當臺民醞釀自主之際，日本也在做割佔臺灣的準備。五月十日，即煙臺換約的第三天，日本政府便將海軍軍令部部長樺山資紀晉升為大將，任命他為臺灣總督兼軍務司令官，以便使割佔臺灣迅速成為既成事實。
清廷派李經方赴臺交割。五月三十日，李經方帶道員馬建忠、顧問科士達等，乘德國商輪公義號由上海啟航，於六月一日抵臺灣海面。二日下午二時，日本政府所派臺灣民政局長水野遵至公義號，與李經方商定臺灣交割文據。當天深夜，將文據繕成中文和日文兩份，先由樺山資紀署名蓋章，然後交於李經方，就算交割完畢。
形式上的交割臺灣，只是為日本對臺灣的軍事佔領提供一個所謂合法的依據罷了。其實，早在交割的四天前，日軍已經開始了對臺灣的進攻。五月二十九日，日本軍艦先向基隆的金包裡猛烈炮擊，作欲登陸狀，以牽制清軍的兵力，然後從基隆以東五十裡的澳底登陸。於是，臺灣武裝抗日鬥爭的帷幕便正式拉開了。
日軍進攻臺灣的部隊有兩支：一是總督府直屬部隊，由臺灣總督樺山資紀海軍大將親自指揮，包括臼炮中隊、要塞炮中隊、後備步兵第四聯隊、臨時臺灣鐵道隊等，計將校二百二十八人，士卒六千四百九十四人，役夫五千六百三十六人，乘馬一千八百七十二匹；一是近衛師團，由近衛師團長陸軍中將北白川能久親王指揮，下轄近衛步兵第一旅團(旅團長川村景明少將)、近衛步兵第二旅團(旅團長山根信成少將)及騎兵大隊、炮兵聯隊、工兵大隊等，計將校三百六十人，士卒一萬四千二百零九人，役夫七百人，乘馬、馱馬、挽馬三千四百五十二匹。近衛師團先駐金州，於五月十五日奉命移至營城子，又轉旅順。二十二日，北白川率部乘十四艘艦船由旅順出發，於二十六日黃昏時駛至琉球中城灣。樺山資紀一行於二十四日乘橫濱丸自宇品起航，於二十七日上午也抵琉球中城灣，與北白川的近衛師團會合。樺山即命令近衛師團進兵臺灣，「若遇頑民抗拒，即迅速掃蕩，嚴懲不貸」。注1當日中午，各艦船啟錨駛向臺灣。
五月二十八日傍晚，樺山資紀乘橫濱丸駛近淡水海面。提前出發的高千穗、浪速、八重山三艦先已到達此處。據高千穗等艦報告，岸上清軍進行抗禦，在淡水登陸頗為不利。於是，樺山決定在三貂角附近海灣登陸。橫濱丸於二十九日晨六時駛離淡水，至基隆海面後，又與停泊該處的薩摩丸等十一艘運兵船東航，以松島艦為先導，於下午一時抵三貂角灣，並著手進行登陸準備。日軍以澳底為登陸地點，由姬路、佐倉、豐橋三船所載之近衛步兵第一旅團第二聯隊先行登陸，第一中隊為先頭部隊。澳底港深，可泊巨輪，而清軍卻視為荒僻之地，僅以總兵曾照喜統帶兩營駐守。曾軍兩營皆系新募，「成軍甫三日，遇敵不敢戰」。注2下午三時半，日軍先頭部隊開始上岸。雙方才交火，曾軍死四人，即向西越山而逃。日軍一鼓登陸，輕而易舉地佔領了澳底。當夜，日軍便在澳底宿營。
五月三十日黎明，日軍以近衛步兵第一旅團為前衛，向西進犯。澳底西北去基隆五十裡，沿途重巒疊嶂，山勢險峻，只有一條羊腸小道可通，崎嶇難行，三貂嶺為必經之路。日軍炮隊只得「將炮身和炮車分解，由土兵分別肩扛」。「馱馬由於過度疲勞，或倒臥中途，或墜落澗底，軍需均靠人肩運送。」甚至士兵也有「誤從懸崖墜落」者。沿途人民都拒絕與敵人合作。日軍強令群眾搬運物資，並向他們徵收糧物，皆「倔強不肯從命。以土人做民夫，中途逃亡者甚眾，無奈繫繩於其腰間，由士兵監督，鞭打使役。」當詢問道路時，多回答「不知」。「欲以小惠結其歡心，反招其輕侮，故不能恩威並行，寧可以威勢使之屈服。」注3日軍到達頂雙溪後，繼續向三貂嶺行進。該嶺最險峻，卻無防兵把守，日軍遂不戰而佔領三貂嶺。
唐景崧聞警，命弁目吳國華率粵勇七百人守三貂嶺。吳國華新自廣東來，倉卒部署，諸事不齊備，幹五月三十日上午始率四百人先行，而三貂嶺已為敵所據。同一天，唐景崧復命營官胡連勝、且調頂石角營官陳國柱、金包裡營官記名提督陳得勝、獅球嶺營官知縣包幹臣等，各率粵勇數百人赴敵，皆稱統領，無所系屬。三十一日晨，始命刑部主事、督辦全臺營務處俞明震，親赴前敵督戰，兼料理餉械、電報事宜，並撥親兵六十人，派委員三人、武弁六人隨往。俞明震乘火車至基隆，住記名提督張兆連大營。是日下午，吳國華軍至小楚坑，與日軍探騎遇，遽開槍，斃敵一人，餘敵反奔。吳國華見日軍人數甚少，從而追之。適在此時，俞明震遣包幹臣率三百人前來助戰。包幹臣至小楚坑，見路旁敵屍，遂割取首級。吳國華聞報大怒，撤隊下嶺。包、吳俱還基隆，俞明震詰以：「奉何人令撤兵？。吳國華自慚，復拔隊赴前敵。包幹臣以得敵人首級為護符，「竟以大捷斬首無算，赴省城獻功。」注4
六月一日，日軍前衛司令官川村景明率近衛步兵第二聯隊(缺第四、第八中隊)，宿營於三貂嶺之巔。二日拂曉，日軍自三貂嶺宿營地出發，向瑞芳前進。上午七時五十分，日軍便向瑞芳發起了進攻。
先是六月一日拂曉，廣東守備劉燕率炮勇三十人運格林炮五門至，俞明震急命運至前敵。劉燕以瑞芳西面高地為陣地，列炮扼守。俞明震亦率親兵六十人赴前敵督戰，擬憑劉燕炮隊以固守。二日晨，張兆連決定進戰，吹角列隊。即在此時，日軍大隊已開始進攻。雙方遂展開了激戰。清兵或「隱於村落的土牆後」，或「潛於茂密樹林之間，巧妙地利用地物猛烈射擊」。注5據日方記載：「敵人的抵抗意外頑強，或僅僅以數十名前來逆襲，或單獨潛伏房屋竹叢中，待我通過後加以狙擊……我方死傷較多。」注6在激戰中，提督張兆連重傷，記名提督陳得勝戰死，餘眾不支。日軍遂兩路包圍清軍炮兵陣地，劉燕督兵抗禦，死傷甚眾。俞明震率親兵助戰，亦被彈片擊傷，被部下抬至獅球嶺。瑞芳遂陷。在此戰中，日軍死傷十九名。第二聯隊長阱並重季大佐被槍彈洞穿軍服，僥倖地保存了性命。清軍則有三十餘名戰死，三十餘名被俘。注7
六月三日晨六時，日本近衛師團又由瑞芳宿營地出發，向基隆進犯。進攻前，北白川能久將部隊分為三部：以步兵第一聯隊第二大隊及工兵一小隊為前衛，沿大道向基隆前進；步兵第二聯隊第二大隊(缺兩個中隊)為右翼，繼前衛之後，向八鬥方向前進，護衛師團之右側；步兵第二聯隊第七中隊為左翼，在瑞芳附近通向暖暖街的道路上扼守，護衛師團之左側。上午十時半，日軍前衛與清軍二百餘名遭遇，清軍略事抵抗後退走。不久，日艦從海上開始向基隆炮擊。正中午時，在猛烈炮火的掩護下，川村景明指揮八個中隊向基隆市街發起猛攻。至下午一時許，忽然陰雲密布，大兩傾盆，雲霧之中咫尺難辨，日兵渾身淋透，行進困難。雙方相持五個小時。直至下午五時，日軍始突入市街。於是，清軍便與敵人展開了巷戰。他們有的持刀劍擊殺敵人，有的從民房窗內向敵狙擊，直到最後戰死。日軍在進攻基隆的戰鬥中，傷亡三十一人。注8
在進攻基隆的同時，日軍又向獅球嶺發動了攻擊。獅球嶺在基隆市街西北，扼基隆去臺北通路，故嶺防實為省會之關鍵；八堵適在其後，當獅球嶺之衝。日軍欲攻臺北，此為必由之路。本來，獅球嶺由道員林朝棟率棟字十營駐守。林為抗法名將，曾隨劉銘傳據此抗法，戰功卓著，「所部將土皆前隨徵之人，地勢險要甚悉」注9，「且訓練有法，頗負時望」。他因與張兆連不和，被唐景崧調往臺中。時臺北紳土十餘人皆建議調林回，「以守為戰，事猶可為」。唐景崧雖電令林朝棟回援，然遠水不救近火，只得於是日中午先派中軍副將黃翼德率護衛營往扎八堵。黃翼德為人狡詐，至八堵即回，詭言：「獅球嶺已失，大雨不能紮營，且敵懸六十萬金購總統(唐景崧)頭，故趨火車急馳回城，防內亂。」注10唐景崧知其欺罔，而不敢詰問。於是，防守獅球嶺的兵力僅知縣胡友勝的粵勇四營，實際上已經成為孤軍。儘管如此，胡友勝仍督軍苦戰，堅守不退。一個日本隨軍記者寫道：「我軍雖集中射擊，而守軍卻巍然不動。風雨愈急，日近黃昏，槍炮聲與風雨聲相合，相當悽厲可怕，真不知何時才能攻佔！我軍再合力攻擊，而炮壘後面僅有險峻之棧道相通，前面亦僅可攀，難以發起衝鋒。在炮壘與市街之間，是水田與竹叢，且相距甚遠，我軍架設在炮壘下面的一門山炮亦不能奏效。」注11日軍佔領基隆市街後，四面包圍了獅球嶺。戰至下午六時，獅球嶺終被日軍攻陷。
獅球嶺既失，省城外圍險要盡失，臺北危在旦夕。但日軍一時尚不明臺北情況。又由於日軍佔領基隆後，有兩名清軍士兵將火藥庫點燃爆炸，炸死日軍軍官一人、士兵二十人，炸傷軍曹一人、士兵二十餘人及夫役等一百餘人，其中重傷十七人。注12同時，港內的水雷尚待掃除。所以，日軍未敢冒然立即西犯。六月四日，比志島義輝率混成支隊主力分乘豐橋丸和佐倉丸，由澎湖抵基隆，以增援近衛師團。日本政府所派臺灣民政局長水野遵也來到基隆，以便著手籌組殖民機構。
是日黎明，雨稍歇，臺北市街寂然，異常平靜。俞明震等見唐景崧，力勸其退守新竹，與林朝棟、劉永福二軍聯合，以圖再舉。唐景崧不應。俞明震知事已不可為，退後書密函呈唐曰：「天不佑中國，無可奈何，公心跡可告無罪。惟計不退守新竹，公宜自為計，不可貽笑天下。」注13實勸唐離臺勿落敵手也。是夜，前敵潰兵入城，臺北大亂。未幾，巡撫衙門院內火起，唐景崧由撫署後門出，匿於德國洋行。既而微行至滬尾，兩天後乘德船鴨打號內渡廈門。
六月六日，臺北艋甲紳士李秉鈞、吳聯元、陳舜臣等議迎日軍，往商大稻埕李春生，共擬請日軍進兵臺北的公呈，然無人敢前去遞送。有雜貨商人辜顯榮注14自告奮勇赴基隆，由水野遵接見。日方因不明臺北情況，對此將信將疑。隨後，臺北基隆間電話線修通，日軍突接臺北電信局洋員漢森來電：「臺北非常混亂……臺北之道路已向貴軍隊全部開放，未留一兵一卒。在本府之文武官亦皆已逃走。」又電稱：「深盼總督閣下迅急來此。」注15方知辜顯榮所報是實。恰在此時，美國《紐約先驅報》記者達菲德遜、英商湯姆遜及德商奧利亦來日營，自稱代表臺北外僑請日軍從速開赴臺北。
於是，日軍遂決定立即進兵。當日下午七時，日軍前鋒即由水返腳出發，向臺北急進。七日凌晨一時，日軍抵臺北城東北的練兵場。拂曉，迫近臺北北門，遂攀城牆而登，驅散少數守城的清兵，將臺北城佔領。九日，日軍佔領滬尾要塞。十一日，北白川能久以混成支隊守備基隆，自率近衛師團司令部進駐臺北。據時人記載：「日大隊至，至則佔民房，掠雞牛，搜軍器。民之移家者，擔簦躡屣，扶老攜幼，累重載舟，紛紛蔽海而浮。妓女、丐婦亦有去者。風雲慘澹，日暮則道路無人。有聞扣戶聲，則闔室皇皇，相驚以番兵來矣。其駭異之情如此！」注16十五日，樺山資紀亦率幕僚自淡水乘火車抵臺北。
自日軍進攻基隆之前，清廷即以「現在和約既定，而臺民不服，據為島國，自己無從過問」為由，命令東南沿海各省督撫「飭查各海口究竟有無私運軍械勇丁之事，設法禁止，免滋口實。」注17這給臺灣的反割臺武裝鬥爭帶來了十分不利的影響，並造成了極大的困難。
時駐守臺北後路的總兵餘清勝，竟主動地致書日軍頭目，稱：「體我皇上媾信修和睦之至意，何敢抗違，亦不敢有觀望。」並表示要「聽命行之」。注18遂率所部五營投敵。此時，臺北後路僅餘丘逢甲一支義軍，勢難支撐，遂退往臺中。後日軍以臺灣民主國為丘逢甲所首倡，「嫉之甚，嚴索之」。注19於是，丘逢甲輾轉離臺內渡。臨行前，他寫下了抒發滿腔悲憤的《離臺詩》六首，內有「宰相有權能割地，孤臣無力可回天」，「捲土重來未可知……海上誰來建義旗」注20諸句，仍然對臺灣之回歸祖國寄予了無限的期望。
日軍僅用兩周的時間便佔領了臺北府的大部分地區。樺山資紀抵臺北後，即發布告示。表示要堅決鎮壓抵抗者，內稱：「倘若有頑冥不悟，潛伏所在，為害閭閻者，一經查出，即加誅戮。若或有各地居民藏匿敗兵，不告訴官府者，家主與敗兵同罪，按律重辦。」注21樺山企圖甩殘酷鎮壓的手段來阻止臺灣人民的反抗，當然只是痴心妄想，是不可能達到目的的。
六月十七日，樺山資紀在臺北主持所謂「始政典禮」，宣布臺灣總督府正式成立。後來，日本政府便視此日為其在臺灣殖民統治的開始，訂為「始政紀念日」。
注1 《樺山資紀訓示》，見《日清戰爭實記》第30編，第41頁。
注2 俞明霞：《臺灣八日記》，見《中日戰爭》(6)，第373頁。
注3 《日清戰爭實記》第31編，第9、10頁。
注4 俞明震：《臺灣八日記》，見《中日戰爭》(6)，第374頁。
注5 《日清戰爭實記》第31編，第13頁。
注6 《臺灣抗戰日方資料》，《中日戰爭》(6)，第456頁。
注7 《日清戰爭實記》，第31編，第15頁。
注8 《日清戰爭實記》第31編，第19頁。
注9 吳德功：《讓臺記》見《割臺三記》，第33頁。
注10 俞明震：《臺灣八日記》，見《中日戰爭》(6)，第377頁。
注11 《日清戰爭實記》第31編，第18頁。
注12 《日清戰爭實記》第32編，第8頁。
注13 俞明震：《臺灣八日記》，見《中日戰爭》(6)，第378頁。
注14 辜顯榮，臺灣鹿港人，在艋甲開瑞昌成商號。後任日本殖民統治時期的臺灣保良總局局長。
注15 《臺灣前期武裝抗日運動有關檔案》，第33頁。
注16 洪棄父：《臺灣戰紀》，《中日戰爭》(6)，第335--336頁。
注17 《軍機處電寄張之洞等諭旨》，《清光緒朝中日交涉史料》(3287)，第45卷，第13頁。
注18 《日清戰爭實紀》第32編，第16頁。
注19 江山淵：《丘逢甲傳》，見《中日戰爭》(6)，第402頁。
注20 《嶺雲海日樓詩鈔》，《選外集》。
注21 《臺灣淪陷初期武裝抗日運動有關檔案》，第65頁。
（戚其章，山東威海人，1925年出生，現任山東省社科院甲午戰爭研究中心主任）