實際上，清朝的皇帝只有12位，傳說中的13個皇帝，是因為清朝有12個皇帝，13個年號，形成13朝。
清朝第一位皇帝是後金太祖努爾哈赤，他確實是清朝實打實的開國皇帝。但因為大清這個國號是其子皇太極改的，努爾哈赤就成為了沒在清朝生活過一天，卻成為清朝開國皇帝。那麼，努爾哈赤究竟算不算清朝皇帝，這一定要算。努爾哈赤是清朝的奠基人，是清朝第一稱汗的人，汗和皇帝是一個意思，都是帝王。並且努爾哈赤獲得太祖這個一般開國皇帝該有的廟號，並且第二位皇帝皇太極只獲得太宗的廟號，努爾哈赤屬於被確立的太祖。努爾哈赤的年號是天命。
清朝第二位皇帝是皇太極，皇太極的清朝皇帝身份是沒有問題的。他改大金（後金）為大清，成為真正的清朝歷史上第一位，也是清朝入關實現由北方政權到大一統王朝的奠基人。他的廟號是太宗，一方面是皇太極沒能突破遼東防線實現入關，沒有成為「祖」的功。另一方面，他的同父異母弟多爾袞在其死後掌權，因皇太極曾經逼迫多爾袞三兄弟之母阿巴亥為努爾哈赤陪葬，多爾袞心生怨恨，而沒有為他上廟號為「祖」，實際上太宗作為百宗之長，也是很高的。皇太極的年號是天聰和崇德。
清朝第三位皇帝是福臨，清朝入關的第一位皇帝，年號順治。福臨能夠成為皇帝，完全得益於其父親皇太極去世後沒有指定繼承人，當時的條件也很有可能皇太極直接指定繼承人。比較有實力繼位的是福臨的叔叔多爾袞、福臨的大哥豪格，在雙方爭執不下的時候，六歲的福臨繼位成為雙方妥協的產物。福臨雖然成為皇帝，並實現在位時入關，成為中原皇帝，但他幼年時期的朝政被叔叔多爾袞把持，形同傀儡。多爾袞出意外去世後，福臨才親政。在親政幾年後病逝，也有說出家的。因順治年間清軍入主中原，福臨屬於開拓之君，廟號世祖。
清朝第四位皇帝是玄燁。清朝入關第二位皇帝，年號康熙。考慮當時天花盛行，年幼的玄燁得過天花，有免疫力，可以避免在位病逝的危險。康熙皇帝屬於現代人比較熟悉的皇帝，在位時期開啟了康乾盛世，建立了大一統王朝。在位政績比較突出，都比較熟悉不一一列舉。他的廟號是聖祖，這在中國歷史上是一個比較特殊的廟號，按照祖有功，宗有德的原則，康熙皇帝只配得上宗，在太宗已經屬於皇太極的情況下，大概率是世宗和高宗。康熙皇帝去世後他的兒子胤禛繼位，覺得父親的功績特別大，不是一個宗就可以的，所以給自己的父親加廟號為聖祖。
清朝第五位皇帝是胤禛，年號雍正，廟號世宗。第六位皇帝是弘曆，年號乾隆，廟號高宗。第七位皇帝是顒琰，年號嘉慶，廟號仁宗。第八位皇帝是旻寧，年號道光，廟號宣宗。第九位皇帝是奕詝，年號鹹豐，廟號文宗。第十位皇帝是載淳，年號同治，廟號穆宗。第十一位皇帝是載湉，年號光緒，廟號德宗。第十二位皇帝是溥儀，年號是宣統，沒有廟號，所謂恭宗是民間加的，不符合廟號的確立條件，不算數。
也有人說清朝的第十三位皇帝為多爾袞，因為多爾袞曾經掌握實權並且被追封為皇帝。但這和皇帝是兩碼事，正史從來沒有承認其皇帝地位，況且同一時間不可能有兩個皇帝存在，他掌權的時間明顯和順治皇帝重合，不可能是皇帝。同樣，雖然清朝後三帝並沒有實權，但實際掌權的慈禧太后以及後面的攝政王載灃也不是皇帝。傳說的保慶帝也不成立，戊戌政變後，慈禧太后確實有立溥儁為新皇帝的想法，年號都有了就是保慶，但迫於內外壓力，沒有改成。偽滿時候的康德年號，因為是偽政權年號也不能算。
綜上，清朝共有十二位皇帝，大部分皇帝是一人一個年號，只有太宗皇太極有兩個皇帝，形成十三朝的局面，實際上並沒有皇帝被開除。