我國自西漢以來，隨著儒家思想獨尊地位的確立和鞏固，董仲舒的「天人感應」論在地主階級的意識形態中佔據了絕對的支配地位，尤其被歷代封建皇帝奉為神聖的信條。唐太宗儘管推行儒家的仁政、仁義觀念，但卻一反過去的傳統，對「天人感應」的思想提出異議，這是值得給以足夠重視的歷史現象，也是唐太宗自我認識中最為深刻、最為清醒的方面。
歷史上，人們常常把一些罕見的自然現象，看成吉利的徵兆，把這種徵兆稱之為祥瑞。一些人為了討取帝王的歡心，吹捧帝王的功德，便把某種現象指為祥瑞，向帝王報喜、祝賀。唐太宗對此，非常不以為然。隋文帝、煬帝都喜好祥瑞迷信，唐太宗卻為此而譏笑他們。
貞觀二年（628），皇宮內大殿前的老槐樹上，飛來了一對極為稀有的白喜鶓，並在樹上築了一個鳥巢。自古以來，人們只見過花喜鵲，何曾見過雪白的？所以都認為這是樣瑞的象徵，紛紛向太宗表示祝賀。唐太宗站在殿前的庭院裡，抬起頭來看著樹上那兩隻叫個不停的白喜鵲。
嚴肅地說道：「我經常嘲笑隋煬帝喜好祥瑞，結果是有人弄虛作假欺騙他。我的祥瑞是在於得到有賢德的人才，兩隻白喜鵲有什麼值得慶賀的！」立即令人爬上樹去，將鵲巢搞毀，把喜鵲趕跑了當時各地官員經常以祥瑞之事，上表慶賀。這一方面是為了討好唐太宗，另一方面則是神化太宗的統治地位。然而唐太宗深感要治理好一個國家，得依靠人的努力，而不是神的佑助。
貞觀四年，太宗對蕭瑪說：「前代帝王以麟、風、龜、龍為嘉瑞，聯以民安年為上瑞。」（《冊府元龜帝王部務農》）這句話充分反映了他重實際而不務虛名的觀點和作風。兩年之後，他對大臣們又發表了一次有關祥瑞看法的講話，更為精彩：「朕比見眾議以祥瑞為美事，頻有表慶賀。如聯本心，但使天下太平，家給人足，雖無祥瑞，亦可比德於堯、舜；若百姓不足，夷狄內侵，縱有芝草遍街衢，鳳凰巢苑囿，亦何異於桀、紂。＂（《貞觀政要》卷十）
為此，太宗還特地下令以後各地如再有所謂祥瑞，都不必奏報。貞觀三年（629），有個叫劉恭的人，脖子上長了一塊印記，象是一個「勝」字，他以此自吹「當勝天下」，被官府捕入獄中。太宗知道這件事後，說：「假若上天將立他為王，這不是我能除掉的；如果沒有天命，勝」字能有何用？」於是下令將劉恭無罪釋放。貞觀五年（631），皇太子成年要舉行冠禮，禮賓部門說二月最為吉祥。
唐太宗依據農時推算，二月正是春耕大忙季節，為了不誤農事，建議「改用十月」。又有大臣奏道：「根據陰陽推算，不如二月吉樣。」太宗說：「兇吉在人。如果一舉一動都根據陰陽推算，而不顧實際需要，吉祥是不會來的。如果按正道而行，自有吉祥降臨。農時最急，不可失也。」又貞觀六年（632）四月，大臣張公罐卒，年僅三十九歲。太宗聞之大為悲傷，就要去親自吊。
有關部門奏曰：「根據《陰陽書》，日子在辰，不可哭泣，千萬不能去。＂太宗說：「君之於臣，猶父子也，情發於衷，還管什麼辰日1」於是前去吊，並扶靈痛哭。當時長安城內一般家庭逢有父母喪事，都信奉辰日不哭的說法，即使有人來弔喪，也拘忌輟。太宗批評這是「敗俗傷風，極乖人理」，下今革。
當然，唐太宗並不是一個徹底的無神論者，封建迷信本來就是封建統治者用來維護統治，麻痺人民的精神鴉片，但他能夠卑視災異祥瑞、神鬼迷信，則可以反映他是一位務實的政治家。君唱臣和。在唐太宗的倡導下，貞觀時期的一些大臣也不上祥瑞。
貞觀八年（634），有彗星見於南天，一百多天才消失。當時人們還不能對這一天象作科學的解釋，都認為是上天對人間某種作法不滿意的一種警告，因此都很恐慌。唐太宗問群臣這是怎麼回事，虞世南回答：「春秋時期，齊國的齊景公當政，天上也曾出現彗星。
景公問晏嬰這是怎麼回事，晏嬰回答說：「你挖池鑿湖唯恐不深，修建殿宇惟恐不高，行刑罰罪唯恐不重，因此老天讓彗星出現，向你表示警告！」景公聽了很害怕，趕緊克己修德，十六天後彗星就消失了。」太宗又問：「如此說來，莫非我有什麼事做錯了，老天在向我警告？」
虞世南說：「我聽說過這樣的話：「天時不如地利，地利不如人和」，在此三者中，人和最為重要。如果不注重樹立德行和道義，雖然有鳳凰、麒麟這些珍禽異獸出現，也毫無補益；相反，只要勤於政事，沒有過失，那麼雖有災星，也不會有什麼損害。但願陛下不要以為功勞大於古人而驕做，也不要因為天下長期太平而鬆懈意志。水遠象當初創業那樣兢兢業業，謙虛謹慎，彗星出現又有什麼可憂慮的呢！」
三年之後，黃河水泛濫，衝進了洛陽城，洛陽宮內，平地水深五尺，城內有十九座寺廟、五百多戶人家受損。唐太宗藉機讓百官上封事，言得失。岑文本上書說：「陛下覽古今之事，察安危之機，上以社稷為重，下以億兆在念。明選舉，慎賞罰，進賢才，退不肖，聞過即改，從諫如流，……則至道之美與三五比隆，億載之祚與天地之久。雖使桑谷為妖，龍蛇作孽，雉於鼎耳，不言於晉地，猶當轉禍為福，變災為祥，況雨水之患，陰陽恆理，豈可謂天遣而系聖心乎？」（《貞觀政要》卷十）
虞世南和岑文本的這些話，是對太宗的安慰，也是對太宗的勉勵和鞭策，這樣的觀點本來就符合太宗的貫信念，所以他們敢於盡情而談。