福建水師的真正創始人，應該是左宗棠。太平天國平定以後，左宗棠南下興辦南洋，李鴻章在北方興辦北洋。
兩個人勢均力敵，都希望在洋務運動中，建立一番功勳。那個時候的左宗棠還沒有老，依舊意氣風發，時任閩浙總督。
這一年左宗棠南下剿滅了太平軍的殘餘力量。同治五年，左宗棠上書建議在福建興辦輪船廠。此後大量購買機器、船槽。
同時左宗棠在福建創辦了船政學堂，專門培養造船人才和海軍人才。所以說是左宗棠一手操持起來的南洋海軍。
這個時候西北地區叛亂再起，左宗棠臨危受命，轉任陝甘總督前去西北平叛。可是他始終放心不下福州船政的工作，於是他找到了沈葆楨，希望沈葆楨能夠接替他完成這項創舉。
沈葆楨是林則徐的女婿，也是福建水師建立者。
左宗棠本打算在福建地區大展拳腳，機器也弄回來了，學校也辦起來了，專業技術人員也花大價錢請來了。
可是這個檔口上，西北叛亂已經無法視而不見了。左宗棠作為晚清最能打仗的將領，他自然是被慈禧看中，肩負了平叛的重任。
六年，命為總理船政大臣。初，左宗棠創議福州馬尾山麓瀕江設船廠，未及興工，宗棠調陝甘，疏言非葆楨莫能任。葆楨釋服，始出任事。造船塢及機器諸廠，聘洋員日意格、德克碑為監督。月由海關撥經費五萬兩，期以五年告成。附設藝童學堂，預募水勇習練駕駛。---《清史稿》
但是福建水師才有了一個雛形，如果就此撒手，一定會錯過最好的時機。而且前往西北真不知道要打多久，能不能回來還不一定。
為此左宗棠必須要找一個靠得住的人，前來擔任船政大臣。這個時候左宗棠想到了沈葆楨，他是林則徐的女婿，此前也是江西巡撫，參與過平定太平天國的軍務。這個時候的沈葆楨母親去世，所以長期在老家福州丁憂。為了表示誠意，左宗棠連續兩次請沈葆楨出山，結果兩次都被拒絕，表面上的理由是重孝在身。左宗棠想到了沈葆楨的顧慮，所以就上書朝廷，希望船政大臣可以繞過閩浙總督，直接向朝廷負責，這樣一來第三次去請沈葆楨的時候，他便欣然答應了。沈葆楨擔任船政大臣以後，興建船塢和機器廠，同時設立了藝童學堂。打造了20艘戰船，真正組建了一支福建水師。這也是中國歷史上第一支海軍部隊。
福建水師初戰告捷，沈葆楨卻主動將機會讓給了北洋水師。
很多人對福建水師不熟悉，因為北洋水師的名氣更大，所以南洋水師就顯得有些低調了。沈葆楨的事業如火如荼的時候，日本人覬覦上了臺灣的地盤，帶領部隊強行登島，與當地百姓展開了激烈的鬥爭。
此後沈葆楨得知此事，立刻上書朝廷。朝廷命令沈葆楨帶領剛建立的福建水師和淮軍數千人前往作戰。
日兵已登岸結營，葆楨據理詰之。曉諭番族遵約束，修城築壘為戰備。提督唐定奎亦率淮軍至，日人如約撤兵。乃議善後事宜，疏陳福建巡撫宜移駐臺灣，吏治軍政方能整頓，詔如所請。---《清史稿》
結果日本人果然被沈葆楨給打走了，此後沈葆楨因功被封為兩江總督，兼任南洋大臣。地位和李鴻章有的一比。
這個時候朝廷也意識到了南洋水師和北洋水師的重要性，所以打算著手打造這兩支艦隊。北洋是李鴻章，南洋是沈葆楨。
可是朝廷沒錢啊，朝廷的經費打造一支北洋水師都是捉襟見肘的，更別說打造南洋水師了。結果沈葆楨做了一個驚人的決定。沈葆楨向朝廷上書，主動表示可以暫時擱置組建南洋水師的計劃，畢竟北洋水師負責保護京城，責任更加重大。沈葆楨主動將經費讓給了李鴻章，這贏得了天下人的讚嘆。當時誰都想憑藉自己手裡的這支軍隊向上爬，可是沈葆楨卻能夠做到以大局為重，實在是難能可貴。這也就是為什麼南洋水師沒有北洋水師出名的重要原因，此後北洋水師在甲午戰爭中一敗塗地，實在是辜負了沈葆楨的厚望。
左宗棠西北建功，卻也遺恨伊犁。
作為福建水師最早的奠基人，左宗棠不辱使命，在西北平定了捻軍叛亂。此後左宗棠並沒有時間回到福建繼續興辦水師。
因為他想起了多年前，他和沈葆楨的嶽父林則徐在船上的一席談話。那個時候林則徐就告訴左宗棠，新疆是中國最重要的領土，那裡水草豐茂，山川富饒，絕對是一顆塞外明珠。千萬不能把新疆給丟了。
左宗棠每每想起林則徐痛心疾首的警告，眼淚便控制不住地奪眶而出。清朝的腐敗無能，已經喪失了太多領土，如果連新疆也丟了，那麼關中之地乃至整個北方都將淪陷。
為此左宗棠主動上書請求收復新疆，當時阿古柏已經在新疆建立汗國，如果再不動手，那麼新疆的歸屬權真的會成為一個大問題。
此後左宗棠抬棺出徵，一路追擊，就算是老婆兒子都在這期間去世，他也沒有離開戰場。最終左宗棠將阿古柏的軍隊給擊敗了。左宗棠如願收復了新疆，使得這片領土再次回到了中國人的手裡。
但是在伊犁談判的時候，左宗棠萬萬沒想到，清廷居然做出了妥協，將伊犁霍爾果斯河以西的地盤割讓給了沙俄。左宗棠痛心疾首，萬萬沒想到，和談的結果如此不堪，當初還不如直接進軍，徹底擊敗沙俄。
總結：清朝的賠款足以建設10個福建水師了。
福建水師的建立之所以被擱置，主要就是因為經費的問題。李鴻章為了自己的利益，把經費都用在了北洋水師之上，北洋水師也就成了他安身立命的老本。
其實清朝賠款那麼多，如果早點拿出來建設屬於自己的福建水師，早就能夠在海上擊敗列強了。可憐清朝只知道賠款，後知後覺地建立了北洋水師，最終還是趕不上人家的步伐。
參考資料：《清史稿》