天命十一年（1626），清太祖努爾哈赤病逝，他死後並未留下建儲的明文，遺命八王共理國政。太祖去世後不久，大貝勒代善長子嶽託、第三子薩哈廉建議父親說：「國不可一日無君，宜早定大計。四貝勒才德冠世，眾皆悅服，當速繼大位。」
嶽託、薩哈廉身為代善的兒子，卻要提出讓四貝勒皇太極繼汗位，這讓人很不解。而代善的態度也十分明確：「此吾素志也。天人允協，其誰不從？」那麼，代善以其強勁的實力，為何會將汗位拱手讓給皇太極呢？難道他真的大度到連萬人之上的汗位也不覬覦嗎？
努爾哈赤死後，八旗中以實力而言，代善握兩紅旗，且有嶽託、薩哈廉等軍功顯赫的子侄相助，如果爭奪汗位勝算很大；皇太極手握兩黃旗，實力次之；至於莽古爾泰和阿敏各掌正藍旗和鑲藍旗，不足以抗衡代善和皇太極；多爾袞三兄弟雖有兩白旗，但畢竟年幼，沒有繼位的可能。
事實上，代善主動讓位皇太極並非是心甘情願的，而是不得已而為之，或者說是形勢所逼。早在努爾哈赤在世時，代善與皇太極的矛盾就很尖銳。
太祖生前，雖未明言傳位於皇太極，但後期對他確有偏愛，這自必引起代善的猜忌。天命四年（1619）薩爾滸之戰，代善請示太祖後，揮師東向，皇太極卻不顧太祖的勸阻，搶戰於代善之前，可見皇太極咄咄逼人之勢。
而最突出的是天命六年（1621）九月，太祖向其親信阿敦詢問諸子中誰可繼位。阿敦起先不敢明白表示，只說：「知子莫若父，誰敢有言？」太祖要他直說，他便說：「智勇俱全，人皆稱道者可。」太祖知道這是指四貝勒皇太極。
太祖與阿敦的這次談話後來為代善所知，因為對皇太極「深銜之」。代善為何要「深銜之」？自然是自己很想繼承父位，這時唯一能與代善抗爭的只有皇太極。由此可見，在太祖生前，代善和皇太極兄弟之間的關係，已經十分惡化。
到了天命晚年，代善的實力受到削弱，而皇太極的實力得到提升，此消彼長形勢又有所不同了。何況代善在大福晉事件上聲譽下降，基本上已經喪失了繼位的可能。所以，只能擁立皇太極。
皇太極繼位後，逢朝會行禮，代善、莽古爾泰、阿敏一同隨皇太極南面坐受大臣朝見，後阿敏獲罪被囚，莽古爾泰也因「御前拔刀」獲罪，太宗令代善與眾共議。太宗為什麼要指定代善與眾共議？代善當然很明白，因為莽古爾泰今後不能南面並坐了，那麼，能並坐的只有代善一人。
因此，代善主動說：「我等奉上居大位，又與上並列而坐，甚非此心所安。自今以後，上南面居中坐，我與莽古爾泰坐於側，外國蒙古諸貝勒，坐於我等之下，方為允協。」自此後，後金國便徹底改變過去八貝勒共議國政的遺制。
這起事件的起因，原只對付莽古爾泰一人，結果卻一箭雙鵰，把代善也和平地拉了下來。代善自此處處小心，謹守君臣之份，但太宗卻步步為營，對代善尤為猜忌。
此後，代善又因與莽古濟（莽古爾泰的妹妹）有所往來，激怒了太宗。崇德二年（1637），太宗又指出代善在入侵朝鮮時越份妄為，舉出了他的種種過錯，其中說：「陽為恭敬，陰懷異心，非朕意也。」
事實上，自皇太極繼位後，代善始終對他是很恭敬的，而太宗卻以為是虛偽的，甚至是另有「異心」，至於其中的用意無法說明白，但有一點是明白的：代善起先曾是太宗的政敵，後雖擁立，但太宗意識中仍有潛在的敵意，故而必須挫損代善的威信，遏制他的勢力。
代善隨其父努爾哈赤徵戰多年，也是父子兵中的驍將，然而在運用權謀和手腕上，顯然又遠遠不及皇太極。這就是他在繼位過程中不敵皇太極的原因，也是他在皇太極繼位後處處受制的根源所在。