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國際檢察處在1945年底先後分批逮捕了一百餘名的日本主要戰犯(「甲級戰犯」)，對他們進行了普遍的偵訊，錄取了大量的口供，並且在偵訊過程中還以「罪嫌不足」為藉口擅自陸續釋放了好幾名犯人。
同時，對這近百名在押戰犯的罪行，檢察處從法庭檔案室裡堆積的大量日本政府檔案以及各盟國送來的許多文件中辛勤地做了一番挖掘、整理的工作。此外，對個別戰犯的罪行還有重點地派員到外地進行過一些實地調查和證據採訪。
因此，到了1946年開春，檢察處對於所有在押的甲級戰犯們的歷史、地位和罪行已經摸出了一個初步輪廓，對於他們之間錯綜複雜的政治關係也有了一個大體上的了解。他們此時所掌握的材料勉強夠初步草擬起訴書之用。
但是在草擬起訴書之前，有一個先決問題，那便是：在這許多在押的甲級戰犯之中，究竟有多少人、是哪些人應該首先作為被告起訴，提請法庭列為第一案去審理?
顯然，把全體在押戰犯都包括在一個案件中去起訴受審是不適宜的。那時正在開庭的紐倫堡國際法庭，其受審的被告德國首要戰犯也不過二十二人;而紐倫堡所審理的案情比東京法庭將審理的卻簡單得多，犯罪的年代也短一些。
因此，國際檢察處遂決定首批受審的人數應以紐倫堡受審的人數為標準，即使稍微有所增加，亦不應超過三十名。
另外一個先決問題便是：在控訴被告們的犯罪行為時，其犯罪年代應從什麼時候算起?到什麼時候為止?對於犯罪行為應算到1945年日本投降時為止，檢察人員是一致同意的。對於犯罪行為應從什麼時候算起，他們之間卻存在著很大的不同意見，發生過嚴重的爭執。
有些人說：遠東國際法庭審理的是第二次世界大戰中日本戰犯們的罪行，而日本對外侵略之所以變為世界大戰的一部分是由於日軍偷襲珍珠港。進而引起它對一系列國家的戰爭，所以1941年12月7日日軍偷襲珍珠港事件應該作為犯罪日期的起點。
有的人說：日軍之所以偷襲珍珠港以及隨之而來的對一系列太平洋國家作戰，都是為了要解決它對中國的戰爭，前者不過是後者的繼續和延長，因此，1937年7月7日日軍在盧溝橋發動的全面侵華戰爭應該被認為是犯罪日期的起點。
又有人說：1937年盧溝橋事件不過是1931年9月18日日軍侵佔瀋陽和開始吞併滿洲(中國東北四省)的繼續和延長，事實上中日戰爭自那時起便已開始，因此「九·一八事件」應該被認為是犯罪日期的起點。
更有人說：1931年「九·一八事件」之所以發生，其導因是1928年4月日軍在皇姑屯炸死張作霖事件，從那時起日本侵佔全中國的企圖便已暴露無遺，而中日實際敵對狀態那時便已發生，是故正本清源，被告戰犯們的犯罪日期應從1928年算起。
最後的這個主張無疑地是比較正確的，合乎邏輯的。從中國人的觀點來說，也還算差強人意的。當然，這個日期還可以推得更久遠一點，但是推得太久遠了，提證是有困難的。
國際檢察處經過鄭重考慮和辯論之後，便決定採取最後的這一主張，因而對日本戰犯們提起控訴的犯罪行為是從1928年(皇姑屯炸案)起至1945年(日本投降)止，總共約十七年的光景。
在起訴對象的人數(約二十至三十人)和犯罪的時期(約十七年)兩個問題決定之後，檢察處面臨的另一個更困難的問題便是：哪一些在押的甲級戰犯應該首先被起訴?換言之，哪二三十名甲級戰犯應該被挑選出來作為第一案的被告，使其首先在遠東國際法庭受審?
巨魁如東條英機之流，大家是毫無異議的。但是對於比較次要的人物，各人卻有不同的意見。
例如，蘇聯陪席檢察官自始便堅決主張鯰川義介(貴族院議員，滿洲重工業日產社社長)和中島知久平(中島飛機之創始人，歷任商相、鐵相、軍需相)應該列名為第一批受審的被告。
但是季楠檢察長未予同意，因為鯰川和中島都是日本的大企業家、大資本家，而袒護財閥和資本家，自始便是美國政府的既定政策。關於這一點，我們在評述鄉古潔(三菱重工業社社長)被突然釋放時便已經提到過。
經過長時間的討論和爭辯，季楠最後決定挑選下列二十八人作為第一批起訴的被告(其順序是按照其姓氏的英文字母的先後順序排列的)：
1.荒木貞夫(ARAKI，Sadao)
2.土肥原賢二(DOHIHARA，Kenji)
3.橋本欣五郎(HASHIMOTO，Kingoro)
4俊六(HATA，Shunroku)
5.平沼騏一郎(HIRANUMA，Kiichiro)
6.廣田弘毅(HIROTAKoki)
7.星野直樹(HOSHINO，Naoki)
8.板垣徵四郎(ITAGAKI，Seishiro)
9.賀屋興宣(KAYA，Okinori)
10.木戶幸一(KIDO，Koichi)
11.木村兵太郎(KIMURA，Heitaro)
12.小磯國昭(KOISO，Kuniaki)
13.松井石根(MATSUI，Iwane)
14.松岡洋右(MATSVOKA，Yosuke)
15.南次郎(MANAMI，Jiro)
16.武藤章(MVTO，Akira)
17.永野修身(NAGANO，Osami)
18.岡敬純(OKA，Takasumi)
19.大川周明(OKAWA，Shumei)
20.大島浩(OSHIMA，Hiroshi)
21.佐藤賢了(SATO，Kenryo)
22.重光葵(SHIGEMITSV，Mamorw)
23.島田繁太郎(SHMADA，Shigetaro)
24.白鳥敏夫(SHIRATORI，Toshio)
25.鈴木貞一(SUZUKI，Teüchi)
26.東鄉茂德(TOGO，Shigenori)
27.東條英機(TOJO，Hideki)
28.梅津美治郎(UMEZU，Yoshijiro)
這二十八名戰犯絕大多數都是在1945年底先後被捕的，早已被羈押在巢鴨監獄。但是其中有四個人情況並不是那樣。他們是：重光葵、梅津美治郎、板垣徵四郎、木村兵太郎。
重光葵和梅津美治郎是日本的投降代表。
1945年9月2日盟國代表在東京灣密蘇裡號軍艦上舉行受降儀式的時候，他們二人分別代表日本天皇、日本政府和日本大本營在日本投降書上簽了字。因此，盟軍總部對他們多少有些「好感」，或者至少認為對他們應該有點「照顧」。
所以，在四次逮捕令中，他們始終沒有被列名為逮捕的對象。但是以其地位之高和罪惡之大，他們不但有資格被列為「甲級戰犯」，而且應該列名為首批受審的主要戰犯。
事實上，檢察處在決定首批受審人選的時候已經這樣做了，他們是正式列名在起訴書裡被控的兩個人。然而對他們的逮捕卻與向法庭提出起訴書同時。因此，他們入獄的時間便算是在正式起訴之後。
正如我們在前面所指出的，在起訴書正式提出之後，檢察官和被告便處於對立地位，彼此是不能有所往來或接觸的。由於這個原因，檢察處對他們二人便沒有時間進行任何偵訊和錄取口供的工作。在檢察處對重光和梅津的控訴材料中，偵訊報告或本人口供是不存在的。
板垣徵四郎和木村兵太郎也有類似的情況。他們二人之所以未被列名於1945年那四次逮捕令中，倒不是由於對他們有什麼特殊照顧，而是因為他們那時都不在日本國內。
當日本投降的時候，板垣大將和木村大將都在海外作戰，擔任著重要的軍職(板垣是日本第七戰區總司令，駐紮在新加坡;木村是緬甸派遣軍總司令，駐紮在仰光)。在日本投降之後，他們都遭到當地政府的拘捕。
由於他們的劣跡昭彰，早已被國際檢察處選為第一批起訴的對象。但是等到開庭的前夕，他們才被押解來到東京，投入巢鴨監獄。因此，檢察處也來不及對他們進行偵訊或錄取口供的工作。
除了上述四人之外，其餘二十四人都長期被羈押在巢鴨監獄裡，並且都經過檢察處很認真的偵訊，都有很詳盡的口供書存案。在法庭審訊的過程中，這些口供都充分地被檢察處作為證據利用了。
對於第一批起訴的這二十八名被告主要戰犯的名單，人們大體上是感覺滿意的，遺憾的只是檢察處出於微妙的原因沒有把任何重要的財閥、大資本家如鯰川義介、久原房之助、中島知久平之流列名其間。
但是，除了這個缺點之外，名單還算是差強人意的;所有的被告都是長期騎在日本人民頭上的野心勃勃、罪惡昭著的法西斯侵略分子。在日本多年來的政治、軍事、外交宣傳各方面的罪惡活動中，他們的重要性是特別突出的。
把這二十八名被告戰犯的地位或罪行分析一下，我們便可發現其中有：
東條英機
1、曾任國務總理大臣的東條英機(太平洋戰爭的發動者)、廣田弘毅(老牌外交家)、平沼騏一郎和小磯國昭(老牌法西斯軍人)。這四個首相都是日本政界中赫赫威名、不可一世的人物，在整個起訴期間(1928—1945年)，他們都是日本對外侵略活動中的首要分子。
2、積極鼓吹侵略的老牌軍國主義典型人物荒木貞夫、南次郎。
3、對華長期侵略中活動最力、罪惡最大的土肥原賢二、板垣徵四郎、梅津美治郎，以及對中國人民施以殘酷暴行的主犯松井石根、俊六。
4、戰時日本經濟動員和對華經濟榨取的主要策劃者和執行者、理財家賀屋興宣、星野直樹。
5、東條內閣發動太平洋戰爭的主要策劃者及參加者永野修身、島田繁太郎、木戶幸一、鈴木貞一、佐藤賢了、岡敬純。
6、太平洋戰爭期間在菲律賓、緬甸各地實施殘酷暴行的主犯木村兵太郎、武藤章。
7、積極推動侵略陰謀的老牌外交家重光葵、東鄉茂德、松岡洋右，以及積極勾結德意軸心國家組織反共軍事同盟的大島浩、白鳥敏夫。
8、瘋狂鼓吹法西斯主義和對外侵略政策的理論宣傳家和煽動家大川周明、橋本欣五郎。
把二十八名被告分為以上八類並不是絕對準確的，因為在這些人的長期活動中，他們的所作所為是很複雜的，多種多樣的，並不限於一格。
上述劃分只是就他們長期的複雜的活動中最突出的重點而作出的。同時，從這八類的分法之中，我們也可以看出：檢察處之所以把他們列為第一批起訴的對象絕不是偶然的，而是因為他們在全部日本對外侵略戰爭中不但是主要的人物，而且是有代表性的人物。
蘇聯派到遠東國際法庭的陪席檢察官高隆斯基在1947年3月27日關於「日本首要戰犯的審判」的一次講演中把東京被告戰犯們分為五類，即(一)國務總理大臣;(二)軍事要人;(三)外交要人;(四)財政經濟要人;(五)日本帝國主義思想家。
他把宮廷重臣木戶幸一侯爵列於五類之外而獨自成為一類。這雖不失為一種可行的分類法，但是它的毛病卻是在各類戰犯的數字上太不平衡。被告中可以列入「軍事要人」一類的要佔半數以上，而其他各類卻只能有二三人或三四人。此外，把許多「軍事要人」籠統地劃為一類也不易表現他們各自的特徵和罪責重點之所在。因此，我們不採取高隆斯基的分類法。
當然，這二十八名戰犯的代表性並不是完全的，可能還有不少在這八個方面或其他方面有代表性的戰犯不曾被包羅進去。
不過照原來國際檢察處的設想，這只是起訴的第一案，其他重要戰犯將來在第二案，甚至第三、第四案中還是要起訴的。這是當時國際檢察處以冠冕堂皇的聲明所鄭重保證的。
但是，後來事情的發展卻證明完全不是這樣。由於美國包庇日本反動勢力的傾向越來越露骨，在遠東國際法庭審訊第一案的過程中，國際檢察處便把絕大部分在押的日本甲級戰犯都個別地或分批地擅自釋放了。
在遠東國際法庭對第一案宣判不久，國際檢察處把巢鴨監獄所剩餘的惟一的一批甲級戰犯索性也全部釋放了。至此，起訴的對象便完全消失了，遠東國際法庭已經無事可做、無案可審了，結果只有無形解散。
這種虎頭蛇尾的做法曾引起過日本群眾的非議和不滿。他們問道：同樣是甲級戰犯，罪惡相差不遠，何以有些人便判處絞刑或終身禁錮，有些人卻完全逍遙法外，不但沒有受到法律制裁，而且連受審都不曾經過?
對日本群眾的這個問題，要找到一個合乎邏輯的答覆是很難的。因此，我們惟有承認：東京審判，正如紐倫堡審判一樣，只能被認為是對戰犯們的一種「象徵性」的懲罰。
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