明朝建立後，因西南地區地處偏僻，遠離中樞，而且山高林密，瘴氣瀰漫。以當時的生產力水平和技術條件，中央政府很難在那裡實現直接統治，因而實施了一種土司制度，即由部落酋長擔任世襲的土官，對其領地實行自治。
朝廷在這些地區也設立官署和衛所，派兵屯田，並推行漢化，以期化夷為夏，使當地土著逐漸融入中華。但是朝廷官員並不具體管理當地的行政事務，所以，土司制度實際上是一種鬆散的羈縻統治，使得朝廷在那裡的影響有限。
為了有效控制各個土司，明朝採用平衡策略，即不讓某個土司做大，如果有一個土司的勢力過於強大，朝廷就支持其他較弱小的土司去對抗他，這樣可以使土司們都有求於朝廷，從而不得不聽命於朝廷。
但是這種制度並不成功，土司們對漢化政策十分牴觸，而朝廷在那裡的力量相對薄弱，無法形成有效震懾，所以土司們敢於對抗朝廷。有明一代，西南地區的叛亂時有發生，比如持續多年的「大藤峽盜亂」就讓聖人王陽明耗盡了最後的精力。
頻繁的西南叛亂，甚至影響了明朝的皇家血脈和政治走向。朝廷在鎮壓一次反叛時，將一位土司的女兒紀氏掠進宮中，她後來成了明孝宗朱佑樘的母親，而明孝宗又是明朝最好的皇帝，開創了弘治中興。明史稱：「《易》曰：『無平不陂，無往不復，艱貞無咎。』知此道者，其惟孝宗乎！」
在弘治十二年，也即1499年，貴州普安州又爆發了一場大規模土司叛亂，這次叛亂幾乎使貴州當地的明軍被全部消滅，高級官員死傷殆盡，最後從鄰近各省徵調了八萬大軍，歷時五個月，才將叛亂撲滅。
叛亂的起因是普安州苗族土司隆暢的家庭矛盾。 隆暢有個美貌的妻子叫米魯，是霑益州土司安民的女兒。隆暢還有一個前妻生的兒子叫隆禮，但隆暢和隆禮關係不睦，《明史》沒有記載父子不合的原因，但《明實錄》中說是「聽營長阿保等之讒，由是父子相讎。」意思是隆暢受了手下一個叫阿保的挑唆。而這個阿保不僅挑唆隆暢父子，還暗中與米魯私通。
後來，米魯「被出」，也就是被休了，回娘家居住。《明史》沒說米魯被休的原因，但《明實錄》說她「以罪見逐」，雖然沒提是什麼罪，但很可能是她與阿保的私情被隆暢察覺了。
後來，隆暢日漸衰老，隆禮繼承了土司職位。米魯聽說後，就讓阿保去遊說隆禮把自己接回去，隆禮果然接回了米魯，但是米魯和隆禮也私通了。後來，米魯、隆禮、阿保三人之間的苟且被隆暢知道了，他大怒，殺了隆禮，還領兵摧毀阿保的寨子。阿保便帶著兒子阿鮓與米魯一起興兵進攻隆暢，接連攻破百餘座寨子，殺了許多人，還搶了很多牲畜。隆暢不敵，逃到了雲南。
朝廷派駐當地的總兵官是東寧伯焦俊，他和巡撫錢鉞聽說這件事後，就一起給雙方調解，米魯同意和解，並去雲南接回隆暢，但是在途中，她毒死了隆暢。
隆暢還有一個妾叫適烏，生有二子，居住在南安。米魯想把他們也都殺了，於是又帶兵攻南安，並開始公開反叛。她在普安修築了三個寨子，令阿鮓等人防守。她把自己所居的寨子命名為「承天寨」，自號「無敵天王」，出入都打著大黃旗，四處襲殺朝廷官兵，掀起了持續五年的「米魯之亂」。
然而米魯和隆暢一開始只是家庭糾紛，是什麼原因導致她造反呢？《明史》和《明實錄》都語焉不詳，只說「既而阿保米魯等為亂滋甚,數攻寨堡殺傷官軍,屢撫不聽。」
但是我們可以來分析一下，米魯是在接受總兵和巡撫的調停後才造反的，在這之前，她只針對隆暢，並不反對朝廷，但是調停過後，她不僅殺了隆暢，連他小妾的兒子也一併要殺，而且直接起兵造反了，所以，這次所謂的調停是「米魯之亂」的導火索，米魯一定是在調停中受到了不公平對待，因而被激怒了。
從《明史》和《明實錄》中透露的信息來推理，這次反叛很可能是這樣引起的：隆禮是隆暢的長子，按土司繼承制度的規定，他世襲了土司之位。但隆暢喜歡小妾適烏，因而愛屋及烏，也更喜歡適烏的兒子，想讓他繼位，於是藉口隆禮與米魯私通而將他殺了。米魯本來是隆暢的妻子，雖然被休，但又被隆禮迎回，所以她無論作為老土司隆暢的妻子還是新土司隆禮的情人，都是這個家族的女主人。隆暢殺隆禮，不僅破壞了土司繼承制度，還剝奪了她的一切權益，這就是她要對隆暢刀兵相見的原因。
這種老君王因喜愛年輕姬妾而試圖廢長立幼，結果導致禍亂的情節在中國歷史上一再發生，作為熟讀經史並富有政治經驗的明朝官員，錢鉞和焦俊應該對這種事再熟悉不過，知道這種事情會導致什麼嚴重後果，因此他們是應該知道怎麼去公正處理的，然而他們卻偏袒了隆暢和適烏一方，原因肯定是得了好處。明朝地方大員的貪汙受賄是普遍現象，錢鉞和焦俊想來也是此道中人，結果他們把調停變成了妄判，使米魯從憎恨隆暢變成了仇恨朝廷。只有這樣來解釋米魯在調停之後會變得如此極端，才符合邏輯。
米魯起兵後，得到許多土司或頭人的支持和響應，見於史料的就有福佑、阿舊、阿滿、六墜、扯鮓、享雜、阿黑、阿雞、涉索、阿剛、綁密、陡崖、鬼者、束於、黑松、三寶、阿黑、紫塘、大章、邏廷等眾多山寨，其中還有一位叫米孕的女頭領也領兵加入了米魯的叛軍。米魯能一呼百應，證明當地土著不僅在這場土司繼承爭端中都同情米魯，還非常敵視朝廷。
米魯的勢力迅速擴大，鎮守官員見叛亂爆發，便調動十個衛所的官軍以及當地土兵一萬三千人分路進攻米魯，同時責成米魯的父親安民協助朝廷出兵平叛。安民為了自保，果真派兵進攻阿保，並在查剌寨將阿保父子斬殺，算是給了朝廷一個交代。但是焦俊等官員沒有見好就收，還逼著安民交出米魯。但安民怎麼可能傷害女兒，他不僅沒有照辦，還暗中出兵五百，幫助米魯襲殺了隆暢的小妾適烏和她的兩個兒子。至此隆暢家族除米魯外，已無土司繼承人，於是她公開要求朝廷讓她繼土司之位，作為她歸順的條件。
米魯在殺了隆暢和適烏後，已經據有了隆暢的財富，憑著這些財力，她對當地鎮巡官員大肆行賄，這些人都受了賄賂，於是開始替她說話。他們以招撫米魯，平息戰亂為藉口，請求朝廷對米魯的反叛罪行給予寬宥，並答應她所提的要求，米魯從一個賄賂的受害者變成了受益者。然而明孝宗畢竟是一位明君，他沒有被這些官員蒙蔽，而是嚴旨切責，要求必須對米魯加以討伐，將她抓獲，予以懲處，以正國法。
明朝官員的貪婪和徇私很快招來了惡果，米魯在花了大量錢財後，沒有得到她想要的結果，反而要被徵討，心中對明朝更加怨恨。弘治十四年，也即1502年七月，米魯率軍攻打平夷衛，貴州都司發兵增援。但是按察使劉福卻藉機向米魯索賄，米魯將計就計，給他好處，於是劉福故意延緩出兵，使米魯贏得了部署伏兵的時間。結果官軍在進到阿馬坡時，落入米魯的伏擊圈，一戰下來，官軍死傷慘重，數十名將領陣亡，都指揮使吳遠被俘。
眼看米魯勢大，貴州鎮守太監楊友請求朝廷增援，南京戶部尚書、左副都御史王軾臨危受命，前往貴州督辦軍務。
但是王軾還沒到貴州時，楊友又試圖招降米魯，米魯詐稱願降，引誘楊友上鉤，將其活捉。1502年十二月二十一日，米魯叛軍襲擊了官兵的盤江大營，明軍再次遭殲滅性打擊，大批軍政要員在襲擊中喪生。史料記載，死於此戰的將領包括貴州右布政使閭鉦、按察使劉福、都指揮李宗武、郭仁、史韜、李雄、吳達等人。這些都是三品以上的高級官員，至於同知、僉事、鎮撫、千戶、百戶、旗總、小旗等中下級軍官的死傷更是不計其數。經過這兩戰，包括「三司」在內的貴州文武官員全部被殺，數萬官軍幾乎全軍覆沒，僅剩少量官軍死守普安州，勉強保得普安州不失。至此，貴州既無主事官員，也無可戰之兵，而米魯的聲勢則達到了頂點。
王軾到任後，見貴州已無兵可用，便調集廣西、湖廣、雲南、四川官軍和土兵共八萬人，於1503年一月分八路進軍。官軍中有一員老將王通，他本是一名退休的都督，這次自告奮勇，領兵出徵，可見王軾率領的大軍士氣很盛。
在官軍絕對優勢兵力的進攻下，米魯仍拼死抵抗，王軾指揮大軍經過五個多月的徵剿，終於擊敗米魯的叛軍，俘獲一千三百一十五名，斬首五千一十三級，救回被活捉的太監楊友以及被米魯擄去的五百八十名男女，奪回被叛軍搶走的三萬三千餘頭牲畜。1503年三月二十七日，米魯在尾籠寨的戰鬥中被土官知府鳳英臨陣格殺，並梟首示眾。到五月，米魯餘黨全部被消滅，歷時五年的叛亂終於平息。出人意料的是米魯的父親安民經過申辯居然得到赦免，沒受任何處罰，史載：「安民自辨，得赦」。朝廷又讓隆暢的另一個小妾適擦世襲了土司之職。從這些處理來看，朝廷對土司勢力仍十分忌憚，不敢過於殺伐，雖然明知安民參與叛亂，也不敢過於追究。
王軾於五月十一日率軍班師回朝。後來，王軾根據這次平叛戰役寫了一部《平蠻錄》，詳細記錄了這次戰爭的過程。
王軾
「米魯之亂」雖被撲滅，但導致的後果非常嚴重，「毒流千裡，屯堡為之丘墟；禍及兩藩，生靈為之塗炭。」雲貴兩省的民生凋敝，屯兵衛所遭到重創。由於明朝衛所官兵都是世襲的軍戶，父親戰死後由兒子接替。貴州官軍的覆沒，使大量衛所官兵父子兩代相繼死於戰場，許多家族男丁死絕，姓氏無以延續。而貴州衛所軍戶大多是明朝初年隨傅友德「南徵入黔」內地官兵後裔，中國人最重血脈傳遞，內地宗祠在修族譜時，必然會知道入黔分支的悲慘結局，在社會上引起的恐慌可想而知。
貴州官軍在這場戰亂中的表現，使明朝政府意識到了衛所軍官世襲制的弊病，開始重視以武舉考試選拔將領。
明朝一開始並沒有設置武科，後來雖然設立了，卻不受重視，並不定期舉行考試。「國初武科本無定製，間嘗舉行，後以六年為率，士之登進者，眾不過三十二人，寡不過二十人，蓋取之不廣，故習者少也。」由於沒有前途，所以民間習武和鑽研兵學的人很少。之所以如此，是因為明初猛將如雲，而通過武舉選拔的武將，被認為沒有實戰經驗，難堪大用。「米魯之亂」使衛所世襲將領的腐敗無能暴露無遺，朝廷才開始注重通過武科從民間選拔能徵善戰的將領，到嘉靖朝形成了定製，從中湧現出了戚繼光、俞大猷、沈有容、孫祖壽等國之幹城，這也算是這次戰亂為明朝人才選拔制度帶來的些許改變吧
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