問：我公司是北京一家按季度申報的小規模納稅人，季度銷售額未超過30萬元可以享受免徵增值稅優惠，實際工作中按客戶要求我公司向稅務機關申請代開了專票，我公司想追回客戶已抵扣的專票紅衝享受免稅政策，同時申請已繳增值稅退稅，但無法追回，問我公司申請代開的客戶已抵扣專票無法追回紅衝能否申請退還已繳的增值稅？
答：《國家稅務總局關於小規模納稅人免徵增值稅政策有關徵管問題的公告》（國家稅務總局公告2019年第4號）第一條規定，小規模納稅人發生增值稅應稅銷售行為，合計月銷售額未超過10萬元（以1個季度為1個納稅期的，季度銷售額未超過30萬元）的，免徵增值稅。小規模納稅人發生增值稅應稅銷售行為，合計月銷售額超過10萬元，但扣除本期發生的銷售不動產的銷售額後未超過10萬元的，其銷售貨物、勞務、服務、無形資產取得的銷售額免徵增值稅。第二條規定，適用增值稅差額徵稅政策的小規模納稅人，以差額後的銷售額確定是否可以享受本公告規定的免徵增值稅政策。《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》中的「免稅銷售額」相關欄次，填寫差額後的銷售額。第八條規定，小規模納稅人月銷售額未超過10萬元的，當期因開具增值稅專用發票已經繳納的稅款，在增值稅專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票後，可以向主管稅務機關申請退還。
《國家稅務總局關於紅字增值稅發票開具有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第47號）第一條規定，增值稅一般納稅人開具增值稅專用發票（簡稱「專用發票」）後，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，按以下方法處理：（一）購買方取得專用發票已用於申報抵扣的，購買方可在增值稅發票管理新系統（簡稱「新系統」）中填開並上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》（簡稱《信息表》），在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票後，與《信息表》一併作為記帳憑證。購買方取得專用發票未用於申報抵扣、但發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。銷售方開具專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用於申報抵扣並將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在新系統中填開並上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。（二）主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過後，生成帶有「紅字發票信息表編號」的《信息表》，並將信息同步至納稅人端系統中。（三）銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《信息表》一一對應。（四）納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統校驗。第二條規定，稅務機關為小規模納稅人代開專用發票，需要開具紅字專用發票的，按照一般納稅人開具紅字專用發票的方法處理。
國家稅務總局2019年9月3日發布《2019年減稅降費政策答覆彙編 （第一輯）》第39問「原發票無法退回紅衝導致的增值稅免稅政策執行難問題怎麼解決？」解答如下，由於小規模納稅人開具增值稅專用發票後，下遊一般納稅人可以抵扣專用發票上註明的稅款，為保障增值稅抵扣鏈條的完整性，小規模納稅人向稅務機關申請代開的增值稅專用發票應當在繳納增值稅後方可開具。小規模納稅人月銷售額未超過10萬元（以1個季度為1個納稅期的，季度銷售額未超過30萬元）的，當期因開具增值稅專用發票已經繳納的稅款，在增值稅專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票後，可以向主管稅務機關申請退還。按照《國家稅務總局關於紅字增值稅發票開具有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第47號）規定，如果購買方取得專用發票已用於申報抵扣的，需要將增值稅稅額從進項稅額中轉出，並填寫《開具紅字增值稅專用發票信息表》後，由稅務機關根據校驗通過的《信息表》為銷售方代開紅字專用發票，並不需要將原發票退回。
綜上，你公司申請代開的客戶已抵扣專票無法追回紅衝，在客戶將增值稅稅額從進項稅額中轉出，並填寫《開具紅字增值稅專用發票信息表》後，稅務機關根據校驗通過的《信息表》為你公司代開紅字專用發票，並不需要將原發票追回，也可以向主管稅務機關申請已繳增值稅退稅。
來源：大成方略。轉載請註明來源。