中國向來就有靈魂不死、禍福報應的思想，中國傳統很難接受一切皆是虛無的觀點，更難認同人本身沒有靈魂，這是佛教本土化要適應的一點。
印度原來的婆羅門教也是承認一個創世的大梵和每個人都有的靈魂或輪迴的主體。佛教雖然也接受了輪迴報應思想，但它並不承認一個賞善罰惡的上帝或創世的大梵，也否認一個輪迴的主體。
這就出現了兩個難題，如果沒有上帝那又是什麼主導著報應呢，如果沒有輪迴主體，那又是什麼承擔著報應呢？
首先，主導報應的不是外在的神靈，而是人自身的業力，即「業報自招無代者」，一切行為皆為前面因之結果，是自作自受，有因必有果，有果必有因，因為業，果為報。
佛教特別強調因果業力之不可改變性，即「萬法皆空唯因果不空」，但現實中的因果報應又好像並不是簡單的對應，善惡禍福並非如影隨形、報應不爽，甚至有善人惡報、惡人善終之事，比如顏回短壽、盜蹠反而福壽等好像有違報應的事件。
於是慧遠便引用了現報、生報、後報三世報應說來加以說明。即今生之福報在於前世，而今生之作為引起的報應也不見得一定會在今生完全實現，有一部分會「儲蓄」到來生實現。
這就自然引出了下一個問題，貫穿於三世輪迴的主體是什麼？這裡顯然需要一個存在時間要遠大於有生形體的載體，這就引入了慧遠的形盡神不滅論。
慧遠之形盡神不滅論與其法性論是相應的。他著《法性論》日：「至極以不變為性，得性以體極為宗。」此處提出的「至極無變」是大大不同於般若學所強調的諸法皆空、無物常住之思想傾向的，此處關注的乃是不生不滅、不在有無、不出有無、不寂不變、不空不有的佛教的最高境界——涅槃，是永恆的超越者。
慧遠認為，此終極超越的法性是至極不變、獨立自存的，此法性「無所從生，靡所不生；於諸所生，而無不生」。與此法性相應的是人的精神，人的精神亦如法性一樣是永恆長存的，既是輪迴主體，又是成佛的根據所在。
慧遠借鑑《莊子·養生主》中的薪火之喻，對形神問題做了形象的說明，認為具體的木材固然可以燃燒殆盡，但火卻可以不斷傳遞下去，人的肉體在不斷產生消失，但同一靈魂卻可以在不同人世借用不同肉體代代相傳輪迴而不滅，無窮盡矣。