研究存在問題的是本體論，研究思維問題的是認識論。如果把世界歸結為水火氣或原子等本體，就與宗教把造物主設定為上帝類似，都是把理論教條建立在斷言上，即沒有實驗的證明，也缺乏現實的依據。
早期哲學研究大都把精力集中在世界起源和萬物本性上，試圖搞清楚構成萬物元素、宇宙發展動力、世界因何存在，以及究竟有沒有至善等等，也就是說，存在是哲學的基本問題，核心在於因何而存在，以及依何形式而存在。古代所謂水火和原子及虛空等元素本體論，都是基於猜測的獨斷論，用宗教話講，所謂哲學本體論，就是論證上帝存在的理論，神學可以借哲學來發揮，但不是必不可少，只是借用哲學來講義理和闡述教義。最終是培根和笛卡爾把哲學從神學的束縛中掙脫出來，把哲學從天堂轉向人間，使人的尊嚴與價值得到彰顯。
培根將哲學的對象從上帝存在轉向到了人類理智，而笛卡爾的我思故我在，則用懷疑來審視一切的存在與感官，認為思維最可靠，至此，哲學開始了認識論轉向，不再關心世界因何存在等宗教性問題，而是把重點集中在理性究竟能不能正確地認識世界，知識起源於何處，以及如何改進認識能力等等科學性問題。