我國的婚姻是登記主義模式，離婚需經法定的形式，離婚必須以法定形式進行，離婚必須協議離婚或通過訴訟離婚才能解除，因此，分居並不能自然解除婚姻關係。
在司法實踐中，分居協議的性質一般可分為兩種觀點：
1.根據《婚姻法司法解釋三》第十四條的規定「當事人達成的以登記離婚或者到人民法院協議離婚為條件的財產分割協議，如果雙方協議離婚未成，一方在離婚訴訟中反悔的，人民法院應當認定該財產分割協議沒有生效，並根據實際情況依法對夫妻共同財產進行分割。」的規定，分居協議會被認為是以離婚為目的達成的財產分割協議。這種約定如果雙方沒有離婚，那麼分割財產的條款就沒有法律效力，法院將依法分割財產。
「分居協議會」被認為是一種婚內財產分割協議，是雙方通過訂立契約就採取何種夫妻財產制度而達成的協議。根據《婚姻法》第十九條第一款對夫妻約定財產製作出的明確規定：「夫妻可以約定婚姻關係存續期間所得的財產以及婚前財產歸各自所有、共同所有或部分各自所有、部分共同所有。約定應採用書面形式。沒有約定或者約定不明確的，適用本法第十七條、第十八條的規定。」這種協議是協議雙方基於夫妻關系所作的內部約定，是二人在平等自願的基礎上，就家庭財產相互分配達成的協議，不涉及婚姻家庭以外的第三人利益，具有民事合同性質，對雙方都有約束力。只要雙方感情破裂離婚，該協議的效力將由法院確認。
所以，夫妻雙方在籤訂涉及財產及夫妻關係的婚前財產協議、婚內財產協議、分居協議、離婚協議等協議時，一定要注意協議中的內容約定和文字說明，避免產生歧義，最好諮詢相關專業人士。
分居協議所含的內容：
1.規定雙方各自的權利和義務。特別需要指出的是，在分居期間，夫妻雙方不再必須與丈夫或妻子一起生活。
2.協議應註明孩子由誰撫養，撫養費如何負擔，以及探望權的行使方式。
3.分居期間的財產可以約定歸各自所有，沒有約定或者不能達成一致意見的，仍視為夫妻共同財產。當事人如同意，可在協議中規定分居期間雙方不再相互擁有代理家庭事務的權利(但不能對抗善意第三方)，如一方違約，另一方可要求賠償。各方如同意，可約定分居期間因一方而產生的債務應視為個人債務(也不能對抗善意第三人)，如一方違約，則應賠償對方損失。
4.分居的期限，應以三個月至兩年為限，期滿後，如果一方仍認為感情不能複合，提出離婚請求的，可以協議離婚，也可以憑協議向法院起訴。