在事業單位工作，不管崗位是否相同，工作內容是否相同，有沒有編制，其間的差別還是十分大的。編內編外的工作內容基本相同，除一些保密性崗位之外，其他崗位編內編外都可以幹，雖然大多數編外人員從事的都是一些輔助性工作，或者後勤服務工作，但仍然有一些編外人員，幹的工作的編內人員一模一樣。儘管如此，編內人員可以享受的待遇和發展前程，卻和編外人員基本沒有什麼關係。
1、工資待遇差別：編內編外，差別最大的並非是工作崗位和工作內容，而是工資待遇。首先，工資經費來源不同。編制內事業人員的工資、經費等，是由省財政統籌供給，部分由地方財政供給，而編外人員的工資、經費，則全部是由地方財政自行供給。
其次，工資標準不同。事業人員的工資標準，是由國家統一制訂，無論是職級工資，還是職稱工資、工勤人員工資，都有一套固定的核算系統，並根據地區間的差異，進行不同程度的調整。各地事業人員的工資總額不同，經濟發達地區工資總額是中西部欠發達地區的一兩倍以上，但實際上相同崗位的基本工資是一樣的，有差別的只是福利、補貼而已。對於編外人員來講，沒有相應的工資核算系統，只有地方財政部門根據當地社會平均工資，與編外人員籤訂的合同工資標準，並根據地方經濟增長水平和消費水平，定期不不定期進行調整。
第三，獎金、福利、補貼不同。編內人員有各種獎金，考核獎勵、業績獎勵、年終獎、項目獎等，還有住房補貼、租房補貼、話費補貼、餐補、取暖費、降溫費、出差補、休假補、加班補貼等，各地根據財政收入情況不同，發放的範圍和標準、項目不同。經濟發達地區補貼、獎金比工資還高，經濟困難地區福利補貼非常有限，國家規定發放的沒錢照樣不發。對於編外人員來講，雖然《勞動合同法》規定同工同酬，合同工臨時工享有和正式職工一樣的福利補貼待遇，但實際上除了工會發的勞保，以及逢年過節的小福利而外，編外人員是沒有資格享有在職人員享受的大部分的福利補貼的。
第四，社保費用不同。在編人員執行的是機關事業人員養老保險制度，社保部門強制性從工資中扣繳，「五險一金」一樣不缺，個人繳的、國家補的一分不差，繳的多，享受的就多。編外人員執行的是企業養老保險制度，也就是近幾年社保管理規範，機關事業使用的編外人員，社保費用繳納才漸漸正常化，以前都是不繳，或者減項繳。不僅標準低，而且還常常被扣，保障性差。
2、發展前途不同。事業單位在編人員，分為管理崗位、專業技術崗位、工勤崗位，分別有不同的發展前途。管理崗位按照十級管理職級逐級晉升，享受崗位級別對應的待遇。專業技術人員按照職稱級別晉升，初級職稱有初級職稱的待遇，中級職稱有中級職稱的待遇，到了高級職稱，其享受的工資待遇，和管理五、六級人員，或者是公務員處級幹部相差不大。而待遇最差的工勤人員，也有專門的初級工、中級工、高級工、技師、高級技師晉升道路，對應的工資待遇相差極大。
編外人員則沒有這樣的待遇，無論是在哪個崗位工作，和職級、職稱待遇晉升沒有任何關係。能一輩子呆在機關事業單位工作，都算是一種福利。如果遇到機構改革，精簡人員第一個對象就是編外人員。即使幹了二三十年，也是臨時工一個，拿著微薄的工資，沒有轉正的機會，也談不到發展的前途。
3、其他：事業人員按照《事業單位人員管理條例》規定，進行規範管理，約束的主要規範，是行政法規和管理制度。而編外人員遵照的是《勞動合同法》，一切以法律說了算，同樣也要遵守單位的各項規章制度。享受待遇的時候，規章制度把編外人員排隊在外，承擔責任義務的時候，編外人員則是一視同仁。