人類的腸道細菌在人體的免疫系統中扮演關鍵角色，科學家已知諸如阿茲海默症、憂鬱症都與腸道細菌有關，隨著科學家對新冠病毒(COVID-19)的了解愈來愈多，他們發現，新冠病毒雖然是呼吸系統疾病，但腸道中細菌的種類和數量也可能影響Covid-19的嚴重程度以及免疫系統對感染的反應程度。
這項研究來自香港中文大學，研究團隊調查腸道微生物組是否與 COVID-19患者的疾病嚴重程度有關，以及清除病毒後，腸道的微生物組組成是否會恢復患病之前的狀態。
研究針對香港兩家醫院接受治療的100名患者樣本，以了解消化系統中所謂的微生物組如何影響患者的康復情況，腸道微生物組組成的情況是用霰彈槍定序法從糞便中提取的DNA，另外從血漿中獲得炎性細胞因子和組織損傷的血液標誌物濃度，了解患者症狀的嚴重程度。
研究發現，與非COVID-19患者相比，COVID-19患者的腸道微生物組組成發生顯著變化，無論患者是否接受藥物治療都一樣。報告指出，在患者中，幾種具有已知免疫調節潛能的腸道箘群，如法氏桿菌、直腸真雙歧桿菌和雙歧桿菌的數量不足，並且在疾病消失後長達30天的樣本中仍然很低。
此外，患有嚴重疾病的患者表現出較高的血漿炎症細胞因子和炎性標誌物水平。細胞因子是使細胞相互交談的分子，等於是控制免疫系統決定進攻或是收兵的信使。但是，細胞因子過多會導致所謂的細胞因子風暴，就是免疫細胞大軍失控，造成自體反撲的現象。
從這項COVID-19患者腸道菌群組成、細胞因子水平和炎性標誌物之間的相關性研究顯示，腸道微生物組可能透過調節宿主免疫反應而影響COVID-19患者症狀的嚴重程度。此外，腸道菌群失調可能會導致即使病毒被清除，患者仍會出現持續的症狀。
科學家發現，由於一小部分患者甚至在康復後30天仍顯示出腸道菌群失調或失衡，可能是導致患者康復後曾存在一些COVID-19症狀的潛在原因。報告指出，「有報導稱一部分Covid-19康復患者經歷了持續的症狀，例如疲勞、呼吸困難和關節疼痛，這些症狀在最初發作後的80天內出現，因此我們認為腸道功能失調，可能導致COVID-19之後還存在免疫相關的健康問題。」
而「加強在Covid-19 中消耗掉的有益腸道菌種，可以作為減輕嚴重疾病的新途徑，凸顯在Covid-19 期間和之後管理患者腸道菌群的重要性。」英國免疫學家根據這篇報告提醒人們，「盡我們所能照顧腸道健康。」她建議使用植物性纖維食品和發酵食品來多樣化飲食，避免使用可能損害微生物組的食物，例如抗生素、壓力和過度運動。該研究已刊登於《英國醫學期刊》。