂時期懲治叛亂條例」，擴大懲處範圍，加重懲處標準，擴大軍、警、憲、特的權力。6月13日，蔣介石下令頒布「戡亂時期檢肅匪諜條例」，該條例規定：發現匪諜或有匪諜嫌疑者，無論何人均應向當地政府或治安機關告密檢舉。人民居住處所有無匪諜潛伏，該管保甲長或裡長應隨時嚴密清查。各機關、部隊、學校、工廠或其他團體所有人員，應取具二人以上連保，如發現有圖謀潛伏，連保人與該管直屬主管人員應受嚴厲處分。治安機關對匪諜或有匪諜嫌疑者，應嚴密注意偵察，必要時予以逮捕。
為強化對人民群眾的控制，國民黨把在大陸時期所搞的「保甲連坐」制度照搬到臺灣。1953年8月，臺「行政院」頒布《戡亂時期檢肅匪諜聯保辦法》，逼迫人民互相監視，彼此檢舉，如發現某人是匪諜，被聯保者即使毫不知情，也要受到牽累。1955年6月至8月，國民黨又在臺灣搞所謂「在大陸被迫附匪分子總登記運動」，要求曾在大陸參加共產黨的黨、政、軍、經濟、文教、社會團體及各公私團體者，曾在共產黨的工商機構、宗教組織工作過的人，曾接受過共產黨的軍事、政治、社團、文教、民運、鄉鎮工作等訓練的人，曾受共產黨直接利用或「附匪分子」間接利用的人，都要到保安司令部辦理登記。用當時臺灣省主席嚴家淦的話說「凡是匪諜以及態度不暗不明、模稜兩可的人，都將視為危險人物，必定要予以清除」。
由於國民黨當局頒布的登記標準本身就是「灰暗不明、模稜兩可」，因此誰有「嫌疑」，完全由特務胡亂判定。當時有些情況荒唐到了令人啼笑皆非的地步。如《時事雜誌》的創辦者童軒孫本人以及所辦公司的經理、會計、職員一起被捕，詢及原因，竟然是因為特務從他家抄出一本《湯姆·索亞歷險記》，特務們居然把作者馬克·吐溫誤看成為馬克思。又如後來獲諾貝爾獎的李政道先生的母親張明璋，僅因家中留宿一位廣西大學時期的同窗，便被扣上一頂「掩護匪諜」的帽子，被捕入獄。諸如此類例子，多如牛毛，舉不勝舉。1950年5月，蔣經國宣布已破獲匪諜80餘個單位，其中僅「蘇藝林案」就逮捕100多人。曾擔任過臺灣行政長官與浙江省主席的陳儀，總參謀次長吳石中將、第4站總監陳寶倉中將、陸軍聶曦上校等，也均因牽入不同的「通共」案件而被處決。
江南著《蔣經國傳》中曾這樣記載50年代初的臺灣：「翻開1950年前半年的《中央日報》，『匪諜某某等數犯，昨日槍決伏法』的標題，一周出現好幾次。保密防諜的口號，透過各種傳播媒介，普及全島每一個角落，以匪諜名義送往青島東路軍人監獄、臺東綠島，或用麻袋綑紮，未經司法程序，丟進海裡餵魚的不計其數」。
文章摘自：《國民黨下臺內幕》