朱元璋為什麼立朱允炆為皇太孫，有其立嫡立長的想法，不過最主要還是其個人喜惡。
很多人覺得朱元璋立朱允炆是為了「父死子繼，立嫡立長，有嫡立嫡，無嫡立長」的規則，所以選了朱允炆為皇太孫，不選朱棣這個四子來當儲君，不過朱元璋選朱允炆來當儲君，按立嫡立長來說，有點勉強，也可以說是不合禮法。
朱允炆是皇太子朱標的次子，要說嫡長子，朱標的長子朱雄英是最純正的，是常氏所生，不過很可惜，朱雄英早夭，朱允炆就成了朱標的長子，朱允炆是呂氏所生，呂氏在常氏亡故後才扶正，這樣朱允炆也算是嫡長子的身份了，然而朱允炆生於1377年，而常氏死於1378年，就是說朱允炆出生的時候，他的生母呂氏還只是妾室的身份，這時候生的兒子只能算是庶子，也就是說朱允炆是庶子的身份。
而朱允炆三個弟弟則都是嫡子身份，三弟朱允熥是常氏所生，四弟朱允熞和五弟都是呂氏所生，四弟生於1385年，也就是呂氏被扶正之後生了兩個兒子，這兩個兒子就具有嫡子的身份，從這裡來看，朱允炆以嫡長子的身份成為皇太孫有點勉強，如果按宗法制度來說，商朝的微子啟和紂王這兩人跟朱允炆和朱允熞的身份相似，微子啟是長兄，不過他的母親生他的時候還是妾的身份，生紂王的時候則是正妻身份，因此紂王才能成為商王的繼承人，而以嫡子來算，比朱允炆小一歲的朱允熥正宗多了，如果真以立嫡來說，朱允熥應該是排第一位。
不過朱標死後為什麼不選朱允熥，而是選擇朱允炆，按史書記載就是朱允炆自幼熟讀儒家經書，其性情與其父朱標同樣溫文爾雅，以寬仁著稱，朱元璋對於朱標的感情極深，歷史上皇太子位子坐得穩的應該沒什麼人能跟朱標相比了，朱元璋對朱標的感情，應該來說跟馬皇后有很大關係，朱元璋與馬皇后是共患難過來的，在朱元璋被郭子興猜忌關黑屋時，馬大腳怕丈夫餓肚子，偷偷烙了幾個燒餅給朱元璋送去，怕冷了不好吃，將剛弄好的燒餅藏在懷裡，胸口肉都被燙傷了，朱元璋看見後心疼的不得了。
朱元璋創業時很艱難，馬大腳跟在朱元璋身邊沒有一句怨言，還親手為將士們縫衣做鞋，讓將士們心懷感激，更加努力為朱元璋打江山，朱元璋登上帝位後，馬皇后依然保持簡樸作風，成為後宮典範，其為人寬容仁厚，多次勸導朱元璋不要濫殺，而且她極懂得勸導方法，因此深得朱元璋的尊敬，在馬皇后過世後，傷心的朱元璋從此不再立皇后，朱元璋和馬皇后以及朱標之間的感情，更象是老婆孩子熱炕頭的農家親情，是最濃鬱的親情，沒有帝王家那種你防著我我防著你的血腥味。
可以說朱元璋因為對朱標的喜愛，在朱標死後立誰為繼承人這件事上，是偏向朱標後人的，為什麼不立朱允熥為繼承人，跟藍玉這個外戚有關係，如果立朱允熥為繼承人，到時候常、藍兩家強大的外戚必然會幹政，主少國疑這種事朱元璋是不可能忍的，所以朱元璋視朱允炆為嫡長孫，將他立為皇太孫，有其個人喜惡的原因，也有政治因素，而且朱允炆算嫡長孫雖然勉強，卻也能說的過去。
至於說朱元璋為什麼不立朱棣為皇儲，也要從兩個方面來說，其一是朱標死的時候，二子秦王朱樉和三子晉王朱棡還活著，如果想立朱棣就要從立賢來說事，立賢這種事很容易引起混亂，因為賢是沒有標準的，以後如果有心懷不軌的人說哪個皇室中的人是賢能，隨便推出來爭，那必然會引起內亂，自然不利於大明江山永固，其二是朱棣就藩外地多年，讓一個藩王入繼大統，也會開一個壞頭，極易造成天下動蕩，對於朱元璋來講，並不想後世出現亂局，讓朱明皇室出現你爭我奪的局面。
所以朱元璋還弄了個《皇明祖訓》，告誡後世子孫要遵守規章制度，其中寫到:「凡朝廷無皇子，必兄終弟及，須立嫡母所生者，庶母所生，雖長不得立，若奸臣棄嫡立庶，庶者必當守分勿動，遣信報嫡之當立者，務以嫡臨君位。朝廷即斬奸臣，其三年朝覲，並如前式。」