1.進口貨物的增值稅會計處理
企業進口貨物，按照海關提供的完稅憑證上註明的增值稅額，借記「應交稅費——應交增值稅（進項稅額）」科目，按照進口貨物應計入採購成本的金額，借記「材料採購」、「商品採購」、「原材料」等科目，按照應付或實際支付的金額，貸記「應付帳款」、「銀行存款」等科目。其具體會計處理方法與國內購進貨物的處理方法相同，只是扣稅依據不同。
2.繳納增值稅的會計處理
企業上繳增值稅時，借記「應交稅費——應交增值稅（已交稅金）」科目，貸記「銀行存款」科目。收到退回多繳的增值稅，作相反的會計分錄。
3.轉出多交增值稅和未交增值稅的會計處理
為了分別反映增值稅一般納稅企業欠交增值稅款和待抵扣增值稅的情況，避免出現企業在以前月份有欠交增值稅，以後月份有未抵扣增值稅時，用以前月份欠交增值稅抵扣以後月份未抵扣的增值稅的現象，確保企業及時足額上交增值稅，企業應在「應交稅費」科目下設置「未交增值稅」明細科目，核算企業月份終了從「應交稅費——應交增值稅」科目中轉入的當月未交或多交的增值稅；同時，在「應交稅費——應交增值稅」科目下設置「轉出未交增值稅」和「轉出多交增值稅」專欄。
月份終了，企業計算出當月應交未交的增值稅，借記「應交稅費一應交增值稅（轉出未交增值稅）」科目，貸記「應交稅費——未交增值稅」科目；當月多交的增值稅，借記「應交稅費——未交增值稅」科目，貸記「應交稅費——應交增值稅（轉出多交增值稅）」科目，經過結轉後，月份終了，「應交稅費——應交增值稅」科目的餘額，反映企業尚未抵扣的增值稅。「應交稅費——未交增值稅」科目的期末借方餘額，反映多交的增值稅，貸方餘額，反映未交的增值稅。
值得注意的是，企業當月交納當月的增值稅，仍然通過「應交稅費——應交增值稅（已交稅金）」科目核算；當月交納以前各期未交的增值稅，則通過「應交稅費——未交增值稅」科目核算，不通過「應交稅費——應交增值稅（已交稅金）」科目核算。
4.減免及返還增值稅的會計處理
實行增值稅後，國家仍在一定範圍內保留了減稅、免稅，並採取直接減免、即徵即退、先徵後退、先徵稅後返還等形式。
對企業減免及返還的增值稅，除按照國家規定有指定用途的項目以外，都應併入企業利潤，照章徵收企業所得稅。
對直接減免和即徵即退的，應併入企業當年利潤徵收企業所得稅；對先徵稅後返還和先徵後退的，應併入企業實際收到退稅或返還稅款年度的利潤徵收企業所得稅。
在會計處理時，對於直接減免的增值稅，借記「應交稅費——應交增值稅（減免稅款）」科目，貸記「營業外收入」科目。對於企業實際收到即徵即退、先徵後退、先徵稅後返還的增值稅，借記「銀行存款」科目，貸記「營業外收入」科目。
5.小規模納稅人增值稅會計處理
（一）購入貨物或接受應稅勞務的會計處理
由於小規模納稅企業實行簡易辦法計算交納增值稅，其購入貨物或接受應稅勞務所支付的增值稅額應直接計入有關貨物及勞務的成本。在編制會計分錄時，應按支付的全部價款和增值稅，借記「材料採購」、「原材料」、「製造費用」、「管理費用」、「經營費用」、「其他業務成本」等科目，貸記「銀行存款」、「應付帳款」、「應付票據」等科目。
（二）銷售貨物或提供應稅勞務的會計處理
小規模納稅企業銷售貨物或提供應稅勞務，應按實現的銷售收入（不含稅）與按規定收取的增值稅額合計，借記「銀行存款」、「應收帳款」、「應收票據」等科目，按實現的不含稅銷售收入，貸記「主營業務收入」、「商品銷售收入」、「其他業務收入」等科目，按規定收取的增值稅額，貸記「應交稅費——應交增值稅」科目。發生的銷貨退回，作相反的會計分錄。
（三）繳納增值稅款的會計處理
小規模納稅人按規定的納稅期限上繳稅款時，借記「應交稅費——應交增值稅」科目，貸記「銀行存款」等科目。收到退回多繳的增值稅時，作相反的會計分錄。
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