按照目前的規劃以及建設進度，最快到2025年，南通將形成南通站、南通西站、南通新機場站等3大鐵路樞紐站。
南通站是南通地區建設最早的「地區級」火車站，配建的動車運用所不久後將正式啟用，該動車所的建設將使得南通成為江蘇省內繼南京、蘇州之後「第三個擁有動車所的城市，投入使用後服務於鹽通鐵路、滬通鐵路，將大大增加南通始發、終達和途經的動車數量」（南通發布）。
南通站
南通西站是正在建設的「三合一」高鐵站，匯集滬通鐵路、鹽通高鐵、通蘇嘉甬高鐵三條長三角地區幹線鐵路，南通地鐵1號線直接接駁該站，除了高鐵站、地鐵站外，還配建了汽車客運站、公交始末站等，除了水運和航空樞紐，南通西站都具備，是名副其實的「綜合交通樞紐」。
對於那些僅僅將南通作為過路城市的旅客來說，所見南通西站的形象將影響他們對南通這座城市的觀感，好在即將投入運營的南通西站沒有辜負市民十年來的期盼（以2009年滬通鐵路確定走蘇州縣級市的「西線方案」算起），南通西站真的很美，有圖為證！
南通西站
除了南通站和南通西站外，南通地區第三個樞紐站是選址已經確定的「海門北站」（南通新機場站的工程名），南通新機場未來不僅會接入高鐵、地鐵，還有城際線。
據悉，南通「正在開展江海快線、機場快線等線路的前期研究工作」，引文所指的「機場快線」應該是市域鐵路制式。
與南通站和南通西站相比，南通新機場綜合交通樞紐將擁有南通地區最完善的交通方式，是縮小版的「上海虹橋樞紐」或是「浦東樞紐」。
等南通新機場建成後，興東機場將主要承接貨物功能，與新機場形成職能互補。
南通興東國際機場
嚴格說來，南通並不會形成兩個民用客運機場共存的局面，新機場是興東機場的升級版而已，正所謂「長江後浪推前浪」，興東機場退出歷史舞臺後，純粹的貨運功能也是南通航空的一大利器。
除了這三大樞紐站外，南通地區未來還將新增如皋南站、啟東西站等高鐵站，助力南通高質量發展。