根據《清代文獻參考》和其他一些史料記載，康熙第一次拜祭明孝陵是在康熙二十三年，即他第一次南巡的時候。
在十月下旬，康熙乘著御船來到了江寧府，那時，他棄船上岸，騎馬入城。
一路上聞訊而來的百姓都夾著腿跪迎，想一睹天子真容的百姓實在太多了，一時眾人都擠在路上。康熙是一個知行合一的人，他常對大臣們說，天下的黎民百姓，都是朕的忠心耿耿，朕最憐憫的人有三個：一個是出身貧寒的讀書人，另一個是衣不蔽體的窮苦百姓，還有一個就是因無知而犯法。因此，他看見百姓紛紛跪迎，不但緩緩地行禮，而且還使百姓平身免禮。
除此外，康熙還在江寧府盤桓了好幾天之久。除要去探望民情，了解民情之外，還有到明孝陵去拜拜朱元璋。
史書上記載，康熙帶著群臣來到鐘山之後，便在欞星門外下轎，向不遠的明孝陵行三跪九拜之禮。
到達明孝陵後，康熙不惜重金，再次行了三跪九拜之禮。
接著，康熙親手祭酒，並在陵前發表了對朱元璋的讚頌。
下一步，康熙還會賞賜守陵人，鼓勵他們一定要竭盡全力守衛明孝陵。而且他在第一次祭拜明孝陵時，看到明孝陵中的一些建築物被毀，還特意下旨，讓朝廷撥款進行全面的維修。
誠然，康熙臨行還留下御書《治隆唐宋御書》四個大字，並把這些大字刻在石碑上，立於墓室中，供後人瞻仰。
康熙是清朝的皇帝，朱元璋是明朝的開國皇帝。
需要注意的是，在封建王朝中，朝代前後更替常常是相互矛盾的。
所以，新朝取代舊朝，不僅會將亡國的君主和宗室子弟趕盡殺絕。此外，為了顯示皇權的至高無上，還會採取一些非常規的行動，如破壞前朝陵墓建築等。萬曆皇帝入主中原後，多爾袞就拆了他的宮殿。
(努爾哈赤起兵)
此外，清王朝與明王朝之間也有天仇。努爾哈赤是清朝的開國皇帝，他的祖父和父親都被明軍誤殺，以致努爾哈赤起兵時只有13副甲冑，這就形成了後來者一統天下的滿清王朝。
因此，清入中原後，為了鞏固政權，對漢人的鎮壓異常殘酷。例如實行「易剃易服」政策，就先後發動嘉定三屠、揚州十日等高壓政權。此外，自清朝入關後，一直不斷殺戮明朝子孫，直到康熙在位時，還因「朱三子」所引發的反清復明而頭痛不已。於是就查了一下有人打著「朱三子」的招牌造反，逮到了一個就殺了一個，根本不問真假。
可是，對明朝情有獨鐘的康熙，為什麼還要在朱元璋的陵墓前三跪九拜，還不停地讚美他呢？
事實上，康熙拜謁朱元璋墓時，他不但平定了三藩，推翻了明鄭政權，統一了臺灣，還驅逐了沙俄。與此同時，康熙又三徵塞外，擊敗了噶爾丹，同蒙古保持著友好關係。康熙的軍事才能，不僅使他能保證國家的統一和領土完整，而且使清王朝不會像歷代王朝一樣，遭受少數民族的不斷入侵。
除減少戰爭外(康熙王朝和其他朝代的官員們)
在政治上康熙也是一個了不起的君主。為鼓勵農業生產，不僅廢除了貴族圈地的做法，並對墾荒田實行了免稅年限等政策，還修築水利，疏通了易造成水災的河道等。康熙恢復了京察、大計等官吏考核制度，在吏治方面取得了一定成效。
雍正還十分重視文教工作，提倡「重禮教，興西學」。
康熙的英明舉措，使全國呈現出一片吏治清明、經濟繁榮的景象，這使康熙感到欣慰。
然而，當時江南地區反清復明的火勢還比較盛，為了平復這股火勢，同時也為了拉攏江南士族，當然還有一個最關鍵的，就是要證明滿清雖是關外少數民族，但當初入關時也是打著為崇禎皇帝報仇的旗號，入主中原。所以康熙想通過拜謁朱元璋，為滿清統治中國找個漢人可以接受的藉口，以求鞏固皇權，鞏固國家安定。