MISA+Primer3設計SSR引物(三):批量化運行腳本

原計劃本次內容是按自己思路修改的msia腳本寫一個shell腳本，但是看我推文的大部分都是搜索過來的，看到這篇推文大部分還是打算學這個流程的。所以，本次流程的腳本還是在原misa腳本基礎上修改。以我改的腳本為基礎的shell腳本放在最後一部分，不做介紹。

另外，我不建議用我前面的教程去做科研任務，學習下腳本就該就可以了。

另外，我不建議用我前面的教程去做科研任務，學習下腳本就該就可以了。

另外，我不建議用我前面的教程去做科研任務，學習下腳本就該就可以了。

本次教程不直接提供腳本，但是你看看參考文章部分，可能會有有驚喜。

本教程shell腳本分為四部分：

用到的知識點；基礎msia流程；可接續的shell腳本；以我改的腳本為基礎的shell腳本；致謝；參考文章

知識點一：sh -c "字符串"：在腳本裡重新調用一個shell，來解析被當成字符串的命令。

知識點二：

if 語句中

-a 表示邏輯 "與"；-o 表示邏輯 "或"；! 表示邏輯 "非"; 三種邏輯順序級別由高到底：! > -a > -o

-f 表示文件存在；-d 表示文件夾存在；

知識點三：

子函數書寫形式之一：

function misa_check(){  command}
知識點四：
流程的可接續寫法：
參考了我之前的推文 「Trinotate 半自動快速安裝與資料庫配置 」（點擊文章名跳轉）提到的Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl 腳本。不過這裡是創建了一個文件夾作為標誌文件，如果標誌性文件夾存在，則不運行；如果標誌性文件夾不存在，則運行改程序。
運行結束後刪除標誌性文件。
if [ -d "$1" ]
  then
   echo "$1 exist!" && sleep 1s && break
  else
   sh -c "$2" && mkdir -p __tmp_${FASTA}/$1
   echo -e "DONE: $2 !"
 fi
primer3設置文件見參考文章部分
FASTA=Carya.fastaperl  misa.pl  ${FASTA}perl  p3_in.pl  ${FASTA}.misa./primer3-2.3.5/src/primer3_core -default_version=1 -p3_settings_file=my_default_settings.txt.txt -output=${FASTA}.p3out  ${FASTA}.p3inperl p3_out.pl  ${FASTA}.p3in  ${FASTA}.misa
腳本需要修改「全局設置」的3個地方：
變量FASTA：輸入數據（改為$1後，用順序傳參可以批量運行）
變量PRIMER3_CORE：可執行程序primer3_core 位置
primer3的配置文件 : my_default_settings.txt
腳本分為三個部分
變量設置部分；
對象檢查部分；
程序運行部分
#!usr/bin/env shset -euo pipefail

FASTA=${FASTA} PRIMER3_CORE=./primer3-2.3.5/src/primer3_core  if [ -f  "misa.pl"   -a -f  "p3_in.pl"  -a -f   "p3_out.pl" ]   then    echo -e "the misa scripts is ready!\n" && sleep 1selse    echo -e "the misa scripts not found!\n"    exit 1fi
if [ -f $FASTA ]then    echo -e "input file: $FASTA is ready!\n" && sleep 1s    sleep 1s else    echo "input file: $FASTA not found!"    exit 1fi
function misa_check(){   if [ -d "$1" ]   then      echo "$1 exist!" && sleep 1s && break   else      sh -c "$2" && mkdir -p __tmp_${FASTA}/$1      echo -e "DONE: $2 !"   fi}misa_check   misa.pl.ok "perl  misa.pl  ${FASTA} >  /dev/null 2>&1"misa_check  p3_in.pl.ok "perl  p3_in.pl  ${FASTA}.misa"misa_check  primer3.ok  "./primer3-2.3.5/src/primer3_core -default_version=1 -p3_settings_file=my_default_settings.txt -output=${FASTA}.p3out  ${FASTA}.p3in"misa_check p3_out.pl.ok  "perl  p3_out.pl  ${FASTA}.p3out ${FASTA}.misa"rm -rf __tmp_${FASTA}echo "DONE:SSRs searching and primers designing of ${FASTA}!"
#!usr/bin/env shset -euo pipefailMISA_PATH=./misaPRIMER3_CORE=primer3_corePRIMER3_SETTING=my_default_settings.txtFASTA=./fasta/test.faRESULT_PATH=./results/

filename=$(basename $FASTA)EVERY_RESULT=$RESULT_PATH/$filenamemkdir -p $RESULT_PATH/$filename
if [ -f  "$MISA_PATH/misa.pl"   -a -f  "$MISA_PATH/p3_in.pl"  -a -f   "$MISA_PATH/p3_out.pl" -a  ]   then    echo -e "the misa scripts is ready!\n" && sleep 1s    sleep 1selse    echo -e "the misa scripts not found!\n"    exit 1fi
if [ -f $FASTA -f "${PRIMER3_SETTING}"]then    echo -e "input file: $FASTA is ready!\n" && sleep 1s    sleep 1s else    echo "input file: $FASTA not found!"    exit 1fi
if [ -f $FASTA -f "${PRIMER3_SETTING}"]then    echo -e "input file: $FASTA is ready!\n" && sleep 1s    sleep 1s else    echo "input file: $FASTA not found!"    exit 1fi
if [ -d $EVERY_RESULT ]then    echo -e "output path: $EVERY_RESULT is ready!\n"  && sleep 1selse    echo "output path: $EVERY_RESULT not found!"    exit 1fi
function misa_check(){   if [ -d "$1" ]   then      echo "$1 exist!" && sleep 1s && break   else      sh -c "$2" && mkdir -p __tmp_${FASTA}/$1      echo -e "DONE: $2 !"   fi}
misa_check misa.pl.ok "perl ${MISA_PATH}/misa.pl ${MISA_PATH}/misa.ini $FASTA ${EVERY_RESULT} > /dev/null 2>&1 " misa_check p3_in.pl.ok "perl ${MISA_PATH}/p3_in.pl   ${EVERY_RESULT}/${filename}.misa  ${FASTA}  ${EVERY_RESULT} > primer3_parameters_${filename}.txt"misa_check primer3.ok "$PRIMER3_CORE -default_version=1 -p3_settings_file=${PRIMER3_SETTING} -output=${EVERY_RESULT}/${filename}.p3out ${EVERY_RESULT}/${filename}.p3in"misa_check p3_out.pl.ok  "perl ${MISA_PATH}/p3_out.pl ${EVERY_RESULT}/${filename}.p3out ${EVERY_RESULT}/${filename}.misa ${EVERY_RESULT}"rm -rf __temp_${filename}echo "SSRs searching and primers designing of $filename have been completed!"
感謝生信技能樹的司徒老師對知識點一和知識點三部分的答疑；感謝閔農的史同學讓我發現了新的問題。
primer3設計引物詳解 http://www.chenlianfu.com/?p=284 
使用Misa結合Primer3來批量設計SSR引物 http://www.chenlianfu.com/?p=255
SSR (misa + primer3 ) 設計SSR引物 https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/113878893
《Bioinformatics Data Skills》之編寫與運行魯棒的bash腳本 https://www.jianshu.com/p/6bf09e8da73f