基督教有一種說法：正因為它悖理，所以才信仰。這句話含義深刻，意義重大，即揭示了基督教的某些真理，也揭示出人類文明史的某些真理。
比如上帝創世的故事是合理的嗎？《聖經》說：上帝從「無」中創造了這個世界，而且是通過語言創造的。
如果從科學意義上說，這種說法不合理，因為它不符合科學標準。理由是：世界上的任何東西尤其是物質，不可能完全從無中產生。如太陽、月亮、星辰、人類、原子、分子等等，不可能完全從無中產生。
佛教也認為，世界不是從無中產生的，因為世界萬象有四種基本構成元素——風火水土。
當然佛教也認為，萬物無我，四大皆空，這不是從萬物創造意義上說的，而是指事物的存在性質——空無。
再如基督教認為，人人平等，男女平等。這句話合理嗎？以現在的標準看，這句話當然合理，因為它是真理，符合人的普遍本質：人人天生平等，男女天生平等。
但如果這句話用在希臘羅馬社會或中國古代封建社會，就是不合理的！因為無論是西方的羅馬還是中國封建社會，人和人之間是不平等的，男和女同樣不平等。
比如希臘羅馬時代是奴隸社會，所有的奴隸無論男女，既沒有人格，也沒有人權，奴隸僅僅是奴隸主階級的工具而已。
中國封建社會同樣是個不平等的社會，如果把「人人平等」的思想用在中國古代社會，那就是嚴重的非理性，是不合理的，或者叫離經叛道！
孔子和孟子都認為，人和人之間是不平等的，因為人和人之間出身不同，身份不同，社會地位也不同。這是儒家禮樂文化的根本——以身份為取向，把人和人完全區分開來，容不得半點馬虎。
用古代的話說，這叫君君君臣臣父父子子，另外再加上男女有別或男尊女卑。這是中國封建文化的歷史局限和糟粕。
基督教說「正因為它不合理所以才信仰」，其中一個意思是說：基督教提出許多新思想、新觀念，如仁愛、反暴力、男女平等，這些新觀念以前不存在，是基督教第一次提出來，所以不符合當時的歷史情境和文化。
現在看來，基督教的這些說法都包含某些真理性原則：既符合人類的普遍本性，也符合人類文化進步的方向。
如基督教的博愛思想和同情心即推動了歐洲文化的進步，像反對奴隸制，反對隨意殺人，這不是西方歷史的進步嗎？但在當時羅馬人看來是不合理的，既違反法律，又違反道德，甚至謬誤謊言。
西方進入近代社會後，隨著文藝復興和啟蒙運動的興起，「人人平等」的思想才得到普遍認可。他們認為這是自然法，是人的基本權利——人權，也是普世性價值觀。
從這個意義說，人類文明的許多真理，如自由、平等、獨立、博愛、同情心，在一開始是不合理的，是非理性，是「大問題」——謬誤或謊言，應一根子打死。
但隨著人類文化的進步，隨著人類良知的發現和啟蒙，這些思想才逐漸成為理性和真理，成為人類社會追求的目標。
除此以外，基督教的「正因為悖理所以才信仰」，還有另一種含義：上帝及其作為的不可知性。
根據基督教思想，上帝是全能、全善的存在，是絕對自由的存在，《聖經》教義是啟示性真理，不是理性對象，比如基督教的救贖論。
有人會說：如果上帝是全能和全善的，為何世上還有好人無報而壞人享福的事呢，這豈不是矛盾嗎？
有人據此懷疑上帝的公義或理性，他們認為，上帝能夠明辨人間的是非嗎？
這個問題很複雜，它不僅是個邏輯推理問題，也不僅是個經驗問題，而是涉及到基督教的核心啟示，關乎基督教的神義論。
所謂基督教神義論是指上帝和人的關係——上帝救贖世人的方向和標準。或者說，基督教神義論可概括為：上帝是根據什麼標準救贖有罪的世人？
這裡有兩個問題很糾結：如果上帝完全按照世人的道德參與救贖，即揚善懲惡，那為何還有好人受難而壞人得福的事呢，上帝還是公正的嗎？
再者，如果上帝不是按照世人道德參與救贖，這個救贖標準又是什麼呢？是上帝的自由意志，還是宇宙的道德律令？這種思考將導致不可知論。如果這樣的話，世人的道德努力究竟還有多大意義？
這一兩難問題其實從一開始就存在爭議，從基督教的原初經過保羅傳道，直到今天。
如耶穌認為，只要信從上帝和主耶穌，罪人都可得救，這叫因信稱義。
保羅認為，上帝全善和全能，上帝恩典不可預知，世人唯有時刻做好準備，等待基督再次降臨。
奧古斯丁和馬丁路德等人則主張神恩獨作論，他們認為，世人沒有能力單獨拯救自己，唯有依靠全能的上帝恩典。
英美的清教則主張實踐性的職業倫理，他們認為，個人可以通過辛勤勞作和節制欲望逐漸積累功德，以便等待最後「選登」彼岸。
綜觀基督教思想史，主流基督教觀點認為，上帝是全能、無限的存在，上帝救贖既包含預定論——末日審判，又包含不可知性——人們無法預知那一時刻何時到來，世人唯一能做的事是努力和等待。這是《聖經》所包含的複雜的啟示性原理。